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基因组研究的一系列可解释和可解释的机器学习方法
精确医学的主要重点是使用计算工具来准确预测疾病结果并确定相关的生物标志物以进行有效的后续评估。Over the last two decades, linear models have been widely implemented to identify differentially expressed genes and enriched signaling pathways in functional genomics (Love et al., 2014 ; Nueda et al., 2014 ; Ritchie et al., 2015 ; Robinson et al., 2009 ), characterize complex trait architecture in genome-wide association studies (, 2010 ; Hayeck et al., 2015 ; Heckerman et al., 2019年，Kang et al。等Al。，2018年； Manno等，2018），并在不同的时间点，数据收集位点和组织类型上进行有效的归一化和维度降低（Hasin等，2017；Lähnemann等，2020）。这些方法的一部分是它们提供统计显着性措施的能力，例如P值，后置包含概率（PIPS）或然后可以使用的贝叶斯因素，可用于促进下游任务（例如，选择哪些分子机制以药物为目标或选择哪些临床干预措施对特定患者有效）。不幸的是，严格的加性假设通常会阻碍线性模型的性能；这些方法中最强大的方法依赖于训练算法，这些算法在计算上效率低下且对大规模数据集不可靠。成像和测序技术的持续进步（Stephens等，2015）提供了范围，以将多模式的非参数方法整合为生物学和临床应用中的最先进工具。的确，机器学习方法众所周知，具有在数据中学习复杂的非线性模式的能力，并且当有大量的培训示例可用时，它们通常在设置中获得最大的功能（Lecun等，2015）。然而，文献中已被大量引用，许多机器学习技术都受到“黑匣子”限制的影响，因为它们并不自然地进行经典的统计假设测试，例如线性模型，这对于精确医学中的决策至关重要。导致非线性算法更好的预测性能的关键特征之一是自动包含被放入模型中的特征之间的高阶相互作用（Crawford等，2018； Jiang＆Reif，2015）。例如，神经网络利用分层之间的激活功能，这些层隐式列举了输入特征之间所有可能的（多项式）交互作用（Demetci等，2021; 2021; Murdoch等，2019; Tsang，Cheng，Cheng，＆Liu，＆Liu，2018; Tsang，Liu，Liu等，2018; 2018; WAHBA，1900年）。这已被证明在准确预测模型生物的特征方面有所作为，在这些特征中，诸如epistasis之类的现象（即多个基因座和/或基因之间的相互作用）可以在物种之间的变化中发挥很大作用（Bellot等人，2018; Runcie et al。，2021; Swain等，2016; swain等，2016; 2016; weissbrod et al an a w weissbrod et al。这是用于改进模型的部分数学解释，但在许多生物医学应用中，我们经常希望准确地知道哪些基因组特征（例如变体，基因和途径）对于定义表型或疾病结果的结构最重要。本手稿的主要目的是回顾大量的方法论研究，这些方法是为了开发计算生物学中更“可解释的”和“可解释”的机器学习。在整个本文中，我们将使用经典的观点，即“解释性”与使用模型参数的事后能力有关（有时也称为在文献的某些领域中表现“可变重要性”）（Crawford et al。，2019; Lundberg＆Lundberg＆Lee，2016，2017，2017; ribeio; ribeio et alik anik shrik，shrik shrik;虽然“解释性”是模型固有地为其参数和体系结构提供了可理解的定义（Hira等，2019； Marcinkevics＆Vogt，2020; Shmueli，2010）。两个概念都可以分为试图在（i）全球范围上实现解释性或可解释性的方法类别，在该方法中，目标是对观察到的人群的整体变化的贡献进行对/（ii）在局部层面上的贡献进行排名/选择的输入，旨在详细介绍对数据集中的任何特定个人的重要性。在这里，我们将专注于描述神经网络中的全球尺度方法，其特殊动机来自基于关联映射的基因组学应用程序。我们在这篇综述中的主要贡献是为我们所说的“透明度谱”提供全面的景观，用于监督和无监督的学习算法，因为我们从黑匣子转移到可解释的方法，并最终转化为可解释的方法（图1）。
用E蛋白抑制剂位225的感染后治疗降低了疾病的严重程度，并增加了感染了一系列SARS-COV-2
冠状病毒包膜（E）蛋白是一种小的结构蛋白，具有离子通道活性，在病毒组装，萌芽，免疫发病和疾病严重程度中起重要作用。病毒蛋白E也位于感染细胞的高尔基体和ER膜中，与炎性体激活和免疫失调有关。在这里，我们评估了Bit225的体外抗病毒活性，作用机理和体内功效，用于治疗SARS-COV-2感染。BIT225在CALU3和VERO细胞中对SARS-COV-2和VERO细胞中的宽光谱直接作用抗病毒活性在6种不同的病毒菌株中具有相似的效力。位225抑制E蛋白的离子通道活性，但未抑制内源性术语或钙诱导的TMEM16A在Xenopus卵母细胞中的离子通道活性。位225在感染前12小时从口腔烤12天服用12天，完全预测SARS-COV-2感染的K18小鼠的体重减轻和死亡率（100％存活，n = 12），而所有车辆剂量的动物在两项研究中以第9天（n = 12）到达了死亡率终点（n = 12）。当感染后24小时开始治疗时，还可以预防体重减轻和死亡率（100％存活，n = 5），而在感染后48小时开始治疗开始时，有5只小鼠中的4只小鼠体重增加并增加了。治疗功效取决于位225剂量，并且与肺病毒载量（3.5 log 10），病毒滴度（4000 PFU/mL）以及肺和血清细胞因子水平的显着减少有关。这些结果将Viroporin E验证为可行的抗病毒靶标，并支持Bit225的临床研究，以治疗SARS-COV-2感染。
一系列组合疗法和多种系列
受损的患者，但是治疗的选择和病毒清除时间通常可以融合，从而使患者暴露于可能的并发症。可用的抗病毒和单克隆疗法的作用是争论的问题，其有效性和潜在的相关不良反应也是如此。迄今为止，在文献中，有关组合疗法的使用数据量以及一般人群可用的抗SARS-COV-2疗法的多种线，尤其是免疫力误差（IEI）患者的量很小。方法：在这里，我们报告了一个案例系列，由三个意大利IEI转介中心（罗马，Treviso和Cagliari）组成的五名成人IEI患者，并通过组合疗法或多种治疗系进行了SARS-COV-2感染的多种疗法治疗，例如单克隆抗体（例如，Mabs），Antivirals（Mabs），Mobeccov-2，Moteclans pluse pllus pluse（mabs）抗病毒和CP与抗病毒结合。结果：这项研究可能支持对复杂的IEI抗体缺乏症和疫苗反应受损的复杂IEI患者使用SARS-COV-2的联合治疗。
一系列聚合物的介电性关系研究
介电常数是一个值，它被广泛应用于许多科学领域，并且表征了外部电场下物质的极化程度。在这项工作中，研究了一组聚合物集的介电常数（ε）的结构质体关系。通过应用遗传算法与多个线性回归分析（GA-MLRA）相结合的遗传算法开发了一个透明的机械模型，以获得机械上可解释且透明的模型。基于使用各种验证标准进行的评估，提出了四个和八变量的模型。在最佳模型中分析并讨论了最佳模型中选定的描述符。使用验证程序应用模型具有良好的预测能力和鲁棒性。
计划下一代通信网络会计官员评估会计官员通常会仔细审查重要政策提案或启动或变更重大项目的计划，然后评估它们是否符合《管理公共资金》中规定的标准。自 2017 年 4 月起，当会计官员同意对政府重大项目组合内的项目进行评估时，政府承诺向议会提供这些评估的要点摘要。此项会计官员评估与请求会计官员批准下一代通信网络 (NGCN) 概要业务案例同时进行。背景国防部的固定网络目前通过三种网络服务提供：业务、关键运营和关键任务，为全球约 2000 个站点提供所有数据安全等级的服务。服务通过两份合同提供：全球连接和国防固定电信服务。这些合同需要退役并由 NGCN 服务取代，并将通过一系列采购活动交付，时间与现有商业安排的结束相吻合：三个采购包是：
计划下一代通信网络会计官员评估会计官员通常会仔细审查重要政策提案或启动或变更重大项目的计划，然后评估它们是否符合《管理公共资金》中规定的标准。自 2017 年 4 月起，当会计官员同意对政府重大项目组合内的项目进行评估时，政府承诺向议会提供这些评估的要点摘要。此项会计官员评估与请求会计官员批准下一代通信网络 (NGCN) 概要业务案例同时进行。背景国防部的固定网络目前通过三种网络服务提供：业务、关键运营和关键任务，为全球约 2000 个站点提供所有数据安全等级的服务。服务通过两份合同提供：全球连接和国防固定电信服务。这些合同需要退役并由 NGCN 服务取代，并将通过一系列采购活动交付，时间与现有商业安排的结束相吻合：三个采购包是：
展开一系列感觉影响和相互作用在功能性大脑横向性的发展中
大多数关于非人类物种中脑部和行为侧向的大多数研究是针对成年人进行的，但是关于家雏鸡的横向化研究是一个例外。由于禽类胚胎在鸡蛋中发育，因此可以操纵它们的球架和既有后的既有既容易了，远比哺乳动物可以实现的感觉更容易。因此，小鸡（加勒斯·加鲁斯）已成为阐明遗传和表观遗传学对侧向大脑和行为发展的模型。类似的研究表观遗传影响对偏侧化发展的影响适用于其他禽类，尽管到目前为止，鸽子和鹌鹑是这方面研究的唯一其他鸟类（Quail，Casey and Sleigh，2014年； Harshaw等人； Harshaw等人。，2021; Pigeon，Güntürkün和Ocklenburg，2017年； Letzner等。，2017年）。实际上，诸如小鸡和鹌鹑之类的早熟鸟类具有非凡的属性，以帮助发展。在孵化之前和之后，它们都经过许多不同的阶段，每个阶段都非常分开，持续时间很短。这些阶段可以分别拦截和操纵，也可以按顺序截断，以揭示孵化后的行为结果，从而可以研究感觉体验对脑功能的影响。
应对气候所需的一系列经济政策......
气候变化构成了生存威胁。我们认为，碳定价和绿色研发支持是好的经济学，但它们的实施可以得到改善。即使碳定价得到普及并赋予更多实质内容，绿色研发仍可能比所需的规模要小。必须为此投入比现在多得多的资金，而且这些资金必须得到适当分配才能产生影响。此外，如果做得好，其他政策，如标准、禁令和有针对性的补贴，也可以是好的经济学。但它们往往不连贯，实施起来也很微妙。我们还认为，国内和国际补偿是有效政策可接受性的关键。最后，虽然一个国家的排放不会实质性地改变气候变化的进程，但个别国家可以指明前进的方向：它们可以开发其他较贫穷国家可以使用的技术。它们可以在全球协议和资助发展中国家气候变化政策的必要性方面发挥领导作用/推动作用。
一系列病例以及对 PI3Kα 抑制剂 alpelisib 的反应......
1 美国图森亚利桑那大学癌症中心；2 美国图森亚利桑那大学医学院医学系血液学/肿瘤学分部；3 美国剑桥 Foundation Medicine 公司；4 美国新泽西罗格斯癌症研究所；5 美国新不伦瑞克罗格斯罗伯特伍德约翰逊医学院儿科系；6 美国阿尔伯克基新墨西哥大学综合癌症中心；7 美国阿尔伯克基新墨西哥大学医学院内科系血液学/肿瘤学分部；8 美国阿尔伯克基新墨西哥大学医学院内科系分子医学分部；9 美国纽瓦克罗格斯新泽西癌症研究所；10 美国纽瓦克罗格斯新泽西医学院放射肿瘤学系癌症生物学分部； 11 美国肯塔基大学医学院和马基癌症中心病理学系，列克星敦；12 美国亚利桑那大学梅尔和伊妮德扎克曼公共卫生学院流行病学和生物统计学系，图森；13 美国亚利桑那大学科学学院分子与细胞生物学系，图森；14 美国波士顿波士顿儿童医院血管生物学项目；15 美国波士顿哈佛医学院外科学系；16 美国新不伦瑞克罗格斯罗伯特伍德约翰逊医学院病理学系；17 美国新不伦瑞克罗格斯罗伯特伍德约翰逊医学院医学系肿瘤内科分部；18 美国纽瓦克罗格斯新泽西医学院医学系血液学/肿瘤学分部
通过一系列基于 Er(III) 的复合物中的定向偶极相互作用直观控制低能磁激发
摘要：偶极耦合很少被用作镧系元素单分子磁体中缓慢弛豫动力学的驱动力，尽管它通常是介导此类物质中离子间磁相互作用的最强机制。事实上，对于多核镧系元素复合物，由于它们能够形成高度定向、高矩基态，偶极相互作用的幅度和各向异性可能相当大。本文我们提出了单核、双核和三核铒基单分子磁体序列 ([Er −TiPS 2 COT] + ) 𝑛 (𝑛= 1 −3)，其中磁弛豫路径允许性的大幅降低在角动量量子之间的偶极-偶极相互作用框架内得到合理化。由此产生的多核分子磁性设计原理源于高度各向异性磁态之间的分子内偶极耦合相互作用，为单个量化跃迁的复杂流形中的弛豫动力学提供了细致入微的证明。通过将弛豫动力学与分子磁性前所未有的频率范围（10 3 −10 −5 Hz）的交流磁场相结合，为该模型的有效性提供了实验证据。缓慢的动力学和多个低能跃迁的结合导致了许多值得注意的现象，包括在单一温度下可观察到三个明确定义的弛豫过程的镧系单分子磁体。
![b'abstract：钠离子电池（SIBS）是一种有前途的网格级存储技术，因为钠的丰度和低成本。为了影响电池寿命和容量，因此必须开发用于SIBS的新电解质。目前，六氟磷酸钠（NAPF 6）用作基准盐，但具有高度吸湿性并产生有毒的HF。这项工作描述了一系列硼酸钠盐的合成，并进行了电化学研究表明，Na [b-（hfip）4] \ xc2 \ xb7 dme（hfip = hexafluoroisopopyloxy，o i pr f），o i pr f）和na [b（pp）2]（pp = pp = pp pinacolation 4）电化学性能。 [B（pp）2]阴离子还表现出对空气和水的耐受性。这两种电解质都比常规使用的NAPF 6具有更稳定的电极 - 电解质界面，如阻抗光谱和环状伏安法所示。此外，如商业小袋细胞中所示，它们具有更高的循环稳定性和与NAPF 6的可比能力。”](/simg/0/0d2edf3c0ffd20c6ff3d985e329867b8efe5f0b6.webp)
b'abstract：钠离子电池（SIBS）是一种有前途的网格级存储技术，因为钠的丰度和低成本。为了影响电池寿命和容量，因此必须开发用于SIBS的新电解质。目前，六氟磷酸钠（NAPF 6）用作基准盐，但具有高度吸湿性并产生有毒的HF。这项工作描述了一系列硼酸钠盐的合成，并进行了电化学研究表明，Na [b-（hfip）4] \ xc2 \ xb7 dme（hfip = hexafluoroisopopyloxy，o i pr f），o i pr f）和na [b（pp）2]（pp = pp = pp pinacolation 4）电化学性能。 [B（pp）2]阴离子还表现出对空气和水的耐受性。这两种电解质都比常规使用的NAPF 6具有更稳定的电极 - 电解质界面，如阻抗光谱和环状伏安法所示。此外，如商业小袋细胞中所示，它们具有更高的循环稳定性和与NAPF 6的可比能力。”
b'abstract：钠离子电池（SIBS）是一种有前途的网格级存储技术，因为钠的丰度和低成本。为SIBS开发的开发是必须影响电池寿命和容量的，因此必须开发新的SIBS。目前，六氟磷酸钠（NAPF 6）用作基准盐，但具有高度吸湿性并产生有毒的HF。This work describes the synthesis of a series of sodium borate salts, with electrochemical studies revealing that Na[B- (hfip) 4 ] \xc2\xb7 DME (hfip = hexafluoroisopropyloxy, O i Pr F ) and Na[B(pp) 2 ] (pp = perfluorinated pinacolato, O 2 C 2 - (CF 3 ) 4 ) have出色的电化学性能。[B（pp）2]阴离子也表现出对空气和水的高耐受性。这两种电解质都比常规使用的NAPF 6具有更稳定的电极 - 电解质界面，如阻抗光谱和环状伏安法所示。此外，它们具有更大的循环稳定性和与NAPF 6的SIBS相当的能力，如商业袋细胞所示。