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摘要 奇异变形杆菌是一种革兰氏阴性细菌，以其独特的群集运动能力和尿素酶活性而闻名。之前对四种菌株的蛋白质组学报告假设，与其他革兰氏阴性细菌不同，奇异变形杆菌可能不会表现出基因含量的显著种内变异。然而，目前还没有对来自各种来源的大量奇异变形杆菌基因组进行全面分析以支持或反驳这一假设。我们对 2,060 个变形杆菌基因组进行了比较基因组分析。我们对从美国三家大型学术医疗中心的临床标本中回收的 893 个分离株的基因组进行了测序，结合了来自 NCBI Assembly 的 1,006 个基因组和从公共域中的 Illumina 读取中组装的 161 个基因组。我们使用平均核苷酸同一性 (ANI) 来划分物种和亚种，使用核心基因组系统发育分析来识别高度相关的 P. mirabilis 基因组簇，并使用全基因组注释来识别模型 P. mirabilis 菌株 HI4320 中不存在的感兴趣基因。在我们的队列中，Proteus 由 10 个已命名的物种和 5 个未表征的基因组物种组成。P. mirabilis 可细分为三个亚种；亚种 1 占所有基因组的 96.7% (1,822/1,883)。P. mirabilis 全基因组包括 HI4320 之外的 15,399 个基因，其中 34.3% (5,282/15,399) 没有推定的指定功能。亚种 1 由几个高度相关的克隆群组成。编码假定面向细胞外的蛋白质的噬菌体和基因簇与克隆群相关。在泛基因组中可以识别出模型菌株 P. mirabilis HI4320 中不存在但与已知毒力相关操纵子具有同源性的未知基因。
奇异变形杆菌泛基因组景观中未表征和谱系特异性的附属基因
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