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Odontobuthus doriae 蝎的一些毒腺肽对 SARS-CoV-2 的抗病毒效果的计算机模拟评估
计算机模拟评估 Odontobuthus doriae 蝎子的一些毒腺肽对 SARS-CoV-2 的抗病毒作用摘要 SARS-CoV-2 属于导致 COVID-19 大流行的包膜病毒家族。目前尚无有效药物可用于治疗由该病毒明确引起的感染。因此，寻找治疗 SARS-CoV-2 引起的严重疾病的有效方法至关重要。蝎毒是具有药用潜力的肽（包括抗病毒药物）的重要来源。尽管一些研究已经确定了一些蝎子肽对冠状病毒科其他成员的抗病毒作用，但迄今为止，这些肽的抗 SARS-CoV-2 作用报道很少。本研究通过计算方法评估了伊朗黄蝎“Odontobuthus doriae”中五种具有抗病毒活性潜力的预测抗菌肽的抗病毒作用。这些肽是从我们的研究团队构建的 cDNA 文库中选择出来的。使用 I-TASSER 设计肽的 3D 模型。使用 Gromacs 2021.2 软件通过 200 ns 分子动力学 (MD) 模拟对模型进行细化。使用 HADDOCK 软件将细化的模型与 SARS-CoV-2 刺突蛋白的 RBD 结构域对接。还评估了人类 ACE2 肽与 RBD 结构域的对接。通过 100 ns MD 模拟再次细化对接复合物 (RBD-肽和 RBD-ACE2)，然后进行分析。分子对接后的结果
来源:ArácnidoSARS-CoV-2 属于导致 COVID-19 大流行的包膜病毒家族。目前尚无有效药物可用于治疗由该病毒明确引起的感染。因此，寻找治疗 SARS-CoV-2 引起的严重疾病的有效方法至关重要。蝎毒是具有药用潜力的肽（包括抗病毒药物）的重要来源。尽管一些研究已经确定了一些蝎肽对冠状病毒科其他成员的抗病毒作用，但迄今为止，这些肽的抗 SARS-CoV-2 作用报道很少。本研究通过计算方法评估了来自伊朗黄蝎“Odontobuthus doriae”的五种具有抗病毒活性潜力的预测抗菌肽的抗病毒作用。这些肽是从我们的研究团队构建的 cDNA 文库中选择出来的。使用 I-TASSER 设计了肽的 3D 模型。使用 Gromacs 2021.2 软件的 200 ns 分子动力学 (MD) 模拟对模型进行了细化。使用 HADDOCK 软件将细化的模型与 SARS-CoV-2 刺突蛋白的 RBD 结构域对接。还评估了人 ACE2 肽与 RBD 结构域的对接。通过 100 ns MD 模拟再次对对接复合物 (RBD-肽和 RBD-ACE2) 进行细化，然后进行分析。分子动力学模拟后的分子对接结果表明，经过稳定化分析后，根据 MMPBSA 结果 (分别为 -59.24 kcal/mol 和 -51.82 kcal/mol)，与人 ACE2 和其他一些研究成分相比，ODAMP2 和 ODAMP5 对 COVID-19 刺突蛋白的 RBD 结构域具有很强的结合亲和力。因此，经过体外和体内实验室评估，该肽可以成为在临床研究中作为抑制 SARS-COV2 病毒 RBD 结构域的药物的极佳候选药物。
Odontobuthus doriae