RNA-Seq: Principles, Workflow, Data Analysis, and Applications in Transcriptomics
RNA测序，通常称为RNA-seq，是一种用于研究转录组的高通量测序方法。转录组包括在细胞、组织、生物体或生物条件中表达的 RNA 分子......后《RNA-Seq：转录组学中的原理、工作流程、数据分析和应用》首先出现在《科学笔记》上。
毒腺转录组学和生物活性分析表明，Mesobuthus crucittii（蝎目：Buthidae）的毒液中具有双功能透明质酸酶活性。摘要简介：蝎毒是生物活性分子的丰富来源，具有广阔的生物医学应用前景。透明质酸酶是毒液相关酶，通过降解细胞外基质糖胺聚糖促进毒素扩散，但其在蝎毒中的结构多样性和底物特异性仍未得到充分研究。本研究旨在鉴定和表征伊朗特有蝎子 Mesobuthus crucittii 毒腺中的一种新型透明质酸酶，并评估其生化和结构特性。方法：进行毒腺转录组分析。通过系统发育重建、基序预测、理化性质计算和结构建模对透明质酸酶序列进行计算机分析。进行分子对接以探索与透明质酸和硫酸软骨素底物的
Transcriptomic Insights Into the Evolution of Snake Venom: Mechanisms, Diversity, and Adaptation
蛇毒进化的转录组学见解：机制、多样性和适应摘要蛇毒是进化完善的生化武器库，由多种毒素组成，在捕食、防御和竞争中具有复杂的功能作用。在过去的 20 年里，转录组学方法通过高分辨率洞察基因表达动态、分子多样性以及驱动毒液跨谱系变异的进化机制，改变了毒液研究。在这篇综述中，我们对蛇毒转录组学文献进行了全面的综合，并提出了一个围绕三个主轴构建的概念框架：（1）通过复制和新功能化进行基因家族扩展； (2) 调控复杂性，包括转录、转录后和表观遗传调节； (3)生态选择压力根据饮食、栖息地和种间相互作用塑造毒液特征。我们整合了不同分类群和技术的发现，包括批量 RNA 测序、长读转录组学以及空间或单细胞方法，
Truncated life history underlies rapid local adaptation in island rattlesnake venom expression
截短的生活史是岛屿响尾蛇毒液表达快速局部适应的基础摘要快速适应性进化可能不仅通过长期遗传变异发生，而且通过先前暴露于选择的现有遗传变异轴更有可能发生。个体发生变异代表了这样一个轴，并且通常在蛇毒的强烈选择下进化。蛇毒是蛋白质毒素的复杂混合物，毒液表达的个体发生变化很频繁，反映了生命史中的饮食变化。在这里，我们使用形态学、蛋白质组学、转录组学、表观基因组和光学基因组图谱数据来研究一对经过充分研究的东部菱背响尾蛇（Crotalus adamanteus）的岛屿-大陆种群对，以确定种群之间的快速适应性表达分歧是否通过个体发育调控网络的共同选择、独立于个体发育的种群特异性变化或两者的组合而发生。我们发
Venom Variation as a Window into the Ecology and Evolution of Snakes
毒液变异是了解蛇的生态和进化的窗口摘要蛇毒是复杂的生化系统，主要在猎物征服和防御中发挥作用，但其成分在个体、种群、物种和环境中存在很大差异。这种变化为研究生态和进化过程提供了强大的框架。在这里，我们提供了蛇毒多样性的前瞻性综合，提出了新的研究方向，并强调了毒液变异如何阐明跨生物尺度的生态进化动态。我们回顾了毒液变异产生的十个关键背景的证据，包括种群内差异、性别二态性、地理结构、个体发生变化、季节变化、种间分歧、杂交、趋同进化、猎物特异性和毒液抗性。这些过程共同表明，毒液表型是由营养生态、捕食者与猎物共同进化、环境异质性和基因流等相互作用的选择压力形成的。虽然系统发育历史建立了广泛的毒素组成模式
Rewiring STAT signaling from the cell surface with Trikine immunotherapeutics | Science
细胞因子使两条受体链二聚化，以激活 Janus 激酶以及调节免疫细胞的信号转导子和转录激活子 (STAT) 转录因子，但它们具有治疗作用。我们设计了“Trikines”来迫使顺式...
