XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System因子
CRISPR 人工剪接因子。
剪接是去除前 mRNA 片段（称为内含子）同时将片段（称为外显子）连接在一起形成成熟 mRNA 的过程 1 。可变剪接是一种现象，其中基因的不同外显子片段剪接在一起形成具有不同序列的成熟 mRNA，大大扩展了单个基因编码的蛋白质库。可变剪接过程深深嵌入基因调控网络中，并控制 90% 以上的人类基因的基因异构体表达 2 。鉴于其普遍性，RNA 剪接失调与许多疾病有关也就不足为奇了 3 – 5 。RNA 测序是一种强大的工具，可用于“读取”转录组并识别不同细胞类型、条件和疾病中可变剪接的变化 2、5、6。但是，缺乏一种可扩展的工具来精确且可逆地“编写”可变剪接。尽管针对特定基因异构体进行降解的异构体特异性 RNAi 或异构体特异性 cDNA 过表达可用于扰乱异构体水平 7、8，但可能无法保持靶基因的整体表达水平。虽然剪接转换反义寡核苷酸 (ASO) 可有效扰乱剪接，甚至已进入临床试验 9，但它们的成本对于大规模研究而言过高，并且需要筛选许多设计以确定有效的靶序列。此外，由于 ASO 本质上是瞬时的，因此它们不适用于需要稳定或可诱导表达的用例。RNA 调节蛋白与异源 RNA 结合结构域的融合，例如 Pumilio/PUF、MS2 外壳蛋白 (MCP)、PP7 外壳蛋白 (PCP) 和 λ N，已经允许人工调节 RNA 过程 10 – 15。例如，通过工程化的 PUF 结构域将富含丝氨酸或富含甘氨酸的结构域束缚到外显子上，分别诱导它们的包含或排除12。然而，这些人工 RNA 效应分子需要蛋白质工程或在靶 RNA 中插入人工标签，并且依赖于短识别序列，这限制了靶向灵活性和特异性。遗传学和表观遗传学领域极大地受益于基于 RNA 引导的 DNA 靶向 CRISPR-Cas 系统的技术的爆炸式增长 16。我们，以及其他一些人，已经成功地实施了分子工具来修改目标 DNA 位点的遗传序列或表观遗传状态 17-25。CRISPR 介导的 DNA 水平基因编辑方法已被用于扰乱剪接（在剪接位点进行碱基编辑/插入缺失或切除整个外显子）19-21。然而，由于共享同一 DNA 片段的 DNA 顺式调控元件（例如转录因子结合位点）可能受到干扰，因此这些方法可能会产生混淆效应。此外，使用 CRISPR 介导的 DNA 缺失或突变方法很难促进外显子的插入。首次证明了使用 CRISPR 靶向 RNA 的激动人心的前景，即将最常用的 DNA 靶向 SpCas9 转化为 RNA 核酸酶“ RCas9 ”，并添加了 PAMmer - 一种寡核苷酸，当与靶 RNA 结合时，会模拟 SpCas9 结合所需的原型间隔区相邻基序 (PAM) 19 。虽然将 RCas9 靶向重复序列不需要 PAMmer 26 ，但重复序列仅占所有 RNA 顺式调控元件的一小部分。继 RCas9 首次报道之后，其他 CRISPR/Cas9 系统也被发现可在体外与单链 RNA 结合 27 、 28 ，但缺乏它们在哺乳动物细胞中体内 RNA 结合的证据。最近发现了来自细菌 CRISPR 系统的 RNA 引导的 RNA 核酸酶 29 – 31 。它们对哺乳动物细胞的适应不仅允许可编程的 RNA 降解 29、31、32，而且还可用于设计新功能，例如 RNA 序列编辑 30、活细胞 RNA 成像 32 和诊断 33。特别是，CasRx 是从 Ruminococcus flavefaciens 中分离出来的最近鉴定出的 IV-D 型 CRISPR-Cas 核糖核酸酶
转录因子FOXM1在糖尿病及其...
摘要：Lelliottia羊膜是一种革兰氏阴性的辅助厌氧芽孢杆菌，后来又从食物（洋葱，奶油，未经糊糊的牛奶和西班牙猪香肠）中鉴定出来，在某些情况下，在某些情况下会引起人类的感染，尤其是在人类中，尤其是在免疫成分的患者中。文献中很少有人类感染的病例，例如内脑炎，尿路感染，肾盂脾气病和败血症。我们描述了一个住在城市环境中的69岁高加索男性患者的情况拭子（2023年5月25日）在罗马尼亚县临床紧急医院的临床急诊医院被送往传染病诊所后。入院时，进行了肺计算机断层扫描（CT）扫描，该扫描的严重程度得分为25分。在疾病的第二周中，患者进行了闻症，从中进行了细菌学检查，并确定了pseudomonas putida和Lelliottia amnigena。在第三次收获痰液样品期间，将P. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. a amnigena（两种低毒力菌株均具有对抗生素的敏感性。在接受放线菌病，慢性阻塞性肺部疾病和支气管扩张的先前肺部手术的免疫抑制患者的背景下，所有这些疾病都有利于生物膜形成。在抗病毒治疗，皮质疗法，抗生素治疗（在缺乏鉴定病因学的情况下，最初与linezolid和lineZolid相关的杂苯甲和ceftazimime-avibactam），voriconazole，voriconazole，salbutamol intaration contriation contriation contriation CONTRATION CORTAINTIAN CONTIAN CORTAINS INHALALALALALALALALALALALALALALALALALALASES，在抗病毒治疗，皮质疗法，抗生素治疗（在缺乏识别病因学的情况下，最初是Meropenem）施用的进化，并将要求，出院后，患者在家中继续进行氧气治疗，流量为5 l/分钟。L. amnigena仍然是一种很少在人类病理学中孤立的病原体，但我们应该更加关注，尤其是在免疫抑制的患者中，在这种患者中，它可以造成极为严重的临床状况。
过表达伸长因子1α蛋白至...
1美国加利福尼亚州加利福尼亚大学圣地亚哥大学医学院神经科学系，美国92093，美国2 Neurowaging Group（Neural），临床神经科学研究实验室（LINCS），Santiago de Compostela（IDIS）健康研究所（IDIS），15706，SPIANIA，SPAIRAIS，SPAIRIAS，SPAIRIA，SPAIRIA，SPAINIA，SPAIRIA，SPAINIA，SPAINIA，SPAIRARES，NEURAST 3NEURAST NEURAS，NEURAS，NEURAS，NEURAS美国迭戈，加利福尼亚州拉霍亚，92093，美国4神经科学系，加利福尼亚州加利福尼亚大学圣地亚哥分校，加利福尼亚州拉霍亚大学，美国92093，美国5 VA San Diego研究服务，加利福尼亚州圣地亚哥，92161，美国，美国92161，美国，尽管蛋白质合成中的蛋白质合成中的角色均具有轴突的影响，该蛋白质是轴突的作用（CN），是轴突的维修（CN）。尚未检查合成机械。值得注意的是，某些伸长因子具有非规范功能，可能会进一步影响轴突修复。在这里，我们检查了过表达的真核伸长因子1 alpha（EEF1A）蛋白是否在单侧锥虫切开术后增强了皮质脊髓束（CST）神经元的附带发芽，以及下面的分子机制。我们发现CST神经元中的EEF1A蛋白过表达的PS6水平是神经元体内MTOR活性但不是PSTAT3和PAKT水平的指标。引人注目的是，单独表达EEF1A2，但同时又不单独使用EEF1A1或两个因素，都会增加CST神经元中蛋白质的合成和肌动蛋白重排。虽然eef1a1过表达仅在锥虫切开术后仅略微增强CST发芽，但EEF1A2的过表达显着增强了这种发芽。令人惊讶的是，EEF1A1和EEF1A2的共表达导致了类似于野生型对照的发芽表型，这表明过表达这两种蛋白质的拮抗作用。这些数据提供了第一个证据表明，过表达翻译机械的核心成分EEF1A2，增强了CST发芽，这可能是由于蛋白质合成，MTOR信号传导和肌动蛋白细胞骨架重排的结合而可能是通过增加的。
人工智能（AI）识别胰腺癌患者腹水中的生存相关因素......
注释1.中性粒细胞：一种白细胞。它可以对抗细菌和真菌等病原体，在保护身体免受感染方面发挥重要作用。 注2.巨噬细胞：一种白细胞。它们有能力吞噬和分解侵入人体的细菌和病毒等病原体以及不必要的细胞，并引发免疫反应。 注3.腹腔冲洗细胞学检查：一种病理检查，将生理盐水注入腹腔，制备标本，检查是否存在恶性细胞。若存在恶性细胞，则细胞学检查判定为阳性；若不存在恶性细胞，则细胞学检查判定为阴性。 注4. Vision Transformer：将在自然语言处理领域带来突破的具有注意力机制的Transformer应用于计算机视觉的模型。 [纸张信息]标题：深度学习使用腹膜阳性洗涤细胞学作者预测胰腺癌患者的1年预后：Noguchi Aya，Numata Yasushi，Sugawara takayori，Miura Hiromori，Konno kaori，konno Takayuki，Ariake Kyohei，Nakayama Shun，Maeda Shinpei，Otsuka Hideo，Mizuma Masamichi，Nakagawa Kei，Morikawa Kei，Akatsuka kei，Akatsuka Jun，Maeda jun，Maeda iChiro和病理学，东北大学医学院研究生院山本托Yoichiro，瑞肯高级情报项目中心病理信息学团队团队负责人（也是科学报告）发表于：科学报告
利用 CRISPR/Cas9 系统寻找新型重组修复增强子
研究成果概要（中文）：CRISPR-Cas9 是一种多功能技术，可应用于医疗。在 DNA 双链断裂后的修复途径中，与模板 DNA 同源重组 (HDR) 的修复有助于精确编辑，但同时，涉及碱基缺失或插入的 NHEJ 也以高频率发生。我使用 Traffic Light Reporter 系统进行了基于细胞的 HDR 增强因子筛选，该系统可以同时检测具有 HDR 和 NHEJ 的细胞，并确定了与 NHEJ 衍生细胞相比，HDR 衍生细胞中表达较高的几个基因。对这些基因的进一步基因本体分析表明，它们与 DNA 修复和细胞周期有关。
细胞骨架成分的先天突变引起DNA dna甲基化...
uhrf1在受精后主要迁移到卵和胚胎中的细胞质，其中少量的UHRF1在某些区域（例如ICR）中维持甲基化修饰的细胞核中剩余少量。另一方面，除了受精后立即卵和胚胎外，所有UHRF1均易位到细胞核中，并在与细胞分裂相关的DNA复制过程中复制甲基化修饰。由于使用卵的实验受到局限性，因此研究小组使用人类培养的细胞发现NLRP5和OOEEP与构成SCMC的核心蛋白之间的结合。研究小组还产生了一条细胞系，可以通过药物诱导的诱导UHRF1（称为Cuhrf1：图1），该细胞系已被修饰以将其定位为细胞质，就像卵子一样，并检查了Cuhrf1在NLRP5和OOEP存在下CuHRF1变化的蛋白质稳定性。我们发现，在OOEEP存在下，CuHRF1的稳定性不会改变，但是在NLRP5存在下，Cuhrf1的稳定性增加了两倍以上（图2）。我们还发现，NLRP5缺陷小鼠的卵中的细胞质和细胞核中UHRF1蛋白的量均降低。该结果表明，在易位进入细胞核后，稳定的UHRF1的一部分可能稳定存在。
新发现的调节癌症支持基因表达的因素
我们预测，只有在两种蛋白质结合时，就会存在一个独特的分子，并且从使用分裂 - 涡轮注释3进行的分析中，我们还发现，许多转录调节剂与该复合物结合起作用。从以上结果来看，已经揭示了BOD1L与setD1a结合，并且比作为DNA修复调节剂更有帮助癌症生长和生存的转录启动子。 ■研究人员的评论（Chiba University医学研究生院Hoshii副教授）我们很高兴能够解决蛋白质 - 蛋白质相互作用的奥秘，这些蛋白质相互作用已经很长时间了。 SETD1A本身也引起了人们的关注，作为儿童疾病和精神分裂症的原因，因此我们希望这一发现将有助于癌症以外的其他疾病的治疗。 ■词汇表注释1）CRISPR平铺方法：一种通过设计基因编辑技术CRISPR/CAS9中用于单个基因的无数SGRNA来全面检查和识别在蛋白质上具有功能的位置的方法。注2）DEPMAP数据库：一个数据库，旨在鼓励发现癌症治疗靶标和开发治疗方法，以1,000多个癌细胞系进行的大规模CRISPR-CAS9筛选的结果。注3）分裂 - 涡轮增压：一种接近依赖性的标记方法，允许识别其周围蛋白质的标记，仅限于两种蛋白质相互作用时。 ■Paper information Paper title: BOD1L mediates chromatin binding and non-canonical function of H3K4 methyltransferase SETD1A Author: Takayuki Hoshii*, Sota Kikuchi, Tomoya Kujirai, Takeshi Masuda, Tomoko Ito, Satoshi Yasuda, Makoto Matsumoto, Bahityar Rahmutulla, Masaki Fukuyo，Takeshi Murata，Hitoshi Kurumizaka，Atsushi Kaneda *负责作者杂志名称：核酸研究doi：10.1093/nar/gkae605■参考材料1纸张1个纸张标题：SetD1A的非静脉功能调节setd1a的非催化功能。 10.1016/j.cell.2018.01.032■参考材料2纸张标题：setD1a在白血病杂志中调节血红素生物合成基因的转录暂停释放杂志名称：细胞报告DOI：10.1016/j.cellep.2022.1111727
转录因子与脱氨酶的分子足迹
一个体的体细胞本质上具有相同的基因组，但每种细胞类型由与每个基因的调控区域结合的转录因子 (TF) 组合决定，从而控制 DNA 转录成 RNA。对 TF 的研究有两种方式：一种是自下而上，另一种是自上而下。自下而上的方法从分子水平开始，包括原子分辨率结构和蛋白质-DNA 复合物的单分子成像。“自上而下”的方法从整个生物体或整个细胞水平开始，包括经典的遗传学研究和分子生物学。理解功能基因组学需要采用整体方法来结合分子、细胞和组织水平的 TF 研究。在这里，我们报告了一种技术，它允许在单分子和单细胞基础上进行全基因组 TF 结合研究。
主题：粒细胞菌落刺激因子
通过两种预防性策略减轻了接受脊髓抑制化疗的患者感染的风险：抗生素和髓样生长因子。通常建议在发热中性粒细胞减少制定后建议抗生素，但美国临床肿瘤学会的指南和国家综合癌症网络建议预防髓样生长因子预防中性粒细胞减少症。目前接受骨髓抑制化学疗法的患者的批准降低中性粒细胞减少症风险，包括Pegfilgrastim（Neulasta®，Neulasta®，Neulasta onpro），Pegfilgrastim-jmdb（Fulphila®），fulphila® （NYVEPRIA™），PEGFILGRASTIM-FPGK（imponufend），Pegfilgrastim-CBQV（Udenyca™，Udenyca™on-Body），Pegfilgrastim-Bmez（Ziextenzo™），Filgrastim（Neupogen®） （Nivestym™），Filgrastim-TXID（NYPOZI），TBO-FILGRASTIM（Granix™），Sargramostim（Leukine®），Eflapegrastim-XNST（Rolvedon）和Efbemalenograstim Alfa-Vuxw（Ryzneuta）。Filgrastim和Pegfilgrastim产品是重组粒细胞刺激因子（G-CSF）。sargramostim是一种粒细胞巨噬细胞刺激因子（GM-CSF）。eflapegrastim-Xnst（Rolvedon）是通过聚乙烯乙二烯乙二烯乙二醇连接器偶联与人类免疫球蛋白G4（IgG4）FC片段偶联而产生的重组G-CSF。efbemalenograstim alfa-vuxw（ryzneuta）是非pe依的，是一种重组融合蛋白，在氨基末端和羧基末端的人类IgG2-Fc片段上含有G-CSF。所有药物通过与特定细胞表面受体结合以刺激增殖来对造血细胞作用。除了用于预防发热中性粒细胞减少症外，这些药物还用于多种临床情况下的中性粒细胞减少症。