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合理药物设计的基本步骤包括确定临床相关的靶蛋白、发现以所需方式弱调节靶蛋白的“命中”配体，以及优化选定的命中物，使其对靶标具有高效力、对所有相关脱靶具有低效力，并且具有良好的吸收、分布、代谢、排泄和毒性 (ADMET)。靶标识别和选定命中物的优化分别由生物学和药物化学提供信息。相比之下，最初发现对靶标有效且可以有效优化的命中物则更多地依赖于详尽的搜索和运气。传统的命中物发现方法成本高昂、不准确，并且只能探索可合成的类药物分子整个空间中的极小部分。
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