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MassiveFold：可定制版本的 AlphaFold 将蛋白质结构预测时间从数月缩短至数小时

2024年11月13日 08:10 33 Comments
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来自法国里尔大学、瑞典林雪平大学和合作机构的科学家推出了 MassiveFold，这是 AlphaFold 的新版本，可将蛋白质结构预测的计算时间从数月缩短至数小时。

来源:英国物理学家网首页

作者：Justin Jackson，Phys.org

MassiveFold 自动处理计算过程。提供的输入是 AFmassive 或 ColabFold 的 FASTA 序列和参数选项。然后，MassiveFold 在 CPU 上运行比对，生成多个序列比对 (MSA)，并将结构预测分成批量进行大规模采样，以便在 GPU 上运行。完成后，MassiveFold 会自动收集所有预测，根据 AlphaFold 排名置信度分数、预测模板建模分数 (pTM) 和界面预测模板建模分数 (ipTM) 对它们进行排名，并生成图表。来源：Nature Computational Science (2024)。DOI：10.1038/s43588-024-00714-4
MassiveFold 自动处理计算过程。提供的输入是 AFmassive 或 ColabFold 的 FASTA 序列和参数选项。 MassiveFold 随后在 CPU 上运行比对，生成多个序列比对 (MSA)，并将结构预测分成批量进行大规模采样，以便在 GPU 上运行。完成后，MassiveFold 会自动收集所有预测，按照 AlphaFold 排名置信度分数、预测模板建模分数 (pTM) 和界面预测模板建模分数 (ipTM) 对它们进行排名，并生成图表。来源：《自然计算科学》(2024)。DOI：10.1038/s43588-024-00714-4
《自然计算科学》

来自法国里尔大学、瑞典林雪平大学和合作机构的科学家推出了 MassiveFold，这是 AlphaFold 的新版本，可将蛋白质结构预测的计算时间从数月缩短至数小时。

DeepMind 的 AlphaFold 和 AlphaFold 蛋白质结构数据库是主要贡献者。 AlphaFold 最初针对单个蛋白质链进行训练，但后来取得了更大的进步，在最近的 CASP15-CAPRI 盲结构预测中，在复杂蛋白质组装建模中表现出很高的准确性。

已发布 《自然计算科学》
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