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发育基因通常由多种具有重叠活性的元件调控。然而,在大多数情况下,这些元件的相对功能及其对内源基因表达的贡献仍未得到很好的表征。这种现象的一个例子是,已经提出了不同的增强子组来指导肢体顶端外胚层脊和中脑-后脑边界中的 Fgf8。利用体内 CRISPR/Cas9 基因组工程,我们从功能上剖析了这个复杂的调控集合,并展示了两种不同的调控逻辑。在顶端外胚层脊中,Fgf8 表达的控制似乎分布在不同的增强子之间。相反,我们发现在中脑-后脑边界中,三个活性增强子中的一个是必需的,而另外两个是可有可无的。我们进一步剖析了必需的中脑-后脑边界增强子,揭示它也是由必需和可有可无的模块混合组成的。该增强子的跨物种转基因分析表明,其组成可能发生在脊椎动物谱系中。