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英吉利海峡和凯尔特海岩石的半自动测绘
摘要 本报告介绍了采用半自动化方法绘制海底基岩露头的结果。该方法由两个要素组成，即 1) 使用随机森林集成模型自动空间预测海底岩石的存在与否，以及 2) 根据辅助地质数据和专家知识手动编辑模型输出。该方法适用于 Charting Progress 2 区域 3（东海峡）和 4（西海峡和凯尔特海），但预计也适用于其他区域海域。自动预测是基于对岩石存在与否（响应变量）的观察以及各种预测变量，包括水深、水深的几种导数（坡度、粗糙度、水深位置指数等）、模拟流体动力学（深度平均潮流速度和峰值波轨道速度）和地质信息，例如基于基岩年龄和岩性的相对抗侵蚀性、沉积物流动性指标以及海床或海床附近硬质基质的存在。根据一组独立的测试数据评估了模型输出的准确性，准确性统计数据表明结果令人满意（总体准确性：83%）。目视检查确实发现某些地方存在错误分类，并相应地调整了模型输出。根据测深数据的类型（质量）、随机森林集合的模型一致性以及空间明确方式下的预测与观测之间的一致性，对已开发岩层的置信度进行了评估。在以系统方式进行手动编辑的情况下，对置信度分数进行了修改。最终输出显著改善了对英吉利海峡和凯尔特海海底基岩存在的表示。
Biowep Workflow颁布门户ID中生物信息学处理器的半自动和有效注释-181 Romano Paolo 1，Marra Domenico
1个生物信息学和结构蛋白质组学，国家癌症研究所。Genova动机工作流程系统是协调对标准化Web服务数据并检索数据的有效选择。已经开发了用于生物信息学的各种工作流管理系统（WMS）。然而，创建工作流程可能很困难，因为它暗示了可用的Web服务和数据格式的知识，而不是提及编程技能。工作流颁布门户。Biowep是生物信息学的工作流颁布门户，已在线向所有研究人员提供[1,2]。它允许进行预定义的工作流以及工作流执行和相关结果的存储和检索。它通过生物信息学任务的本体来支持工作流程的注释。搜索和选择工作流程可以根据其注释进行。BiOwep使用开源：WMS Taverna [3]和MySQL。在这里，我们提出了BiOWEPS WorkFlow存储库管理器（WFRM），这是一个Web应用程序，用于管理工作流存储库中的工作流程。wfrm支持用XSCUFL描述的半自动，有效的插入，更新和注释，这是Mygrid倡议中开发的工作流语言[4,5]。方法WFRM已被实施为BioWep管理的前端。它是通过使用Javaserver页面（JSP）技术编写的，该技术提供了一种快速，简化，与服务器和平台无关的方式来创建动态Web内容。现在，系统维护是简单而直观的。WFRM提供了一个以用户为中心的接口，用于上传用XSCUFL语言编写的工作流程。它包括一个基于MySQL数据库的Java类后端组件，该组件将接口与工作流存储库连接起来。上传的工作流程首先存储在工作目录中，然后通过使用一组基于SAX的类进行句法验证并最终解析。这些返回工作流对客户端应用程序的值，因此在数据库中促进了以应用程序驱动的基本数据的插入，例如工作流量名称，描述和作者。其他信息，例如Workflows应用程序域，必须由用户添加。在我们的DB模式中，我们称之为版本的工作流程及其实现之间有区别。工作流程仅在其目标的基础上在概念上描述，并且没有指任何实际文件。而是将每个版本严格链接到一个文件，可以制定并给出结果。版本可能会有所不同，例如，对于访问的Web服务，提供替代方案，但同等，服务和本地详细处理程序，可以通过保持相同的功能来修改它们。因此，WFRM在上传新工作流程之间有一个区别，在这种情况下，关联的文件将分配给工作流的第一个版本，或者是现有工作流的新版本。提交的文件包括处理器的描述，其链接以及工作流的整体输入和输出。通过生物信息学数据和任务的分类，WFRM在半自动上有效地注释了此信息。我们选择注释总体工作流程和最重要的处理器（将其选择留给用户）。然后将注释插入数据库中，而工作流程本身不会更改。java applet为研究人员提供了探索性工具，用于识别和选择注释应用程序域，详细说明任务以及输入和输出数据类型的最佳定义。可以随时更新（插入，修改或删除）注释。我们对生物信息学任务和数据的分类来自原始的Mygrid本体[6]，这些本体已通过使用不同的层次结构进行了重组，并通过添加生物资源和图像数据类型来扩展。在搜索存储库中的工作流程时也使用此注释。结果，我们介绍了WFRM，这是一种用户友好的接口，该界面是用于在BiOWEP WorkFlow存储库中高效且半自动管理信息的工具。之前，在存储库中插入工作流程是一个复杂且耗时的过程，需要手动更新数据库内容。工作流程基本数据已收集，处理器由适当的本体学注释，并且数据库以连贯和有效的方式更新。