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粪便菌群与炎症性肠病的肠外表现有关
摘要简介：大部分炎症性肠病患者（IBD）经历了胃肠道外IBD相关的炎症状况，称为肠外表现（EIM），进一步降低了生活质量，在极端情况下，可能会危及生命。EIMS的发病机理仍然未知，尽管肠道菌群改变是IBD患者的众所周知的特征，但其与EIMS的关系仍然很少研究。这项研究旨在比较有没有EIM的IBD患者的肠道菌群。方法：该研究中总共包括131名IBD患者，其中86例具有EIMS（IBD-EIM）史，而45例没有（IBD-C）。粪便样品接受了16S rRNA测序。放大序列变体（ASV）映射到SILVA数据库。比较了IBD-EIM和IBD-C之间的多样性指数和距离矩阵。使用自定义多重模型统计分析方法鉴定了差异丰富的ASV，并使用稀疏相关性（SPARCC）（SPARCC）鉴定了共同相关细菌的模块，并且与患者EIM状态有关。结果：IBD患者和EIMS患者表现出疾病活性增加，体重指数，粪便钙骨蛋白钙蛋白酶水平升高以及循环单核细胞和中性粒细胞。微生物学上，IBD-EIM比IBD-C（Mann-Whitney's Test，p = .01）和独特的粪便微生物群组成（方差的置换多变量分析；加权Unifrac，r 2 = 0.018，p = .01）。共有26个ASV在IBD-EIM和IBD-C之间表现出不同的相对丰度，包括减少的Agathobacter和Blautia和IBD-Eim组中的Eggerthella lenta增加。SPARCC分析确定了27个细菌共同关联模块，其中3个与EIM（逻辑回归，p <.05）呈负相关，其中包括重要的健康相关细菌，例如Agathobacter和Agathobacter和Faecalibacterium。结论：EIMS IBD患者的粪便菌群与没有EIM的IBD患者不同，对于EIM发病机理可能很重要。
与轻度认知障碍（MCI）和阿尔茨海默氏病（AD）的趋化因子信号通路基因的血清DNA甲基化水平的关联
随着社会衰老的迅速发展，与衰老相关疾病的发生率显着增加，这已经迅速增加了神经退行性疾病的患病率，例如MCI和AD。MCI是健康衰老到AD的过渡阶段，认知能力下降和临床预言的程度尚未达到AD的严重程度[1]。每年有记忆力障碍临床表现的MCI患者中有10％至20％每年都会进展为AD [2，3]。 由于尚未鉴定出有效的血清标记物，因此通常使用与认知功能相关的量表来区分AD和MCI。 DNA甲基化是表观遗传学的主要组成部分，它受到环境因素的影响，导致疾病进展并提供有关病原体和疾病诊断的新方向。 这可能是未来AD诊断的最有希望的血液标记物，应该更多地研究细胞后DNA甲基化[4]。 几项研究表明，AD和MCI的发病机理受DNA甲基化的影响[5-9]，但是对于同一基因的DNA甲基化，对于AD和MCI进行了比较，仍然几乎没有研究。 神经免疫性炎症在AD的发病机理中起重要作用[10]，并且发现它可能在MCI阶段开发[11，12]。 趋化因子信号途径同时在星形胶质细胞和小胶质细胞中进行，这是神经炎症反应的主要部位。 因此，它是AD中神经免疫性炎症机制的重要相关途径[13-15]。每年有记忆力障碍临床表现的MCI患者中有10％至20％每年都会进展为AD [2，3]。由于尚未鉴定出有效的血清标记物，因此通常使用与认知功能相关的量表来区分AD和MCI。DNA甲基化是表观遗传学的主要组成部分，它受到环境因素的影响，导致疾病进展并提供有关病原体和疾病诊断的新方向。这可能是未来AD诊断的最有希望的血液标记物，应该更多地研究细胞后DNA甲基化[4]。几项研究表明，AD和MCI的发病机理受DNA甲基化的影响[5-9]，但是对于同一基因的DNA甲基化，对于AD和MCI进行了比较，仍然几乎没有研究。神经免疫性炎症在AD的发病机理中起重要作用[10]，并且发现它可能在MCI阶段开发[11，12]。趋化因子信号途径同时在星形胶质细胞和小胶质细胞中进行，这是神经炎症反应的主要部位。因此，它是AD中神经免疫性炎症机制的重要相关途径[13-15]。目前，大多数研究是在趋化因子信号通路中进行的Trem2-DAP12和CX3CL1-CX3CR1轴，它们在神经退行性疾病中起重要作用，并且可以调节认知功能和突触可塑性，尤其是在海马中[16]。CX3CL1-CX3CR1轴的 CXCR5基因与认知障碍有关[17]，但其与MCI或AD的关系仍然不清楚，并且对AD和MCI中该途径中其他基因的DNA甲基化差异的研究很少。 因此，我们使用关键字来筛选KEGG途径数据库中趋化因子信号通路中的所有基因，并通过文献综述进一步选择了未在DNA甲基化中研究的基因，并检查了其CPG岛是否具有甲基化研究值。 然后筛选了七个基因（CXCL5，ADCY2，HCK，MAP2K1，AKT1，WASL，RAP1B）。 之后，为了探索七个趋化因子信号通路基因与AD和MCI的血清DNA甲基化水平的关联，并进一步筛选出可以将AD与MCI区分开的基因，我们研究了AD和MCI在Xinjiang，Chimen Jinjiang，Chiranjiang，Chimenjiang，Chiranjiang，Chimen Jianjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimen Jinjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimen Jianjiang的启动子中的血清DNA甲基化水平的关联。 筛选了AD的DNA甲基化水平显着差异的基因，并通过ALZDATA数据库验证了AD不同大脑区域的表达。CXCR5基因与认知障碍有关[17]，但其与MCI或AD的关系仍然不清楚，并且对AD和MCI中该途径中其他基因的DNA甲基化差异的研究很少。因此，我们使用关键字来筛选KEGG途径数据库中趋化因子信号通路中的所有基因，并通过文献综述进一步选择了未在DNA甲基化中研究的基因，并检查了其CPG岛是否具有甲基化研究值。然后筛选了七个基因（CXCL5，ADCY2，HCK，MAP2K1，AKT1，WASL，RAP1B）。之后，为了探索七个趋化因子信号通路基因与AD和MCI的血清DNA甲基化水平的关联，并进一步筛选出可以将AD与MCI区分开的基因，我们研究了AD和MCI在Xinjiang，Chimen Jinjiang，Chiranjiang，Chimenjiang，Chiranjiang，Chimen Jianjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimen Jinjiang，Chimenjiang，Chimenjiang，Chimen Jianjiang的启动子中的血清DNA甲基化水平的关联。筛选了AD的DNA甲基化水平显着差异的基因，并通过ALZDATA数据库验证了AD不同大脑区域的表达。