图 1:长读 Ribo-STAMP 的实验和计算方法。(A)LR-Ribo-STAMP 实验系统概览。RPS2 与 APOBEC1 融合,以诱导核糖体-RNA 相互作用位点附近的胞嘧啶到尿嘧啶核苷酸编辑。编辑越多表示翻译越高,编辑越少表示翻译越低。(B)LR-Ribo-STAMP 计算流程概览。输入是未对齐的长读,经过对齐、读过滤、编辑检测、编辑过滤和编辑量化。编辑后的位点输出为 BED 文件。(C)编辑过滤。通过过滤常见位点和注释的 SNP,从长读 APOBEC1 专用(绿色)信号中概述编辑过滤和描绘 LR-Ribo-STAMP(金色),表示为编辑分数(编辑读/总读数)与编辑位点覆盖率之间的关系。灰色部分中的已编辑站点表示过滤掉的读取数少于 20 的站点。