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自 2020 年 1 月初首次测序以来，严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 一直在变异。这些基因变异已经发展成几个具有不同特性的不同簇。由于美国的病毒感染患者数量位居全球首位，因此了解美国的 SARS-CoV-2 至关重要。通过基因分型、序列比对、时间演变、k 均值聚类、蛋白质折叠稳定性、代数拓扑和网络理论，我们发现美国 SARS-CoV-2 有四个亚株，其中五种最主要的美国 SARS-CoV-2 突变最早在中国（2 例）、新加坡（2 例）和英国（1 例）发现。接下来的三种最主要的美国 SARS-CoV-2 突变最早在美国发现。这八种最主要的突变属于两个不相连的组。第一组由 5 个同时发生的突变组成，占主导地位，而另一组由 3 个同时发生的突变组成，逐渐消失。我们的分析表明，女性免疫系统在应对 SARS-CoV-2 感染方面比男性更活跃。我们发现，ORF8 上的一个主要突变 27964C > T-(S24L) 具有异常强烈的性别依赖性。基于对刺突蛋白上所有突变的分析，我们进一步发现，美国四种 SASR-CoV-2 亚株中有三个变得更具传染性。我们的研究呼吁美国采取有效的病毒控制和遏制策略。
描述美国的 SARS-CoV-2 突变
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