亚腹

埃塞俄比亚腹泻儿童及其暴露环境中弯曲杆菌种群的出现和多样性

弯曲杆菌是一种主要的人畜共患食源性病原体，对公共卫生构成重大威胁，尤其是对儿童和免疫功能低下人群。然而，关于埃塞俄比亚弯曲杆菌感染发生和来源的数据仍然很少。本研究使用全基因组测序评估了腹泻儿童弯曲杆菌的发生、多样性和与潜在暴露源之间的关系。通过基于病例的追踪，在 2021 年 11 月至 2023 年 1 月期间从哈拉尔镇和克尔萨区收集了动物、食物和环境样本。使用选择性培养基鉴定弯曲杆菌，并使用 Illumina NextSeq 550 仪器提取和测序 DNA。使用生物信息学工具分析序列读数。暴露源中弯曲杆菌的总体患病率为 5.5%，其中城市为 6.0%，农村为 5.0%。家庭样本中检测到弯曲杆菌的可能性比市场样本高 1.8 倍（8.7%；OR = 1.8；95% CI：0.7–4.5）。食品中弯曲杆菌的出现率为 4.2%，肉类、奶类和其他食品类别之间没有显著差异。与猪相比，有家禽时环境中被弯曲杆菌污染的可能性高 5.8 倍（17.7%；OR = 5.8；CI：1.1–30.6）。序列分析发现弯曲杆菌属多样性较低，仅包含空肠弯曲菌和大肠弯曲菌，其特征是 8 种不同的序列类型（ST）。从系统发育上看，大多数测序的病例分离株与来自看护人、环境暴露或两者的分离株聚集在一起。总之，在腹泻儿童的各种接触源中都检测到了弯曲杆菌，其在 Kersa 和 Harar 之间或食物中的发生率没有显著差异。大多数分离株具有共同的 MLST 谱并聚集在一起，表明多种媒介参与了病原体的传播。建议进行归因模型支持的基于基因组的综合研究，以确定每种来源的相对贡献。