一旦将SOI连接到两个DNA手柄,每个DNA手柄的生物素部分将允许将SOI绑在两个被困在光学镊子中的链霉菌素涂层珠之间(图1)。在此构型中,如果选择了用荧光团手柄的手柄,则荧光团将侧面SOI(来自连接部位的11 bps),并可用于将SOI定位在焦平面上,然后再与荧光蛋白一起孵育。这可以在开始DNA-蛋白质相互作用测量之前实现最佳荧光成像条件的设置,从而可以捕获第一个相互作用。通过选择标记的句柄不同,可以实现与SOI的不对称配置,并且在C-trap中束缚时可以确定5'-3''方向性。此外,如果两个手柄都用Atto荧光团标记,则可以将两个荧光团之间的已知距离用作束缚的DNA上的标尺,以精确确定与SOI相互作用的荧光蛋白DNA序列上的位置。