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World File Search System图集
人类和小鼠星形胶质细胞的综合交叉疾病图集揭示了神经变性中星形胶质细胞亚型的异质性和保守性
星形胶质细胞在中枢神经系统稳态和神经炎症中起着关键作用。尽管在单细胞分析中取得了进步，但神经退行性疾病中反应性星形胶质细胞的异质性，尤其是整个物种的异质性。在这里，我们提出了来自阿尔茨海默氏症（AD）小鼠模型和多发性硬化症（MS）的187,000个星形胶质细胞的整合地图集，以及来自AD，MS和Parkinson's（PD）患者的438,000个星形胶质细胞。我们的分析确定了四个不同的小鼠星形胶质细胞簇，包括两个与疾病相关的星形胶质细胞（DAA）簇DAA1和DAA2。daa1表现出类似于急性刺激的反应，包括内毒素血症，而DAA2表示众所周知的AD风险基因。在AD模型中，DAA1和DAA2与淀粉样斑块表现出不同的空间关系。在人类中，我们确定了八个不同的星形胶质细胞簇，其中包括体内平衡和疾病相关的亚型。跨物种分析联系了与疾病相关的簇，同时也突出了其他人的表达。我们的星形胶质细胞地图集可通过用户友好的，可搜索的网站提供：http：//research-pub.gene.com/astrotlas/。
引用：Owsley C、Matthies DS、McGwin G 等人。人工智能就绪和公平的 Dia 图集的横断面设计和协议
摘要 简介 人工智能为糖尿病洞察做好准备和公平 (AI-READI) 是一个关于 2 型糖尿病 (T2DM) 的数据收集项目，旨在促进广泛使用人工智能和机器学习 (AI/ML) 方法来研究健康发生 (从 T2DM 过渡到健康恢复力)。促进 T2DM 健康恢复力的根本原因是其在世界成年人口中的患病率高达 10.5%，并且是许多不良健康事件的贡献者。方法 AI-READI 是一项横断面研究，目标招募对象为 4000 名 40 岁及以上的人，按自我报告的种族/民族（亚裔、黑人、西班牙裔、白人）、2 型糖尿病（无糖尿病、糖尿病前期和生活方式控制的糖尿病、用口服药物或非胰岛素注射治疗的糖尿病和胰岛素控制的糖尿病）和生理性别（男性、女性）进行三重平衡（Clinicaltrials.org 批准号 STUDY00016228）。数据以多变量协议收集，包含 10 多个领域，包括生命体征、视网膜成像、心电图、认知功能、持续血糖监测、体力活动、家庭空气质量、收集血液和尿液进行实验室检测以及包括健康的社会决定因素在内的社会心理变量。研究地点有三个：阿拉巴马州伯明翰、加利福尼亚州圣地亚哥和华盛顿西雅图。伦理与传播 AI-READI 旨在为 AI/ML 目的建立数据收集、准备和共享的标准、最佳实践和指南，包括生物伦理学家的指导。遵循可查找、可访问、可互操作、可重复使用的原则，AI-READI 可被视为未来开发其他针对 AI/ML 的医疗/健康数据集的典范。AI-READI 为理解 2 型糖尿病健康机制的新见解打开了大门。AI-READI 联盟正在通过出版物传播设计和实施 AI-READI 数据集的原则和过程。鼓励下载和使用 AI-READI 数据的人在科学文献中发表他们的研究结果。
西尼罗河病毒感染期间Culex Tarsalis Midgut的单细胞图集
蚊子中肠作用是病原体和载体之间的关键界面。然而，对中肠生理学和病毒感染动态的研究很少，在Culex tarsalis中，西尼罗河病毒（WNV）极有效的载体（不存在）。我们在CX上进行了单细胞RNA测序。tarsalis midguts，定义了多种细胞类型，并确定了特定的细胞类型是否更允许WNV感染。我们确定了20个细胞状态，其中包括8种不同的细胞类型，与果蝇和伊迪斯伊蚊的现有描述一致。大多数中肠细胞种群允许WNV感染。然而，肠内分泌细胞（EE）中的WNV RNA（VRNA）水平较高，表明该人群的复制增强。相反，增殖的肠干细胞（ISC）的VRNA水平最低，这一发现与表明中肠中ISC增殖的研究一致，参与感染对照。iSC对WNV感染具有强烈的转移反应；在WNV感染的ISC种群中，涉及核糖体结构和纤维基因SIS的基因显着下调。值得注意的是，我们没有检测到明显的WNV感染引起的蚊子抗病毒免疫基因的上调（例如，AGO2，R2D2等）在整个中型水平上。相反，我们观察到了免疫基因表达水平与单个细胞中的VRNA负载之间存在显着的正相关，这表明在中肠细胞中，高水平的VRNA可能会触发抗病毒反应。我们的发现建立了CX。tarsalis midgut细胞地图集，并通过表征细胞类型的特异性增强/限制，并在单细胞水平上介绍对WNV的中肠感染动力学的见解。
建立机械生物学的地图集：五种主要人类细胞类型中2418个激酶抑制剂的高通量收缩屏幕揭示了相关细胞类型之间的选择性发散响应
。cc-by-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2025年1月14日。 https://doi.org/10.1101/2025.01.11.632556 doi：Biorxiv Preprint
BGC地图集：探索细菌基因组中编码的全球化学多样性的网络资源
1天然产品的转化基因组挖掘，培养基和感染医学研究所Tübingen（IMIT）（IMIT），研究学研究所生物医学信息学研究所（IBMI），Tübingen，Auf der Morgenstelle 28，72076Tübingen2 28，72076Tübingendenoker -Nord nord sworkity flative forkitizan of Denok nove nord swiment fin Plads，220，2800 Kongens Lyngby，丹麦3计算生物学，国家农业食品生物技术研究所（NABI），S.A.S.德国6生物信息学中心Saar和Saarland大学，Saarland信息学校园，E2 1，66123Saarbrücken，德国7分子生命科学系和瑞士生物信息学研究所和苏黎世大学，苏黎世大学，苏黎世大学，Winterthurerstrasse，190年Drovendaalsesteeg 1 Radix West，6708pb Wageningen，荷兰9德国感染研究中心（DZIF），合作伙伴Tübingen，Auf der Morgenstelle 28，72076Tübingen，德国，德国
人类细胞地图集：承诺，最近的发展，...
人类基因组项目产生了参考基因组序列，该序列在体内的37万亿个细胞中几乎相同。然而，体内有广泛的细胞类型，这是由于这些细胞表型中活化基因的差异引起的。基因组学的最新革命，例如单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）技术的发展，例如引入原位条形码，已使数十万个平行细胞的细胞分辨率评估基因表达。2此外，空间转录组学方法的进步现在允许映射基因表达，同时保留有关细胞在组织样品中细胞分布的空间信息。2加上分析这些数据所需的现代计算生物学方法，这些发展使创建人体所有细胞类型的参考地图集成为可能，这将标志着150年前的努力对这些细胞类型进行分类。这些进步导致了人类细胞地图集的概念，因为他们意识到庞然大物既可行又在经济上可行。
欧洲参考基因组图集：试行一种公平生物多样性基因组学的分散方法
全球真核物种的基因组数据库可能有助于许多科学发现。但是，只有一小部分物种具有可用的基因组信息。在2018年，全球的科学家在地球生物组项目（EBP）下团结一致，旨在生产一个包含所有约150万公认的真核物种的高质量参考基因组数据库。作为EBP的欧洲节点，欧洲参考基因组图集（ERGA）试图实施一种新的分散，公平和包容的模型来生产参考基因组。为此，ERGA启动了一个试点项目，建立了第一个分布式参考基因组生产基础设施，并对来自33个欧洲国家的98种真核物种进行了测试。在这里，我们概述了基础设施，并探索了其扩展高质量参考基因组生产的有效性，同时考虑了公平和包容性。所学的结果和教训为ERGA提供了坚实的基础，同时为其他跨国，国家基因组资源项目和EBP提供了关键的学习。
地图集文档
据报道，在大型强子对撞机上使用𝑝𝑝碰撞数据的𝑊碰撞数据的电孔和光子与√𝑠= 13 tev的中心的观测。数据是通过ATLAS实验从2015年到2018年记录的，对应于140 fb -1的综合发光度。此过程通过矢量玻色子散射机制对四分尺仪玻色子耦合敏感，并对标准模型的电动型扇区进行了严格的测试。。多元技术用于区分electroweak的过程与不可还原背景过程。与6.3个标准偏差相比，Electroweak 𝑊𝛾𝑗𝑗过程的显着性远高于六个标准偏差。信托和差异横截面是在接近检测器接受度的基准相空间中测量的，这与Madgraph5+Pythia8和Sherpa的领先顺序标准模型预测合理一致。结果用于在有效的现场理论的背景下限制新的物理效应。
健康地图集：在整个美国可视化基于地点的数据
• Interactive map of over 120 variables • Census tract, ZIP code, congressional districts, county, CBSA, PUMA, and state level maps • 2010 Census and 2020 Census geographies • Comparing two variables • Visualizing data distributions • Custom area selection • Data export • Detailed data descriptions
地图集文档
搜索使用140 fb - 1在√𝑠= 13 = 13 TEV的proton-Proton碰撞中，搜索在辐射量激量激量仪中腐烂的中性长颗粒（LLP）。分析由三个通道组成。第一个目标配对生产的LLP，其中至少一个LLP的产生具有足够低的增强，以至于其衰减产物可以作为单独的喷气机解析。第二和第三通道的目标LLP分别与衰减衰变的𝑊或𝑍玻色子相关。在每个通道中，不同的搜索区域针对不同的运动学制度，以涵盖广泛的LLP质量假设和模型。没有观察到相对于背景预测的事件过多。higgs玻色子分支分支到成对的一对大于1％的强烈衰减中性LLP，在95％的置信度下排除在95％的置信度下，适当的衰减长度在30 cm至4.5 m的适当范围内，这取决于LLP质量，这取决于LLP质量，这是先前搜索的Hadronic Caloremeter搜索量的三个因素。与横截面高于0.1 pb的𝑍玻色子相关的长寿命深光子的产生被排除在20 cm至50 m的范围内的深色光子平均衰减长度，从而通过数量级提高了先前的Atlas结果。最后，Atlas首次对长期的光轴轴向粒子模型进行了探测，生产横截面高于0.1 Pb，在0.1 mm至10 m范围内排除了0.1 Pb。