主要的凹槽覆盖了每个螺旋的10-12个基部，而小凹槽盖上了每个螺旋的底部5-6个基部。与有关凹槽的大小，宽度和深度的数据一起，很明显，各种蛋白质更容易访问主要的凹槽，并为DNA执行许多重要的功能。在实验上，已经证明主要的凹槽更具体，含量富含基因，而小凹槽相对简单。