XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System和力
先进颅骨及颅面植入物制造对其降解亲和力的影响
1 安全技术研究所“MORATEX”，3 M. Sklodowskiej-Curie Str., 90-505 Lodz，波兰；efudali@moratex.eu (EC-F.)；dbasinska@moratex.eu (DB)；ajastrzabek@moratex.eu (AK-J.) 2 西里西亚理工大学机械工程学院机械设计基础系，Konarskiego 18a Str., 44-100 Gliwice，波兰；malgorzata.muzalewska@polsl.pl (MM)；marek.wylezol@polsl.pl (MW) 3 Syntplant，Rubie˙z 46/C4, 61-612 Poznan，波兰； off?ce@syntplant.com 4 波兹南理工大学材料技术研究所，Piotrowo 3 Str., 61-138 Poznan，波兰；jacek.andrzejewski@put.poznan.pl 5 Lukasiewicz 研究网络 - 罗兹理工学院，19/27 M. Sklodowskiej-Curie Str., 90-570 Lodz，波兰；nina.tarzynska@lit.lukasziewicz.gov.pl (NT)；karolina.gzyra-jagiela@lit.lukasiewicz.gov.pl (KG-J.) * 通讯地址：mstruszczyk@moratex.eu
114-药物目标亲和力的定量预测模型...
关键字：ENROFLOXATIN，牛血清白蛋白，绑定相互作用1。引言属于氟喹诺酮类药物组的Enrorofloxin（EFLX）已被发现抑制包括铜绿假单胞菌和肠杆菌科在内的大多数革兰氏阴性病原体。在医学方面，它可用于呼吸道感染，淋病，细菌性胃肠炎，皮肤软组织感染，简单和复杂的尿路感染，尤其是由革兰氏阴性和革兰氏阳性引起的感染[1]。作为循环系统中最丰富的蛋白质之一，血清白蛋白是血液中的主要传输蛋白，可以可逆地与小分子结合，例如脂肪酸，氨基酸，药物和无机离子[2]。胆红素，激素和外源或内源性配体。HSA的X射线晶体学分析表明，此HSA的X射线晶体学分析表明，此
评估终点方法预测蛋白激酶抑制剂的结合亲和力趋势的能力
蛋白激酶（PK）酶是巨大的超家族的一部分，在各种细胞活化事件中起着重要作用。1 PK酶会催化磷酸基团在酶（苏氨酸，丝氨酸，酪氨酸和组氨酸）中存在于酶的催化位点（也称为ATP结合位点）中，这代表了调节酶活性的关键过程。PK酶的三维结构是由两个域（也称为Lobes）形成的，它们通过固定铰链区域相互关联。这两个结构域之间的界面形成了疏水性CLE构造ATP结合位点（图1）。较小的N端子结构域由B-表格（B 1 - B 5）和一个螺旋（称为C）构成，而第二个C末端域则由多个A螺栓（A D - A I）富集。2 - 4 PK酶共享一些2 - 4 PK酶共享一些
用于蛋白质 - 小分子相互作用的多模式变压器网络增强了药物目标亲和力和酶 - 基底预测
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2023年8月22日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.08.21.554147 doi：Biorxiv Preprint
SARS-COV-2蛋白酶抑制剂的设计具有改善的亲和力和对突变的敏感性
1斯坦福大学神经生物学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 2 Aarhus University化学系；丹麦的奥尔胡斯。 3斯坦福大学生物工程系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 4得克萨斯大学医学分公司微生物和免疫学系；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 5斯坦福大学医学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 6斯坦福大学的体外生物安全3级服务中心，斯坦福大学；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 7在斯坦福大学化学，工程和医学（Chem-H）的化学，工程和医学计划；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 8斯坦福大学，斯坦福大学大分子结构知识中心；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 9病理学系，德克萨斯大学医学分公司；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 10神经科学，细胞生物学和解剖学系，德克萨斯大学医学分支机构；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 11斯坦福大学微生物与免疫学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学12 Chan Zuckerberg Biohub；美国加利福尼亚州旧金山。 13斯坦福大学化学与系统生物学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 *相应的作者。 电子邮件：westberg@chem.au.dk，mzlin@stanford.edu摘要：SARS-COV-2主要蛋白酶（M Pro）的抑制剂，例如Nirmatrelvir（NTV）（NTV）和Entitrelvir（ETV），证明了在降低了与CRUTISS的相关性中的相关性，但有效地降低了与CRUTISS的相关性，并且存在于共同性的情况下，并且存在着众多的未来。 反抗。 第二代口服药物在这些突变体上保留功能。1斯坦福大学神经生物学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。2 Aarhus University化学系；丹麦的奥尔胡斯。 3斯坦福大学生物工程系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 4得克萨斯大学医学分公司微生物和免疫学系；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 5斯坦福大学医学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 6斯坦福大学的体外生物安全3级服务中心，斯坦福大学；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 7在斯坦福大学化学，工程和医学（Chem-H）的化学，工程和医学计划；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 8斯坦福大学，斯坦福大学大分子结构知识中心；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 9病理学系，德克萨斯大学医学分公司；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 10神经科学，细胞生物学和解剖学系，德克萨斯大学医学分支机构；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 11斯坦福大学微生物与免疫学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学12 Chan Zuckerberg Biohub；美国加利福尼亚州旧金山。 13斯坦福大学化学与系统生物学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 *相应的作者。 电子邮件：westberg@chem.au.dk，mzlin@stanford.edu摘要：SARS-COV-2主要蛋白酶（M Pro）的抑制剂，例如Nirmatrelvir（NTV）（NTV）和Entitrelvir（ETV），证明了在降低了与CRUTISS的相关性中的相关性，但有效地降低了与CRUTISS的相关性，并且存在于共同性的情况下，并且存在着众多的未来。 反抗。 第二代口服药物在这些突变体上保留功能。2 Aarhus University化学系；丹麦的奥尔胡斯。3斯坦福大学生物工程系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。4得克萨斯大学医学分公司微生物和免疫学系；美国德克萨斯州加尔维斯顿。5斯坦福大学医学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 6斯坦福大学的体外生物安全3级服务中心，斯坦福大学；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 7在斯坦福大学化学，工程和医学（Chem-H）的化学，工程和医学计划；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 8斯坦福大学，斯坦福大学大分子结构知识中心；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 9病理学系，德克萨斯大学医学分公司；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 10神经科学，细胞生物学和解剖学系，德克萨斯大学医学分支机构；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 11斯坦福大学微生物与免疫学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学12 Chan Zuckerberg Biohub；美国加利福尼亚州旧金山。 13斯坦福大学化学与系统生物学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 *相应的作者。 电子邮件：westberg@chem.au.dk，mzlin@stanford.edu摘要：SARS-COV-2主要蛋白酶（M Pro）的抑制剂，例如Nirmatrelvir（NTV）（NTV）和Entitrelvir（ETV），证明了在降低了与CRUTISS的相关性中的相关性，但有效地降低了与CRUTISS的相关性，并且存在于共同性的情况下，并且存在着众多的未来。 反抗。 第二代口服药物在这些突变体上保留功能。5斯坦福大学医学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。6斯坦福大学的体外生物安全3级服务中心，斯坦福大学；美国加利福尼亚州斯坦福大学。7在斯坦福大学化学，工程和医学（Chem-H）的化学，工程和医学计划；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 8斯坦福大学，斯坦福大学大分子结构知识中心；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 9病理学系，德克萨斯大学医学分公司；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 10神经科学，细胞生物学和解剖学系，德克萨斯大学医学分支机构；美国德克萨斯州加尔维斯顿。 11斯坦福大学微生物与免疫学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学12 Chan Zuckerberg Biohub；美国加利福尼亚州旧金山。 13斯坦福大学化学与系统生物学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。 *相应的作者。 电子邮件：westberg@chem.au.dk，mzlin@stanford.edu摘要：SARS-COV-2主要蛋白酶（M Pro）的抑制剂，例如Nirmatrelvir（NTV）（NTV）和Entitrelvir（ETV），证明了在降低了与CRUTISS的相关性中的相关性，但有效地降低了与CRUTISS的相关性，并且存在于共同性的情况下，并且存在着众多的未来。 反抗。 第二代口服药物在这些突变体上保留功能。7在斯坦福大学化学，工程和医学（Chem-H）的化学，工程和医学计划；美国加利福尼亚州斯坦福大学。8斯坦福大学，斯坦福大学大分子结构知识中心；美国加利福尼亚州斯坦福大学。9病理学系，德克萨斯大学医学分公司；美国德克萨斯州加尔维斯顿。10神经科学，细胞生物学和解剖学系，德克萨斯大学医学分支机构；美国德克萨斯州加尔维斯顿。11斯坦福大学微生物与免疫学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学12 Chan Zuckerberg Biohub；美国加利福尼亚州旧金山。13斯坦福大学化学与系统生物学系；美国加利福尼亚州斯坦福大学。*相应的作者。电子邮件：westberg@chem.au.dk，mzlin@stanford.edu摘要：SARS-COV-2主要蛋白酶（M Pro）的抑制剂，例如Nirmatrelvir（NTV）（NTV）和Entitrelvir（ETV），证明了在降低了与CRUTISS的相关性中的相关性，但有效地降低了与CRUTISS的相关性，并且存在于共同性的情况下，并且存在着众多的未来。 反抗。第二代口服药物在这些突变体上保留功能。我们假设共价HCV蛋白酶抑制剂BOCEPREVIR（BPV）可以作为与现有药物更加紧密抑制SARS-COV-2 M Pro的口服生物可用药物的基础。执行BPV的结构引导的修饰，我们开发了一种皮摩尔亲和抑制剂ML2006A4，具有抗病毒活性，口服药代动力学和治疗效力，类似于NTV或优于NTV。ML2006A4的关键特征是酮酰胺反应性基团的新衍生化，可改善细胞的渗透性和口服生物利用度。最后，ML2006A4对几种对NTV或ETV的抗性的突变不太敏感，并且发生在天然SARS-COV-2种群中。因此，预期的药物设计可以预先解决潜在的抗药性机制。
GraphCL-DTA：一种具有分子语义的图对比学习，用于药物靶标结合亲和力预测
药物-靶标结合亲和力预测在药物发现的早期阶段起着重要作用，可以推断新药与新靶标之间相互作用的强度。然而，以前的计算模型的性能受到以下缺点的限制。药物表示的学习仅依赖于监督数据，而没有考虑分子图本身所包含的信息。此外，大多数以前的研究倾向于设计复杂的表示学习模块，而忽略了用于衡量表示质量的均匀性。在本研究中，我们提出了GraphCL-DTA，一种用于药物-靶标结合亲和力预测的具有分子语义的图对比学习。在GraphCL-DTA中，我们设计了一个针对分子图的图对比学习框架来学习药物表示，从而保留了分子图的语义。通过该图对比框架，可以在不需要额外监督数据的情况下学习更本质、更有效的药物表示。接下来，我们设计了一个新的损失函数，可直接用于平滑地调整药物和靶标表示的均匀性。通过直接优化表示的均匀性，可以提高药物和靶标的表示质量。在KIBA和Davis两个真实数据集上验证了上述创新元素的有效性。GraphCL-DTA在上述数据集上的优异表现表明了其优于当前最佳模型。
多丝电弧增材制造TC4/Nb仿生层状异质合金的组织演变和力学性能
电弧增材制造零件性能的提升依赖于结构创新和定制打印，自然优化的结构可以为设计制造提供灵感。本文以Crysomalon squamiferum壳的生物结构为灵感，采用多丝电弧增材制造（MWAAM）技术设计并制备了层状TC4/Nb多材料合金零件。利用EDS、SEM、EBSD和力学性能试验机研究了MWAAM加工仿生异质TC4/Nb多材料合金零件的界面反应、相组成、微观组织演变、晶体生长、力学性能和裂纹扩展。结果表明，MWAAM TC4/Nb多材料合金试样不同层间形成了良好的冶金结合；Ti/Nb多材料合金零件主要由α-Ti、β-Ti和（Nb，Ti）固溶体相组成。随着Nb含量的增加，从TC4层到G1层，相形貌经历了一个连续的转变过程：片层状α+β→细片层状α+短棒状α+β→针状α+β→细针状α+β。此外，随着Nb含量的增加，TC4/Nb多材料合金组分从TC4层到G2层的晶粒尺寸由3.534μm逐渐减小到2.904μm。TC4/Nb多材料合金从TC4层到G2层的显微硬度范围为404.04~245.23HV。TC4/Nb多材料合金试样具有较高的压缩强度和极限拉伸强度分别为2162.64±26MPa和663.39MPa，对应的应变量分别为31.99%和17.77%。优异的力学行为主要归因于层间晶粒尺寸的梯度转变和组织演变的良好结合；拉伸试验过程中裂纹扩展主要以裂纹偏转和多级开裂为主；TC4/Nb多材料合金构件中TC4层的强度高于G1层和G2层。
DrugOOD：人工智能辅助药物发现的分布外数据集管理和基准 - 重点关注带有噪声注释的亲和力预测问题
人工智能辅助药物发现 (AIDD) 因其能够使新药搜索更快、更便宜、更有效而越来越受欢迎。尽管它广泛应用于众多领域（例如 ADMET 预测、虚拟筛选），但对带噪声的分布外 (OOD) 学习问题的研究却很少。我们提出了 DrugOOD，一个系统的 OOD 数据集管理和 AIDD 基准。具体来说，我们专注于药物-靶标结合亲和力预测问题，其中涉及大分子（蛋白质靶标）和小分子（药物化合物）。DrugOOD 提供了一个自动化的数据集管理者，具有用户友好的自定义脚本、与生物化学知识一致的丰富领域注释、逼真的噪声水平注释以及 SOTA OOD 算法的严格基准测试，而不是仅提供固定数据集。由于分子数据通常使用图神经网络 (GNN) 主干建模为不规则图，因此 DrugOOD 还可作为图 OOD 学习问题的宝贵试验台。大量的实证研究表明，分布内和分布外实验之间存在显著的性能差距，这强调了需要开发更有效的方案，以允许 AIDD 在噪声下进行 OOD 泛化。
多丝电弧增材制造TC4/Nb仿生层状异质合金的组织演变和力学性能
电弧增材制造零件性能的提升依赖于结构创新和定制打印，自然优化的结构可以为设计制造提供灵感。本文以Crysomalon squamiferum壳的生物结构为灵感，采用多丝电弧增材制造（MWAAM）技术设计并制备了层状TC4/Nb多材料合金零件。利用EDS、SEM、EBSD和力学性能试验机研究了MWAAM加工仿生异质TC4/Nb多材料合金零件的界面反应、相组成、微观组织演变、晶体生长、力学性能和裂纹扩展。结果表明，MWAAM TC4/Nb多材料合金试样不同层间形成了良好的冶金结合；Ti/Nb多材料合金零件主要由α-Ti、β-Ti和（Nb，Ti）固溶体相组成。随着Nb含量的增加，从TC4层到G1层，相形貌经历了一个连续的转变过程：片层状α+β→细片层状α+短棒状α+β→针状α+β→细针状α+β。此外，随着Nb含量的增加，TC4/Nb多材料合金组分从TC4层到G2层的晶粒尺寸由3.534μm逐渐减小到2.904μm。TC4/Nb多材料合金从TC4层到G2层的显微硬度范围为404.04~245.23HV。TC4/Nb多材料合金试样具有较高的压缩强度和极限拉伸强度分别为2162.64±26MPa和663.39MPa，对应的应变量分别为31.99%和17.77%。优异的力学行为主要归因于层间晶粒尺寸的梯度转变和组织演变的良好结合；拉伸试验过程中裂纹扩展主要以裂纹偏转和多级开裂为主；TC4/Nb多材料合金构件中TC4层的强度高于G1层和G2层。
适用于电弧定向能量沉积的先进银微合金化铝合金的微观结构和力学性能
实施电弧定向能量沉积需要开发新型、工艺适应性强的高性能铝合金。然而，传统的高强度合金难以加工，因为它们容易产生热裂纹。基于 Al-Mg-Zn 的交叉合金结合了良好的可加工性和人工时效后的良好机械性能。在这里，我们提出了一种使用 Ag 微合金化进一步改善 Al-Mg-Zn 交叉合金机械性能的努力。在样品中没有观察到裂纹和少量孔隙。微观结构以细小和球状晶粒为主，晶粒尺寸为 26.6 l m。晶粒结构基本上没有纹理，包含细小的微观偏析区，偏析缝厚度为 3-5 微米。经热处理后，这些微观偏析区溶解，并形成 T 相沉淀物，这通过衍射实验得到澄清。该沉淀反应导致显微硬度为 155 HV0.1，屈服强度分别为 391.3 MPa 和 418.6 MPa，极限拉伸强度分别为 452.7 MPa 和 529.4 MPa，横向和纵向断裂应变分别为 3.4% 和 4.4%。所得结果表明，可以使用新开发的铝交叉合金通过电弧直接能量沉积制造高负荷结构。