环境 DNA (eDNA) 宏条形码已成为检查鱼类群落的有力工具。在将基于 eDNA 的评估引入监管监测环境(例如欧盟水框架指令)之前,需要方法标准化。为了确保方法的准确性并满足监管标准,已经建立了各种采样、实验室和生物信息学工作流程。然而,全面监测鱼类的关键先决条件是选择合适的引物对,以准确识别给定水体中存在的鱼类。过去十年中,发表了针对不同遗传标记区域的各种鱼类特异性引物对。然而,尚未开展专门研究来评估常用鱼类引物对在评估中欧鱼类物种方面的性能。因此,我们创建了一个由 45 种中欧鱼类 DNA 组成的人工“模拟”群落,并检查了五对引物的检测能力和可重复性。我们的研究重点介绍了引物选择和生物信息学过滤对 eDNA 宏条形码结果的影响。在我们研究中评估的五对引物中,tele02(12S 基因)引物对是中欧淡水鱼 eDNA 元条形码的最佳选择。此外,MiFish-U(12S)和 SeaD NA-mid(COI)引物对表现出良好的检测能力和可重复性。然而,特异性较低的引物对(即针对脊椎动物)被发现不太可靠,并产生大量假阳性和假阴性检测。我们的研究说明了如何通过精心选择引物对和生物信息学流程使 eDNA 元条形码成为鱼类监测更可靠的工具。
1. 简介 一段时间以来,人们已经认识到,管理奥斯陆-巴黎委员会 (OSPAR) 管辖的东北大西洋地区油田化学品使用和排放的协调强制控制系统 (HMCS) 需要与欧洲化学品法规如化学品注册、评估、授权和限制 (REACH) 和生物杀灭剂产品法规 (BPR) 相协调。因此,在过去十年中,HMCS 流程经过多次修订,以使 HMCS 的某些方面与 REACH 和 BPR 相协调,例如一些预筛选方面、PLONOR 1 化学品和 REACH 附件 IV 和 V 物质以及 REACH 限制或授权的物质。其他变化正在讨论中,例如协调用于得出预测无影响浓度 (PNEC) 的评估因素。
收到日期:2018 年 10 月 7 日;接受日期:2019 年 12 月 9 日;发布日期:2020 年 2 月 14 日 作者隶属关系:1 美国密西西比州密西西比州立大学兽医学院;2 德国黑森州吉森 35392 尤斯图斯-李比希大学生物信息学和系统生物学;3 美国阿肯色州杰斐逊市国家毒理学研究中心/FDA 微生物学部。 *通讯作者:马克·L·劳伦斯,lawrence@cvm.msstate.edu 关键词:Edwardsiella ictaluri;Edwardsiella piscicida;比较基因组学;IV 型分泌系统;直系同源性;移动组学。缩写:ANI,平均核苷酸同一性;NCBI,国家生物技术信息中心;SRV,得分比值;T1SS,I 型分泌系统; T2SS,II 型分泌系统;T3SS,III 型分泌系统;T4SS,IV 型分泌系统;T5SS,V 型分泌系统;T6SS,VI 型分泌系统。数据声明:所有支持数据、代码和协议均已在文章中或通过补充数据文件提供。补充材料可在本文的在线版本中找到:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.8956550.v1 . 000322 © 2020 作者
E. Rothermel(UMCES)起草了本最终报告。以下 BOEM 办公室或项目为本文件做出了贡献:可再生能源项目办公室。我们感谢 BOEM 的项目官员 B. Hooker 在整个项目过程中对资金管理和研究指导的帮助。我们感谢环境研究主管 M. Boatman 对本报告早期草稿提出的有益评论。我们感谢众多分享发射器数据的大西洋沿岸遥测网络科学家。我们特别感谢特拉华大学和特拉华州立大学的 D. Haulsee、M. Oliver、M. Breece 和 D. Fox 愿意分享数据并讨论研究设计要素。我们还必须感谢 B. Gahagan(马萨诸塞州海洋渔业部)以及 A. Higgs 和 J. Best(纽约州环境保护部)对条纹鲈鱼标记工作的配合。我们还要感谢 F/V Sea Born 号的 Cory 和 Kerry Harrington 以及 R/V Rachel Carson (UMCES) 号的 Michael Hulme 和 Robert Nilsen 在声学接收器阵列部署和维护方面提供的帮助。
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摘要:水产养殖是世界上生长最快的粮食领域,可为人类食用而产生超过一半的鱼类。水产养殖饲料包括从沙丁鱼等野生鱼类中提取的纤维化和油炸油,并带来生态,粮食安全和经济弊端。微藻,酵母,真菌,细菌和其他替代成分在提供蛋白质/氨基酸,脂质或omega-3来源和生物活性分子来源的水上成分中表现出了有希望的成分。本评论文章讨论了文献经常缺乏数据的问题,例如最近使用微生物,技术创新,挑战和机会来发展水产养殖饮食的低环境足迹。这些成分通常需要新颖的加工技术来提高消化率和鱼类的生长并减少抗逆转因素。这是对填充的重要差距,因为微藻是饲料中最常用的有机体,尤其是作为饮食补充剂或与其他成分混合的。生产,加工和配方步骤可能会影响营养品质。需要逐步策略来评估这些成分以供饲料应用,在本文中,我阐明了评估营养和环境反应指标的逐步关键方法,以使用这些微生物来开发高度可持续的含水饲料,这将指导对这些新颖成分的更为明智地包含这些新颖的成分。
在全球变化中,许多动物种群正在下降。这些下降因与极端温度有关的大规模死亡事件而加剧了这些下降。尽管预计在21世纪的温度会升高,但很少有方法可以研究气候变化是否会加速生态灾难的发生。,我们对北部温带湖泊的鱼死亡率事件与并发水和空气温度填充之间建立了建模。水温和空气温度都是死亡率事件的可靠预测指标。基于水和空气温度气候预测,模型预测!在2100的频率中分别增加了6至34倍的频率。我们的建模方法揭示了温度上升与实时展开的生态灾难的频率之间的密切关联。
随着全球人口老龄化,包括轻度认知障碍 (MCI) 在内的认知障碍的患病率正在上升。10-20% 的 65 岁及以上成年人会出现 MCI,通常被称为正常认知衰老和痴呆之间的中间阶段。为了通过识别生物学因素来制定及时的预防和早期治疗策略,我们研究了认知正常受试者的鱼类饮食、大脑结构和 MCI 之间的关系。大脑结构使用神经影像学衍生的测量方法进行评估,包括“灰质大脑健康商 (GM-BHQ)”和“分数各向异性大脑健康商 (FA-BHQ)”,它们已被国际电信联盟电信标准化部门批准为国际标准 (H.861.1)。鱼类饮食摄入量使用简短的自我管理饮食史问卷 (BDHQ) 计算,MCI 使用 MCI 筛查方法 (MCI 筛查) 的记忆表现指数 (MPI) 进行评估。本研究表明,鱼类摄入量与 FA-BHQ 和 MPI 均呈正相关,且 FA-BHQ 与 MPI 的相关性比鱼类摄入量更强。我们的研究结果与之前的研究结果一致,但我们的研究进一步表明,由 FA-BHQ 测量的全脑完整性状况可能介导健康人群鱼类摄入量与 MCI 预防之间的关系。换句话说,FA-BHQ 可用于识别 MCI 高风险人群,以提供适当的干预措施。
该文件计划于 2025 年 1 月 14 日在《联邦公报》上公布,并可在 https://federalregister.gov/d/2024-31757 和 https://govinfo.gov 上在线查阅
fi g u r e 3 mifish社区概况的β多样性。(a)样品重复级别的NMD图,(b)在Hellinger转换的Bray-Curtis成对差异的站点处的平均连锁聚类。采样深度表示为实心圆(10 m)或带有十字架(50 m)的开放正方形。样品以黄色为OWF或蓝色以显示参考区域。