动机：由于固有的热DNA运动，DNA双螺旋的两链在局部和自发分离并在活细胞中重新组合。这种动力学导致双螺旋中的瞬态开口，被称为“ DNA呼吸”或“ DNA气泡”。在广泛的生物学过程中，例如转录，复制和转录因子结合，形成局部瞬态开口的倾向很重要。然而，由于许多因素的复杂相互作用，例如温度，盐含量，DNA序列，氢键，基础堆积等，对这些现象的建模和计算机模拟仍然是一个挑战。结果：我们提出了Pydna-EPBD，这是扩展的Peyrard-Bishop-Dauxois（EPBD）非线性DNA模型的并行软件实现，该模型使我们能够详细描述DNA动力学的某些特征。pydna-epbD生成了基因组规模的基本量表，其基本水平开口，基本漏洞的概率，DNA气泡概率以及特征性动态长度的计算，表明碱基对统计学上的统计学数量在统计上显着地通过单点突变使用Markov Chain Monte Carlo（MCMC）Algor（MCMC）。