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World File Search System四倍体
CRISPR-Cas9 靶向 eIF4E1 基因可扩大 Solanum tuberosum L. cv. Desirée 的马铃薯 Y 病毒抗性谱
翻译起始因子，特别是 eIF4E 家族，是许多植物物种对马铃薯 Y 病毒组隐性抗性的主要来源。然而，在马铃薯 (Solanum tuberosum L.) 种质中尚未鉴定出 eIF4E 介导的对该病毒属的抗性。与番茄一样，马铃薯 eIF4E 基因家族由 eIF4E1、其旁系同源物 eIF4E2、eIF(iso)4E 和 nCBP 组成。在番茄中，eIF4E1 敲除 (KO) 可对一组马铃薯 Y 病毒组产生抗性，而 eIF4E1/2 双 KO 虽然可产生更广泛的抗性，但会导致植物发育缺陷。这里，四倍体马铃薯 cv。 Desirée 拥有显性 Ny 基因，该基因可抗马铃薯 Y 病毒 (PVY) 菌株 O 但不抗 NTN，用于评估通过 CRISPR-Cas9 介导的 eIF4E1 易感基因 KO 来扩大其 PVY 抗性谱的可能性。经过植物原生质体转染再生的双重过程，获得了 eIF4E1 KO 马铃薯。敲除是针对 eIF4E1 的，在其 eIF4E2 旁系同源物中未发现突变。eIF4E 家族的表达分析表明，eIF4E1 的破坏不会改变其他家族成员的 RNA 稳态水平。用 PVY NTN 分离物攻击的 eIF4E1 KO 系显示病毒积累减少和病毒诱导症状改善，表明 eIF4E1 基因是其增殖所必需的但不是必需的。我们的数据表明，可以通过增强 eIF4E 介导的隐性抗性，有效利用 eIF4E1 编辑来拓宽优良马铃薯品种（如 Desirée）的 PVY 抗性谱。
非线性有限的精确和最佳二次化 -
摘要。普通微分方程的多项式和非分解系统的二二次化在多种学科中，例如系统理论，流体力学，化学反应建模和数学分析。二次化揭示了模型的新变量和结构，该变量和结构可能更容易分析，模拟，控制并提供了方便的学习参数化。本文提出了新的理论，算法和软件功能，用于非自治odes的二次化。我们根据输入函数的规律性提供存在结果，因为可以通过二次化获得二次双线系统的情况。我们进一步发展存在结果和一种算法，该算法概括了具有任意维度的系统的二次化过程，该系统在尺寸增长时保留了非线性结构。对于此类系统，我们提供维度不合时宜的二次化。一个示例是半消化的PDE，当离散化大小增加时，非线性项在象征性上相同。作为这项研究实际采用的重要方面，我们将QBEE软件的功能扩展到具有任意维度的ODES和ODES的非自治系统。我们提供了以前在文献中报道的ODE的几个示例，在此，我们的新算法找到了比先前报道的提升转换的四倍体ode系统。我们进一步强调了二次化的重要领域：减少阶模型学习。太阳风示例突出了这些优势。该区域可以通过在最佳提升变量中工作而受益匪浅，其中二次模型提供了模型的直接参数化，这也避免了非线性项的额外超重还原。
对小麦启动子中的 430 万个突变进行测序，以了解和修改基因
小麦是全球粮食安全的重要贡献者，为了养活不断增长的人口，小麦需要进一步改良。功能遗传学和基因组学工具可以帮助我们了解不同基因的功能并设计有益的变化。在这项研究中，我们使用启动子捕获分析对四倍体小麦品种 Kronos 的 1,513 株诱变植物中所有高置信度注释基因上游 2 kb 区域进行测序。我们鉴定了 430 万个诱发突变，准确率为 99.8%，突变密度为每 kb 41.9 个突变。我们还将 Kronos 外显子组捕获读数重新映射到 Chinese Spring RefSeq v1.1，鉴定了 470 万个突变，并预测了它们对注释基因的影响。使用这些预测，我们鉴定出的非同义替换比原始研究多 59%，截断突变多 49%。为了展示启动子数据集的生物学价值，我们选择了 VRN - A1 春化基因启动子内的两个突变。这两个突变都位于转录因子结合位点内，显著改变了 VRN - A1 的表达，一个突变减少了每个穗的小穗数量。这些公开可用的测序突变数据集提供了快速且廉价的途径，可以获取大多数小麦基因启动子和编码区中诱导的变异。这些突变可用于了解和调节基因表达和表型，用于基础和商业应用，有限的政府监管可以促进部署。这些突变集合与基因编辑一起，为加速这种经济重要作物的功能遗传研究提供了宝贵的工具。
蓝莓育种的经验教训
蓝莓（Vaccinium corymbosum 和杂交种）是一种特种作物，其产量和消费量在世界范围内不断扩大。佛罗里达大学 (UF) 的蓝莓育种计划通过开发更适合全球亚热带和地中海气候的耐寒品种，极大地促进了蓝莓产区的扩大。该育种计划历来侧重于表型轮回选择。作为一种同源多倍体、异交、多年生、幼年期较长的作物，蓝莓的育种周期成本高且耗时长，导致单位时间内的遗传增益低。受分子标记在育种早期阶段进行更准确选择的启发，我们进行了开创性的基因组预测研究和优化，以实施蓝莓育种计划。我们还解决了同源多倍体作物基于序列的基因分型和模型参数化的一些复杂性，提供了可以扩展到其他多倍体物种的经验贡献。我们在此回顾了我们之前的一些基因组预测研究，并描述了目前在作物方面取得的成就。在本文中，我们对同源四倍体作物基因组预测的贡献有三方面：i) 总结了模型参数化（例如二倍体或多倍体方法）的相关性以及显性效应的纳入的先前结果；ii) 评估序列覆盖深度和基因型剂量调用步骤的重要性；iii) 通过使用独立验证集展示基因组选择对利用育种决策的真正影响。总之，我们提出了一种在蓝莓中使用基因组选择的策略，并有可能应用于具有类似背景的其他多倍体物种。
基于基因组编辑
Glycyrrhizin是一种三萜皂苷，是Medicinal Plant Licorice（Glycyrrhiza Uralensis，G。Glabra和G. glabra和G. forfata）中包含的一种主要活性成分，并且在全球范围内用于多样化的应用程序，例如Herbal Medicines和Seeltbal MediceSealsens和Seeltealsealseperines。对甘草的需求不断增长，威胁着野生资源，因此需要一种可疑的供应糖依氏素的方法。目的是建立一种不取决于野生植物的替代性糖素供应方法，我们试图使用毛茸茸的根培养产生糖依氏菌素。我们试图通过使用基于CRISPR/CAS9的基因编辑来阻止竞争途径来促进糖素的产生。CYP93E3 CYP72A566双敲击（KO）和CYP93E3 CYP72A566 CYP716A179 LUS1四倍体-KO变体，并在两种类型的毛毛根中都证实了大量的糖酰藻蛋白。此外，我们评估了通过同时CYP93E3 CYP72A566 Double -KO和CYP88D6 -Over Exprespression促进进一步的糖素产生的潜力。这种策略在双ko/ cyp88d6-offertexpression中的糖素积累中增加了3倍（〜1.4 mg/ g），与双旋毛根相比，平均生成的毛状根部增加了3倍。这些发现表明，封闭途径的结合和生物合成基因的过表达对于增强G. uralensis毛状根部的糖依氏菌素产生至关重要。我们的发现为使用毛茸茸的根系构成可持续性糖素的生产奠定了基础。鉴于基因组编辑技术在多毛根中的广泛使用，这种结合与基因敲除和过表达相结合，可以广泛应用于各种植物根中包含的有价值物质的生产。
对植被结构和土壤的生态研究...
印度热带地区的抽象植物入侵引起了植被结构和土壤特征的交替。目前的研究是为了评估印度迅速城市化的干燥热带地区迅速城市化的干燥干燥地区，评估juliflora invaded和无侵蚀地的土壤的植被结构和物理化学特性。在三个季节（n = 20x3x2）的两个地点，通过120个随机四倍体（每个1Mx1m）估算了植物物种的含量。在三个季节中，两个地点总共有36个随机采样的表面土壤（0-10 cm），分析了土壤pH，水分含量，有机碳和总氮。使用9个α多样性估算了植被的多样性，并通过绘制丰富多样性曲线来评估一个β多样性指数和优势。植被的相似性是由索伦森的修改指数估计的。记录了35个家庭的98种植物物种。顶级占主导地位的家庭包括紫豆菌，麦娃娃科，asteraceae和fabaceae。主导地位随着现场和季节而变化。季节性多样性在雨季>冬季>夏季的顺序中有所不同。朱利夫洛拉疟原虫的多样性低于非侵入地点的多样性。与雨季相比，植被在干燥月份往往不同。地面土壤显示出很大的特征变化。在入侵部位记录了较高的有机物和总氮。土壤水分随季节的变化而显着变化，尽管同一季节没有地点差异。总而言之，研究表明，在印度干燥的热带城市化景观中塑造植被结构时，土壤位置，季节，植物入侵和干扰存在复杂的相互作用。关键字：干燥的热带，植物多样性，植物入侵，朱利夫洛拉（Juliflora），城市植被。
基于人群的匈牙利双胞胎注册表：更新
在2006年至2021年之间，匈牙利双胞胎注册表（HTR）经营着所有年龄段的志愿者双胞胎注册表（50％单粒[MZ]，50％Dizygotic [dz]，70％女性，平均年龄34±22岁），包括1044 twin Pairs，244 pairs，24 Triplets and One quadruplet。在2021年，HTR从志愿注册中心转变为基于人群的注册表，并在布达佩斯的Semmelweis大学的医学成像中心建立。semmelweis大学的创新基金支持信息技术的发展，电话库和语音邮件基础设施，行政材料以及一个新网站，在其中双胞胎及其亲戚（父母，寄养父母或照料者）可以注册。还建立了HTR的生物库：在2021年2月至3月之间，通过密封的信件，在匈牙利（77,042个双胞胎，1194个三胞胎，20个四倍体和1个Quintuplet）中，有157,751个可能居住在匈牙利的人（77,042个双胞胎，1194个三胞胎，20个四倍和1个Quintuplet）。直到2022年11月20日，有12,001个双胞胎个人及其父母或监护人（6724个成人双胞胎，3009个父母/监护人和5277个未成年人双胞胎）注册，主要是在线。基于简单的自我报告，注册成年人中有37.6％为MZ双胞胎，DZ为56.8％。三胞胎为1.12％，未身份为4.5％。在注册儿童中，MZ为22.3％，DZ为72.7％，三胞胎为1.93％，而3.05％的人则身份不明。是女性（包括成人和小双胞胎）的59.9％。注册问卷包括八个部分，包括社会人口统计学和人体测量数据，吸烟习惯和医疗问题（疾病，操作，治疗）。匈牙利的双注册中心已成为中欧中欧唯一，最大的基于人口的双胞胎注册表。这种新资源将有助于执行世界一流的现代遗传研究。
诱导物的父本染色体消除引发油菜双单倍体的诱导
合成的八倍体油菜籽 Y3380 在用作花粉供体为植物授粉时可诱导母本双单倍体。但双单倍体形成的潜在机制仍不清楚。我们推测双单倍体诱导发生在诱导系的染色体传递到母本卵细胞，并通过受精形成合子时。在合子有丝分裂过程中，父本染色体被特异性地消除。在消除过程中，部分父本基因可能通过同源交换渗入母本基因组。然后，合子单倍体基因组加倍（早期单倍体加倍，EH 现象），加倍的合子继续发育成完整的胚胎，最终形成双单倍体后代。为了验证假设，本研究以八倍体Y3380品系为标记，将4122-cp4-EPSPS外源基因回交，得到六倍体Y3380-cp4-EPSPS作为父本材料，对3个不同的母本材料进行授粉。在授粉后48 h观察诱导品系与母本杂交的受精过程，受精率分别达到97.92%和98.72%。授粉12 d后，用原位PCR检测胚中存在cp4-EPSPS，授粉后13 — 23 d，F 1 胚含有cp4-EPSPS基因的概率高达97.27%，而后逐渐下降，在23 — 33 d时为0%。同时免疫荧光观察了3~29天胚胎中cp4-EPSPS的表达情况。随着胚胎的发育，cp4-EPSPS标记基因不断丢失，伴随胚胎死亡，30天后在存活的胚胎中检测不到cp4-EPSPS的存在。同时对诱导后代的SNP检测证实了双单倍体的存在，进一步表明诱导过程是由于父本染色体特异性的丧失引起的。四倍体诱导后代表现出诱导系基因位点的筛选，有杂合性，也有纯合性。结果表明，在诱导过程中，诱导系染色体被消除。
全基因组关联研究 (GWAS) 揭示了与马铃薯种质花卉性状相关的遗传基础
摘要：马铃薯是一种重要的非谷类主食作物，是世界大量人口的食物来源。全基因组关联研究（GWAS）分析已成为一种有用的工具，通过揭示与感兴趣性状的显著关联来揭示重要植物性状的遗传基础。本研究旨在探索表型多样性并确定与重要花部性状相关的遗传基础。总共使用 237 个四倍体马铃薯基因型作为植物材料，并根据增强区组设计连续两年（2016 年、2017 年）进行田间试验。所研究的花部性状的方差分析反映了非常显著的基因型效应。两年的平均数据显示雌蕊长度（5.53 至 9.92 mm）、雄蕊长度（6.04 至 9.26 mm）和雄蕊上方雌蕊长度（1.31 至 4.47 mm）存在显著差异。 Pearson 相关性分析表明雌蕊长度与雄蕊长度 (r = 0.42) 以及雌蕊高于雄蕊的长度 (r = 0.28) 之间存在高度显著的正相关性。进行了主成分分析，认为前两个主成分共占 81.2% 的变异。星座图根据雄蕊和雌蕊长度将所研究的马铃薯组分为两个主要种群。总共使用了 12,720 个 SNP 标记进行标记-性状关联，发现两年内共有 15 个标记与所研究的性状显著相关。在两年内识别相同的标记有助于验证获得的标记-性状关联。所识别的显著标记反映了一些可能对马铃薯育种计划有益的假定候选基因。据我们所知，这是第一项确定重要花卉性状遗传基础的研究，可能对对这些性状的马铃薯标记辅助育种感兴趣的科学界有所帮助。
四倍的perovskites中的声子嘎嘎作响
在钙钛矿中晶格电位强的非谐度的影响，包括分层的丘比特，三维型晶体和相关系统[1，2，3]。此外，铜氧化物（CUO）中Cuo 6八氏菌（Cuo）的氧气原子应该具有双重潜力。这一事实得到了许多高t c超导体和相关父系统的确定，包括Yba 2 Cu 3 O 7-δ，La 2-x Sr X Cuo 4，以及通过Exed X-Ray X-Ray x-Ray X射线吸收结构（exafs）实验，and-x ce x cuo 4-Δ计算（请参阅[1，2，4，5]及其中的参考）。在SuperContucting Ba 1-x K x Bio 3 [6]中观察到异常氧振动的相似情况。参考。[7]用Jahn-Teller Polaron模型解释了超导LA 2 CUO 4中双井潜力的出现。在参考文献中讨论了双钙壶中的双孔电池。[8]，进行区域中心软模式的计算是为了使极性和八面体旋转不稳定性表征。这些电势中的声子模式可能很不寻常。由其他原子形成的过度原子笼中弱结合离子的非谐振动通常被称为嘎嘎作响。已经在诸如Val 10 +Δ[9]，laterates [10]，Detecaborides [11]的材料中观察到它们。最近，建议在高压下合成的四倍体cucu 3 v 4 o 12 [3]。Rattling or other types of anharmonicity can lead, e.g., to Schottky-type anomaly of specific heat at low temperature [14], result in significant in- crease of electron e ff ective mass [15, 16, 17], suppress thermal conductivity [18, 19] or be a driving force for the superconduc- tivity [15, 16, 17, 20].在四倍的perovskites aa'3 b 4 o 12中