2022 年 8 月 13 日 — 关岛有着悠久的历史,可以追溯到几千年前。关岛见证了查莫罗人的祖先在数千年中的生活,以及最近五年的生活。
双倍(DH)技术更常规地应用于玉米杂种繁殖中。但是,单倍诱导和识别的某些问题持续存在,需要解决以优化DH生产。我们的目标是使用taqman测定法实施QHIR1(MTL/ ZMPLA1/ NLD)和QHIR8(ZMDMP)的同时进行标记辅助选择(MAS),以在F 2代生成四个BHI306衍生的热带热带×温度诱导剂中。我们还旨在评估F 3代的单倍体诱导率(HIR)作为对MAS的表型反应。我们强调了每个诱导剂家族的HIR的显着增加。携带QHIR1和QHIR8的基因型比仅携带QHIR1的基因型表现出1-3倍的单倍体频率。此外,QHIR1标记还用于在种植后7天验证推定的单倍体幼苗。流式细胞仪分析是评估R1-NJ和QHIR1标记的准确性的黄金标准测试。QHIR1标记显示出很高的精度,并且可以在早期幼苗阶段通过R1-NJ标记在早期幼苗阶段进行多个单倍体识别。
手稿:所有共同作者玛丽亚·格拉西亚·朗卡罗洛(Maria Grazia Roncarolo)手稿写作:沃尔克·威伯金(Volker Wiebking),马修·波特斯(Matthew Porteus)评论Wiebking,Matthew Porteus,Alice Bentaira监督:爱丽丝·伯恩塔(Alice Bentausis):爱丽丝·贝纳塔(Alice Bnateis):爱丽丝·伯恩塔(Alice Berainda),马修·托尔特(Matthew) Nathalie Mostrel Off-target analysis: Ciaran M. Lee and Gang Bao Data Matthew Porteus In vitro studies: Volker Wiebking, Premanjali Lahiri In vivo studies: Volker Conception and design: Volker Wiebking, Rasmus Bak, Alice Bertaina and Contributions:
(a)Q. Alba基因组组装的HAPA和HAPB之间的结构同步。两个反转超过1 Mb:3染色体上的1.1 Mb反转和染色体上的1.9 Mb反转。35S阵列的位置用红色正方形表示,5S阵列用红色圆圈表示。(b)中期染色体用两对35(绿色)和一对5s(红色)rDNA信号扩散。小型35S信号由白色箭头指示。
鳄梨 (Persea americana) 是木兰科植物的一种,木兰科植物是被子植物的早期分支谱系,其果实营养丰富,在全球具有很高的价值。在这里,我们报告了商业鳄梨品种 Hass 的染色体水平基因组组装,该品种占世界鳄梨消费量的 80%。使用由遗传图谱支持的先前发布的基因组版本进一步组装由 Pacific Biosciences HiFi 读数产生的 DNA 重叠群。总组装体为 913 Mb,重叠群 N50 为 84 Mb。分配给 12 条染色体的重叠群代表 874 Mb,覆盖了 98.8% 的胚性植物基准单拷贝基因。蛋白质编码序列注释确定了 48 915 个鳄梨基因,其中 39 207 个可归因于功能。基因组含有 62.6% 的重复元素。研究了基因组中感兴趣的特定生物合成途径。分析表明,鳄梨中庚糖生物合成的主要途径可能是通过景天庚酮糖 1,7 双磷酸,而不是通过其他途径。内切葡聚糖酶基因数量众多,与鳄梨使用纤维素酶催熟果实一致。尽管经历了多次基因组复制事件,但鳄梨基因组似乎在同源染色体之间有有限数量的易位。与相关物种的蛋白质组聚类允许识别鳄梨和樟科其他成员特有的基因,以及在单子叶植物和真双子叶植物分化前或分化时分化的物种特有的基因。该基因组提供了一种工具,以支持未来开发产量和果实质量更高的优质鳄梨品种。
通过仅使用蛋白质和化合物的一维结构进行分析,可以极快地进行计算(比对接模拟快 2,000 倍以上),同时达到与使用现有三维结构进行分析相同的精度。
稀有变异难以检测是传统全基因组关联研究 (GWAS) 面临的问题之一。这一问题与单倍型等由多个等位基因组成的复杂基因组成密切相关。为解决这一问题,已提出了多种单核苷酸多态性 (SNP) 集方法。但这些方法很少与单倍型相关讨论。在本研究中,我们开发了一种新的 SNP 集方法“RAINBOW”,并将该方法应用于基于单倍型的 GWAS,将单倍型块视为 SNP 集。结合单倍型块估计和 SNP 集 GWAS,可在无需先前单倍型信息的情况下进行基于单倍型的 GWAS。我们准备了 100 组稻 (Oryza sativa subsp.) 的模拟表型数据和真实标记基因型数据集。 indica,并对数据集进行 GWAS。我们比较了我们的方法、传统的单 SNP GWAS、传统的基于单倍型的 GWAS 以及传统的 SNP 集 GWAS 的功效。结果显示我们的方法在三个方面优于这些方法:(1)控制假阳性;(2)如果数据集中对因果变异进行了基因分型,则可以不依赖连锁不平衡来检测因果变异;(3)它显示出比其他方法更高的功效,即它能够检测到其他方法未能检测到的因果变异,主要是当因果变异位置非常接近且其作用方向相反时。通过在本研究中使用 SNP 集方法,我们期望不仅可以检测出罕见变异,还可以检测出具有复杂机制的基因,例如具有多个因果变异的基因。 RAINBOW 是作为名为“RAINBOWR”的 R 包实现的,可从 CRAN(https://cran.r-project.org/web/packages/RAINBOWR/index.html)和 GitHub(https://github.com/KosukeHamazaki/RAINBOWR)获取。
计算机组织为二进制、十五位(位)“通用”计算机,采用并行字传输和单地址指令,指令和数据存储在一个公共内存体中,该内存体由几千字的固定有线内存和大约一千字的可擦除内存组成。后者包括少量可寻址的中央寄存器。
更远的地方是太阳对流区,能量以湍流翻腾运动的形式传输,类似于一锅沸腾的汤。可见表面,即光球层,厚度只有约 400 公里。在光球层上方,我们发现了色球层,这是一层薄薄的热气体,延伸至几千公里。在色球层上方是日冕,即太阳大气的最外层。
