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基于扩增子的NGS针对细菌16S rRNA基因或真菌ITS1区域，传统上用于阴道微生物组分析。尽管此方法具有成本效益，但它不适合可靠地解决物种水平，实际上通常仅限于属水平分辨率。最近在NGS平台上的突破是长阅读技术的开发，例如牛津纳米孔技术提供的技术。尽管这些平台启用了全长16S rRNA基因扩增子测序，但已证明在物种水平上提供了更好的分辨率，而不是短阅读技术4，而长阅读平台往往每个基础准确性，较高的总成本和较低的吞吐量5,6。相反，shot弹枪宏基因组测序目标不仅是16S rRNA基因/真菌ITS1区域，而且是微生物组的集体基因组信息，该信息允许在该物种和应变水平3,7上进行分类识别。
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