详细内容或原文请订阅后点击阅览
RNA-Seq：转录组学的原理、工作流程、数据分析和应用
RNA测序，通常称为RNA-seq，是一种用于研究转录组的高通量测序方法。转录组包括在细胞、组织、生物体或生物条件中表达的 RNA 分子......后《RNA-Seq：转录组学中的原理、工作流程、数据分析和应用》首先出现在《科学笔记》上。
来源:科学笔记RNA测序，通常称为RNA-seq，是一种用于研究转录组的高通量测序方法。转录组包括在细胞、组织、生物体或生物条件中表达的RNA分子。与检查相对稳定的基因组信息的 DNA 测序不同，RNA-seq 捕获动态分子快照。它显示了哪些基因是活跃的，它们的表达强度如何，以及在特定条件下出现哪些转录亚型。
研究人员使用 RNA-seq 来测量基因表达、发现新的转录本、识别选择性剪接事件、检测融合转录本、研究非编码 RNA 以及比较生物学状态。 RNA-seq 将转录发现和定量结合在一次测定中，这解释了为什么它已成为分子生物学、发育生物学、癌症基因组学、微生物学、免疫学、神经科学和系统生物学的标准方法 (Conesa et al., 2016)。
RNA-seq 与微阵列等较旧的表达谱分析方法不同。微阵列依赖于预先设计的探针，因此它们主要检测已知序列。 RNA-seq 可以检测已知和新颖的 RNA 分子，量化更广泛的表达范围，并支持在参考基因组不完整或缺失的生物体中进行研究 (Huang et al., 2015)。
什么是 RNA 测序？
RNA-seq 是一种基于测序的方法，可将 RNA 分子转换为可供测序的 DNA 文库。研究人员首先从感兴趣的样本中分离出 RNA。然后，他们富集想要研究的 RNA 片段，将 RNA 转化为互补 DNA，添加测序接头，扩增或以其他方式制备文库，并对所得片段进行测序。
输出由数百万到数十亿的序列读取组成。然后生物信息学工具处理这些读数。根据分析计划，读数可能会与参考基因组对齐、映射到参考转录组、组装成转录本或量化已知基因和亚型（Pertea et al., 2016）。