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einprot：用于定量蛋白质组学数据统计分析的灵活，易于使用，可再现的工作流程
定量蛋白质组学已经走了很长一段路 - 过去在蛋白质组学研究小组中进行的专门分析是许多蛋白质组学核心设施中的常规服务，并且可以提供大量复杂的量化和分析工具。然而，必要的报告任务，包括对所得数据的统计分析，以及描述所有数据处理步骤，提供质量控制，探索机会和以用户友好方式发布的可视化，通常不是常规或自动化的，并且可以想象许多不同的分析工程（Peng等，20233）。此外，通常需要进行其他下游分析并与其他类型的数据集成，并且当常规数据分析工作流程的所有步骤透明且记录良好时，这些分析更有可能成功。
研究文章Linguaphylo：一种可再现的系统发育分析的概率模型规范语言
系统发育模型已经变得越来越复杂，系统发育数据集在规模和丰富度方面都扩大了。但是，当前的推理工具缺乏模型指定语言，可以简单地描述完整的系统发育分析，同时独立于实施细节。我们引入了一种新的轻巧和简洁的模型规范语言“ lphy”，该语言被设计为人类和机器可读性。图形用户界面伴随“ lphy”，允许用户构建模型，模拟数据并创建描述模型的自然语言叙述。这些叙述可以作为手稿方法部分的基础。此外，我们提出了一个命令行界面，用于将LPHY指定模型转换为与BEAST2软件平台兼容的分析规范文件（XML格式）。总的来说，这些工具旨在增强植物研究中描述的清晰度和概率模型的报告，最终促进结果的可重复性。
定量和可再现的生物缀合
生物结合是两种生物分子的化学连接，形成了一种单个杂种，该杂种保留了每个成分的生物学活性，但提供了每种单独的生物分子都无法实现的新功能。最复杂的生物分子（例如蛋白质）仅在水性环境中存在并起作用。因此，必须在水溶液中进行生物缀合物的制备，任何合适的生物偶联化学都必须保留此类环境中生物分子的生物学活性和功能。结合物通常是通过向两个生物分子中的每个分离的单独但互补的官能团添加而形成的。这些官能团通常是通过称为修饰的过程引入的，该过程包括将接头连接到感兴趣的生物分子上存在的胺或硫醇组。然后将两个修饰的生物分子混合在一起，通过在修饰过程中掺入的互补接头形成所需的生物缀合物。图1给出了此修改和共轭过程的典型工作流程。
一个多尺度时空模型，包括从有氧运动到厌氧代谢的转换，可再现早期婴儿肠道微生物群的继任
摘要人类肠道菌群在出生后立即形成，对宿主的健康很重要。在第一个日子里，师生的细菌种类通常占主导地位，例如肠杆菌科。这些由严格的厌氧物种（尤其是双杆菌种类）继承。早期过渡到双杆菌物种与健康益处有关；例如，双杆菌物种抑制病原竞争者的生长并调节免疫反应。替代多杆菌被认为是由于辅助厌氧菌（包括肠杆菌科）在新生儿中存在于新生儿中的氧氧氧气所致。为了研究过渡到双杆菌物种的氧气耗竭，我们在这里引入了一个多尺度数学模型，该模型考虑了代谢，空间细菌种群动力学和交叉进食。使用Agora Collection的公开代谢网络数据，该模型从头开始模拟了严格和某些厌氧物种在肠道和氧气影响下的肠道状环境中的竞争。该模型预测，新生婴儿的殖民地内氧的个体差异可以解释观察到的与厌氧物种，尤其是双杆菌物种的术中观察到的个体变异。双杆菌种类通过使用双杆分流器在模型中变为模型，这使双杆菌可以切换为次优屈服代谢，并在高乳糖浓度下快速生长，如此处使用液压平衡分析。因此，计算模型使我们能够检验婴儿结肠中细菌定植和继承的假设的内部合理性。
定量和可再现的生物缀合
生物结合是两种生物分子的化学连接，形成了一种单个杂种，该杂种保留了每个成分的生物学活性，但提供了每种单独的生物分子都无法实现的新功能。最复杂的生物分子（例如蛋白质）仅在水性环境中存在并起作用。因此，必须在水溶液中进行生物缀合物的制备，任何合适的生物偶联化学都必须保留此类环境中生物分子的生物学活性和功能。结合物通常是通过向两个生物分子中的每个分离的单独但互补的官能团添加而形成的。这些官能团通常是通过称为修饰的过程引入的，该过程包括将接头连接到感兴趣的生物分子上存在的胺或硫醇组。然后将两个修饰的生物分子混合在一起，通过在修饰过程中掺入的互补接头形成所需的生物缀合物。图1给出了此修改和共轭过程的典型工作流程。
2.3时间再现不变性
我们已经看到，在经典的机械系统，与之打交道的标准技术中，如何在限制中出现约束，以及在预叠式歧管方面的强大几何重新重新制定。但是存在特定类别的受约束系统，可以理解为从根本上截然不同。这些是动态约束的系统，具有货物范围的典范哈密顿量和时间再现不变动作。动态约束的系统通常与通常的对称约束系统不同，因为它们的特征是时间表对称性。换句话说，牛顿力学的物理进化参数（“时间”）不再是绝对背景结构，现在被包括为动态变量Q i之一。更重要的是，表征动态约束系统轨迹的“进化”参数现在是量规，因为这些轨迹是由一级汉密尔顿约束生成的轨迹轨道。时间是参数轨迹的原因，从这个意义上讲，在动态约束系统中“时间为仪表”。一个主要的例子是重力。让我们从一个简单的说明性示例开始，该示例突出了上面介绍的Premplectectic配方的主要特征，并将这些方面推向了对于通常协变的系统特别有用的方面。然后，我们将继续进行讨论和时间再现不变系统的讨论和示例。为简单起见，我们将限制在具有单一类约束的系统中（如上2.2.2节中，参见图2）。
声音再现的艺术 - Pearl HiFi
8.1 数字音频简介 219 8.2 二进制 221 8.3 转换 224 8.4 采样和混叠 224 8.5 采样率的选择 228 8.6 采样时钟抖动 228 8.7 光圈效应 230 8.8 量化 232 8.9 量化误差 234 8.10 抖动简介 238 8.11 重新量化和数字抖动 241 8.12 抖动技术 244 8.12.1 矩形 pdf 抖动 244 8.12.2 三角形 pdf 抖动 246 8.12.3 高斯 pdf 抖动 247 8.13 基本数模转换 247 8.14 基本模数转换 255 8.15 替代方法转换器 260 8.16 过采样 263 8.17 无噪声整形的过采样 269 8.18 噪声整形 270 8.19 噪声整形 ADC 274 8.20 一位 DAC 277 8.21 一位噪声整形 ADC 279 8.22 二进制补码编码 281 8.23 数字音频中的电平 283 8.24 AES/EBU 接口 285 参考文献 299
声音再现的艺术 - Pearl HiFi
8.1 数字音频简介 219 8.2 二进制 221 8.3 转换 224 8.4 采样和混叠 224 8.5 采样率的选择 228 8.6 采样时钟抖动 228 8.7 光圈效应 230 8.8 量化 232 8.9 量化误差 234 8.10 抖动简介 238 8.11 重新量化和数字抖动 241 8.12 抖动技术 244 8.12.1 矩形 pdf 抖动 244 8.12.2 三角形 pdf 抖动 246 8.12.3 高斯 pdf 抖动 247 8.13 基本数模转换 247 8.14 基本模数转换 255 8.15 替代方法转换器 260 8.16 过采样 263 8.17 无噪声整形的过采样 269 8.18 噪声整形 270 8.19 噪声整形 ADC 274 8.20 一位 DAC 277 8.21 一位噪声整形 ADC 279 8.22 二进制补码编码 281 8.23 数字音频中的电平 283 8.24 AES/EBU 接口 285 参考文献 299
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8.1 数字音频简介 219 8.2 二进制 221 8.3 转换 224 8.4 采样和混叠 224 8.5 采样率的选择 228 8.6 采样时钟抖动 228 8.7 光圈效应 230 8.8 量化 232 8.9 量化误差 234 8.10 抖动简介 238 8.11 重新量化和数字抖动 241 8.12 抖动技术 244 8.12.1 矩形 pdf 抖动 244 8.12.2 三角形 pdf 抖动 246 8.12.3 高斯 pdf 抖动 247 8.13 基本数模转换 247 8.14 基本模数转换 255 8.15 替代转换器 260 8.16 过采样 263 8.17 无噪声整形的过采样 269 8.18 噪声整形 270 8.19 噪声整形 ADC 274 8.20 一位 DAC 277 8.21 一位噪声整形 ADC 279 8.22 二进制补码编码 281 8.23 数字音频中的电平 283 8.24 AES/EBU 接口 285 参考文献 299
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8.1 数字音频简介 219 8.2 二进制 221 8.3 转换 224 8.4 采样和混叠 224 8.5 采样率的选择 228 8.6 采样时钟抖动 228 8.7 光圈效应 230 8.8 量化 232 8.9 量化误差 234 8.10 抖动简介 238 8.11 重新量化和数字抖动 241 8.12 抖动技术 244 8.12.1 矩形 pdf 抖动 244 8.12.2 三角形 pdf 抖动 246 8.12.3 高斯 pdf 抖动 247 8.13 基本数模转换 247 8.14 基本模数转换 255 8.15 替代方法转换器 260 8.16 过采样 263 8.17 无噪声整形的过采样 269 8.18 噪声整形 270 8.19 噪声整形 ADC 274 8.20 一位 DAC 277 8.21 一位噪声整形 ADC 279 8.22 二进制补码编码 281 8.23 数字音频中的电平 283 8.24 AES/EBU 接口 285 参考文献 299