公共领域中可用的大量肿瘤和细胞系的大量基因表达数据代表了巨大的资源。对于任何主要的癌症类型,表达数据都可以识别分子亚型,预测患者的结果,确定治疗反应的标志物,确定体细胞突变的功能后果,并阐明转移性和晚期癌症的生物学。本综述提供了癌症中基因表达分析的广泛概述(可能包括转录组和蛋白质组水平)以及使用这些数据做出的发现的类型。本综述还提供了访问公共癌基因表达数据集并产生独特的数据观点和产生的感兴趣基因的特定示例。这些例子涉及泛癌分子亚型,代谢相关的表达相关性的患者存活涉及多种癌症类型,以及乳腺肿瘤中化学疗法反应的基因表达相关。