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染色质免疫沉淀揭示 DNA-蛋白质相互作用
蛋白质与 DNA 相互作用以调节细胞中的许多重要过程。近 40 年前，研究人员开发了一种绘制这些分子连接的方法。
来源:The Scientist20 世纪 80 年代初，宾夕法尼亚州立大学名誉分子和细胞生物学教授 David Gilmour 以康奈尔大学研究生的身份加入了遗传学家和生物化学家 John Lis 的实验室。当时，研究人员希望更好地了解蛋白质如何与特定基因相互作用，并且他们对开发使用完整细胞探测这些相互作用的方法感兴趣。
我 David Gilmour John LisLis 和 Gilmour 专注于识别与特定染色质位点结合的蛋白质，以了解基因调控机制。为此，他们计划将蛋白质稳定在染色质结合位置，并使用核酸杂交与结合蛋白质一起取出特定的 DNA 序列。通过使用酶去除 DNA，他们最终会得到他们感兴趣的蛋白质。
为了保持蛋白质-DNA 键的稳定，他们使用了紫外线 (UV) 光，这种光可在体外诱导蛋白质和 DNA 之间的交联。1 “当时每个研究 DNA 的实验室都有这种透照仪，即一个装有紫外线灯的盒子，他们用它来观察溴化乙锭染色的凝胶，”Gilmour 说。“我只是拿起那个装置，将其倒置，然后用它照射我的样品上的紫外线。”
紫外线 (UV) 光 1虽然收集 DNA 结合蛋白的方法似乎可行，但 Gilmour 的首次尝试并未成功。在一次研讨会上，他了解到研究人员使用免疫沉淀捕获 DNA-蛋白质复合物，这为他的问题提供了一个潜在的解决方案。
Gilmour 测试使用抗体捕获大肠杆菌 RNA 聚合酶和与其结合的细菌质粒的蛋白质。用紫外线照射细菌细胞，并用超声波处理材料使 DNA 碎裂后，他添加了 RNA 聚合酶抗血清，并使复合物免疫沉淀。然后，他对共沉淀的 DNA 进行放射性标记，并使用斑点印迹杂交分析法对其进行分析。2
大肠杆菌 共沉淀的 DNA 2 紫外线交联方法