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大蜘蛛，大基因组：北美狼蛛 (Aphonopelma marxi) 的染色体水平基因组和 3 亿年蜘蛛进化的比较基因组
图片来源：WikiCommons 大蜘蛛，大基因组：北美狼蛛 (Aphonopelma marxi) 的染色体水平基因组和 3 亿年蜘蛛进化的比较基因组学摘要染色体水平基因组的比较使生物学家能够研究生物体进化的新轴。蜘蛛在已知的蜘蛛纲动物多样性中占很大比例，具有许多复杂的形态和独特的自然历史，但由于可用基因组的数量，蜘蛛的比较基因组学受到限制。我们提出了成熟雄性狼蛛 Aphonopelma marxi 的从头染色体参考基因组，并比较研究了蜘蛛目的蜘蛛基因组进化。使用 PacBio HiFi 和 Hi-C 测序，最终的 6.5 Gb 组装体由 17 个常染色体、1 个 X 染色体和 127 个未放置的支架组成，N50 为 370 Mb，Arachnida（odb10；2934 个基因）BUSCO 为 96.7%。通过比较来自 15 个科的另外 20 个蜘蛛基因组，我们发现 mygalomorphs（活板门蜘蛛及其亲属）与其更为多样化的姐妹谱系 araneomorphs 相比，通常拥有更多具有相似组成的重复基因组。我们报告说，mygalomorphs 恢复的完整 BUSCO 数量少于 araneomorph 蜘蛛，这一发现与测序覆盖率无关，因为 mygalomorphs 在当前蜘蛛数据集中有一部分缺失或衍生的 BUSCO。在 Araneoidea（球织蜘蛛及其亲属）中，减少之间存在相关性
来源:Arácnido大蜘蛛，大基因组：北美狼蛛 (Aphonopelma marxi) 的染色体水平基因组和 3 亿年蜘蛛进化的比较基因组
摘要
染色体水平基因组的比较使生物学家能够研究有机体进化的新轴。蜘蛛在已知的蜘蛛纲动物多样性中占很大比例，具有许多复杂的形态和独特的自然历史，但由于可用基因组的数量，蜘蛛的比较基因组学受到限制。我们提出了成熟雄性狼蛛 Aphonopelma marxi 的从头染色体参考基因组，并比较研究了蜘蛛目的蜘蛛基因组进化。使用 PacBio HiFi 和 Hi-C 测序，最终的 6.5 Gb 组装体由 17 个常染色体、1 个 X 染色体和 127 个未放置的支架组成，N50 为 370 Mb，Arachnida（odb10；2934 个基因）BUSCO 为 96.7%。通过比较来自 15 个科的另外 20 个蜘蛛基因组，我们发现 mygalomorphs（活板门蜘蛛及其亲属）与其更为多样化的姐妹谱系 araneomorphs 相比，通常拥有更多具有相似组成的重复基因组。我们报告说，mygalomorphs 恢复的完整 BUSCO 数量少于 araneomorph 蜘蛛，这一发现与测序覆盖率无关，因为 mygalomorphs 在当前蜘蛛数据集中有一部分缺失或衍生的 BUSCO。在蜘蛛纲（球织蜘蛛及其亲属）中，基因组大小的减小和重复内容之间存在相关性，这表明重复元素正在丢失或去除。重要的是，跨可用基因组的宏观同线性的可视化突出了结构重排，并允许识别以前未报告的性染色体。这种新的、高质量的mygalomorph基因组将为蛛形纲动物进化生物学提供新的探索途径。
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