用于生物图像分析的软件工具往往被视为解决问题的实用程序。这样的极端版本就像:“如果我知道在哪里单击,我可以获得好结果!”。如果使用游戏软件,则用户越来越习惯该软件,用户可以更快地实现最终阶段。在某种程度上,生物图像分析软件也可能是正确的,但是有很大的差异。作为生物图像分析是科学研究的一部分,要实现的目标不是要清除每个人都迈向的共同最后阶段,而是其他人尚未发现的原始阶段。使用生物图像分析软件的难度不仅存在于隐藏命令中,而且还存在于用户需要提出更多或不超级的原始分析的事实。那么,我们如何使用公共提供的工具来做一些原始的操作?在本简短的章节中,我们定义了描述生物图像分析软件世界的几个术语,这些术语是“工作流”,“组件”和“集合”,并解释其关系。我们认为,澄清这些术语的定义可以在很大程度上为那些想要学习生物形象分析的人以及需要设计生物图像分析教学的人。原因是这些术语将公开提供的软件包的通用性与一个人需要实现的分析的特殊性和独创性联系起来。