摘要染色质动力学由重塑酶介导,在基因调控中起着至关重要的作用,正如在典型模型酿酒酵母 PHO5 启动子中建立的那样。然而,有效的核小体动力学,即启动子核小体配置的轨迹,仍然难以捉摸。在这里,我们通过整合已发表的单分子数据推断出这种动力学,这些数据捕获了从受抑制到完全活跃的 PHO5 启动子状态的多核小体配置,以及其他现有的组蛋白周转和新的染色质可及性数据。我们设计并系统地研究了一类新的“受调节的开关滑动”模型,模拟全局和局部核小体(解)组装和滑动。68,145 个模型中只有 7 个与所有数据吻合良好。所有七个模型都涉及滑动和 N-2 核小体的已知核心作用,但通过调节一个组装而不是解体过程来调节启动子状态转换。这与 PHO5 启动子先前观察结果的常见解释一致,但提出了挑战,并表明染色质通过结合竞争而开放。
基因启动子处的 DNA-蛋白质相互作用在基因表达中起着至关重要的作用。人类细胞的启动子富含富含鸟嘌呤的序列,这些序列可以形成四链 G-四链体 (G4) 结构。G4 正在成为基因调控中一类独特的基于结构的调控元件,它们与蛋白质的相互作用对于 G4 的作用至关重要。目前,我们对 G4-蛋白质相互作用的理解主要是基于个案,没有系统信息。在这项工作中,我们使用来自 ENCODE 项目的数据检查了共识 G4 形成区 G4(+) 周围 1,183 种人类 DNA 结合蛋白(包括转录因子、组蛋白及其修饰酶)的空间占有率。我们发现 G4(+)、其近端侧和远端侧是三个主要的蛋白质结合位点。几乎所有蛋白质在这些位点上都富集或耗尽,这可能是由于竞争或位点之间的时空转换,导致不同程度的变化或持久性,在细胞/组织类型内或跨细胞/组织类型。值得注意的是,组蛋白被排除在 G4(+) 的近端之外,它们与 G4(+) 的结合分别通过乙酰化和甲基化打开和关闭。此外,远端优先富集 H3K23me2 和 H3K4me2。我们的实验还揭示了相应的 G4-蛋白质相互作用模式。总之,我们的结果表明 G4 在动态定义和协调基因启动子处的染色质结构和 DNA-蛋白质相互作用以进行转录调控方面发挥着普遍作用,而这项任务不太可能通过基于序列的 DNA 识别来完成。
简介。— 具有约束动力学的系统在非平衡物理的许多领域都引起了人们的兴趣。动力学约束模型 (KCM) [1 – 3] 为解释 [4 – 6] 玻璃中缓慢和非均匀动力学的出现提供了一个框架 [7 – 10] ,它们的研究促进了动态大偏差和轨迹集合方法的发展 [11 – 13] 。在阻塞条件下,量子约束动力学自然出现在诸如里德堡原子之类的系统中 [14 – 17] ,这引发了关于在没有无序的情况下缓慢热化和非遍历性的问题 [18 – 31] 。实现动力学约束的最简单设置是在具有离散动力学的晶格系统中,例如细胞自动机 [32,33] 或量子电路 [34] 。对于这样的设置,已经有可能获得许多精确的结果,这些结果巩固了我们对量子动力学的理解,包括关于算子动力学、信息传播和热固定(参见,例如,参考文献。[35 – 66] )。量子电路对于量子系统和量子计算的实验模拟也至关重要,它已被用于展示量子优势、执行随机基准测试以及研究非平衡 Floquet 动力学 [67 – 77] 。在这里,我们考虑通过研究量子 East 模型 [78 – 80] 的电路版本来表征动力学约束的动力学效应,该模型本身是经典 East 模型 [2] 的量子泛化。使用与对偶单元电路 [53,61,61] 类似的方法,我们精确地解决了热化动力学问题。
及合同复印件(含收据)。 (过去5年内最近的5件。不足5件时,则全部认定,没有记录时可以省略。) B.能够证明您拥有制造该物项所必需的下列设备或同等设备的文件: (a)制造对象物项所必需的生产设备 (b)测量仪器、测试设备、特殊工具、检查所必需的设备等 (c)存储所需的借出物项、委托物项及政府供应物项的仓库 C.能够证明您拥有制造该物项所必需的下列系统和能力的文件: (a)能够制造标准和质量所要求的物项及连接设备。 (a)需要取得专利或其他工业产权(包括许可)的,相关专利或其他工业产权
通过融合最新的通信和控制技术、计算和数据分析技术以及模块化制造,工业 4.0 促进通过信息物理系统 (CPS) 和数字孪生 (DT) 集成信息物理世界,以监控、优化和预测工业过程。DT 支持与工业物理对象/过程的数字图像进行交互,以模拟、分析和控制它们的实时运行。随着工业物联网 (IIoT)、边缘和云计算、机器学习、人工智能和高级数据分析等跨学科的进步,DT 正在众多行业中迅速传播。然而,现有文献缺乏从通信和计算的角度识别和讨论这些技术在支持 DT 的行业中的作用和要求。在本文中,我们首先介绍 DT 在智能工业中的功能方面、吸引力和创新用途。然后,我们通过系统地回顾和反思下一代 (NextG) 无线技术(例如 5G 及以上网络)和设计工具以及当前计算智能范式(例如边缘和云计算支持的数据分析、联邦学习)的最新研究趋势,详细阐述了这一观点。此外,我们讨论了不同通信层的 DT 部署策略,以满足工业应用的监控和控制要求。我们还
∗ 首席科学家,空间材料实验室,AIAA 成员。通讯作者。† 系统工程部技术人员。‡ 高级工程专家(退休),通信系统与工程分部。§ 工程专家,制导与控制分部,AIAA 成员。¶ 高级项目负责人,系统分析与模拟分部,高级 AIAA 成员。‖ 高级项目负责人,CSG 技术。∗∗ 系统分析与模拟分部副主任。†† 研究科学家,宇宙结构研究组。
abbit biswas *,rui Xu,Gustavo A. Alvarez,Jin Zhang *,Joyce的Christian-Salamheh,Anand B. Pummirath,Corry Burns,Jordan A. Elkins,Tymophi S. Paykov,Robert Vaggei,A。Glen Birdwell,Mahesh R. Neupnae,Elias J. Garatt,Tony G. Evanov,Bradford b。pate,Yuji Zhao,Hanue Zhu *,Zhiting Tea *,Angel Rubio *和Pulickel M. Ajayan *
真核生物携带三种类型的结构性维持(SMC)蛋白复合物,冷凝蛋白,粘着素和SMC5/6,它们是ATP依赖性运动蛋白,通过DNA环挤出重塑基因组。SMCS调制DNA超螺旋,但仍未完全了解如何实现这一目标。在这里,我们提出了一个单分子磁性镊子测定法,该测定法直接测量每个回路 - 分解步骤中单个SMC诱导的扭曲程度。我们证明,所有三个SMC复合物都将相同的较大的负扭曲(即,链接数变化δk k k k占-0.6在每个回路 - 排除步骤中)中的挤压循环,与步长大小无关。使用ATP-Hydrolsyssys突变体和不可用的ATP类似物,我们发现ATP结合是ATPase循环期间的扭曲诱导事件,它与产生力的环路 - 分解步骤相吻合。所有三种真核SMC蛋白诱导相同数量的扭曲表明这些SMC复合物中常见的DNA环境解开机制这一事实。
基因启动子处的 DNA-蛋白质相互作用在基因表达中起着至关重要的作用。人类细胞的启动子富含富含鸟嘌呤的序列,这些序列可以形成四链 G-四链体 (G4) 结构。G4 正在成为基因调控中一类独特的基于结构的调控元件,它们与蛋白质的相互作用对于 G4 的作用至关重要。目前,我们对 G4-蛋白质相互作用的理解主要是基于个案,没有系统信息。在这项工作中,我们使用来自 ENCODE 项目的数据检查了共识 G4 形成区 G4(+) 周围 1,183 种人类 DNA 结合蛋白(包括转录因子、组蛋白及其修饰酶)的空间占有率。我们发现 G4(+)、其近端侧和远端侧是三个主要的蛋白质结合位点。几乎所有蛋白质在这些位点上都富集或耗尽,这可能是由于竞争或位点之间的时空转换,导致不同程度的变化或持久性,在细胞/组织类型内或跨细胞/组织类型。值得注意的是,组蛋白被排除在 G4(+) 的近端之外,它们与 G4(+) 的结合分别通过乙酰化和甲基化打开和关闭。此外,远端优先富集 H3K23me2 和 H3K4me2。我们的实验还揭示了相应的 G4-蛋白质相互作用模式。总之,我们的结果表明 G4 在动态定义和协调基因启动子处的染色质结构和 DNA-蛋白质相互作用以进行转录调控方面发挥着普遍作用,而这项任务不太可能通过基于序列的 DNA 识别来完成。
服务领导人报告——规划和可持续发展 1. 摘要 1.1 本报告涉及代表 Greentech 提交的规划申请号 23/00424/FULM,该申请要求在 Wellbank 农场西北 196 米处的田地安装 25MW 太阳能电池阵及相关基础设施。建议有条件批准此申请。 2. 建议 2.1 建议批准该申请,理由和条件如本报告第 10 节所述。 3. 简介 3.1 申请人寻求全面规划许可,在 Wellbank 农场西北的土地上安装一个输出容量高达 25MW 的太阳能发电场及辅助基础设施。附录 1 中提供了显示场地位置的平面图。 3.2 申请场地约 34 公顷。该场地由农业用地组成,包括商业圣诞树种植区。该场地周围是农田,还有成片的林地和小型住宅和农业建筑群。场地的东部边界由前铁路路堤界定。场地的北部、西北部和西部边界都有林区。进入开发区将通过一条通往场地西南角的现有田野通道,从一条延伸在 Wellbank 和 Inverarity 之间的未分类道路进入,本报告中将其称为 Chapel Road 和 Carrot Road。