拟议的统一、可扩展的有毒物种综合研究平台

提议的统一、可扩展的有毒物种综合研究平台摘要有毒动物研究受到碎片化、专业化和不可互操作的数据库(孤立的基因组、蛋白质组和生态数据)的阻碍。尽管有毒生物体有望产生用于药理学和进化应用的新型生物活性化合物,但此类类群的信息学景观仍然不完整,缺乏跨物种的宏观整合。我们推出了 VenomsBase,这是一种集成的模块化资源,可以综合多组学数据、生态元数据和毒液生物体的功能注释。遵循 FAIR 准则,VenomsBase 将本体驱动的架构与大数据云工作流程相结合,用于序列集成、主题聚类、3D 显示和链接生态元数据。标准化工具和培训模块有助于发达国家和资源有限地区的研究人员在全球范围内获取资源。其即插即用设计允许集成额外的分析模块并扩展到其他物种。人们还可以研究进化趋势并将毒液化学与生态位联系起来。 VenomsBase 将(i)通过提供经过验证的、交叉引用的数据集和社区驱动的管理,加快毒液发现的步伐,无论是出于治疗目的还是进化意义,以及(ii)培育一个开放、公正和创新的毒液研究生态系统。Sha

来源:Arácnido

有毒动物研究受到碎片化、专业化和不可互操作的数据库(孤立的基因组、蛋白质组和生态数据)的阻碍。尽管有毒生物体有望产生用于药理学和进化应用的新型生物活性化合物,但此类类群的信息学景观仍然不完整,缺乏跨物种的宏观整合。我们推出了 VenomsBase,这是一种集成的模块化资源,可以综合多组学数据、生态元数据和毒液生物体的功能注释。遵循 FAIR 准则,VenomsBase 将本体驱动的架构与大数据云工作流程相结合,用于序列集成、主题聚类、3D 显示和链接生态元数据。标准化工具和培训模块有助于发达国家和资源有限地区的研究人员在全球范围内获取资源。其即插即用设计允许集成额外的分析模块并扩展到其他物种。人们还可以研究进化趋势并将毒液化学与生态位联系起来。 VenomsBase 将(i)通过提供经过验证的、交叉引用的数据集和社区驱动的管理,加快毒液发现的步伐,无论是出于治疗目的还是进化意义,以及(ii)培育一个开放、公正和创新的毒液研究生态系统。

Shaadi Mehr、Todd Castoe、Marymegan Daly、Florence Jungo、Kim N Kirchhoff、Ivan Koludarov、Stephen P Mackessy、Jason Macrander、Pravena Naidu、Maria Vittoria Modica、Elda E Sanchez、Giulia Zancolli、Mandë Holford,提议的统一、可扩展的有毒物种综合研究平台,GigaScience, 2026; giaf153,https://academic.oup.com/gigascience/advance-article/doi/10.1093/gigascience/giaf153/8450176