荧光PCR检测化学物质可以在很大程度上分为两类:基于染料和核酸探针探针的测定。基于染料的检测依赖于DNA结合染料,该染料比在溶液中(例如SYBR®Green,Evagreen®和Syto™染料)中未结合时更强烈地荧光染料。基于染料的检测仅需要在PCR主混合物中添加底漆,因此可以具有成本效益,并且相对简单设计。然而,互化染料将检测反应中产生的任何dsDNA,例如脱靶和非板块放大或引物二聚体,可能导致不准确的定量。变性(熔体)分析可以在PCR之后进行,以区分目标和非构成产品或用于基因型分析。基于染料的PCR不能多重用于定量检测,因为在PCR循环过程中无法区分不同的扩增子。