失效率

反选择标记 PIGA 在工程设计缺失细胞系中的应用以及 CRISPR 缺失效率的表征

CRISPR / Cas9 系统是一种基因组工程技术，已应用于基因的插入/缺失突变以及靶基因的缺失和替换。在这里，我们描述了人类 X 染色体上 PIGA 基因座上的成对 gRNA 缺失，范围从 17 kb 到 2 Mb。我们发现缺失大小和缺失效率之间没有明显的线性相关性，拓扑关联域对缺失频率没有实质性影响。利用这种精确的缺失技术，我们设计了一系列设计缺失细胞系，包括一种缺失两个 X 染色体反选择（负选择）标记 PIGA 和 HPRT1 的细胞系，以及带有每个单独缺失的其他细胞系。PIGA 编码糖基磷脂酰肌醇 (GPI) 锚生物合成装置的组成部分。 PIGA 基因反选择标记具有独特的特点，包括现有的单细胞水平 PIGA 功能和功能丧失检测，以及存在一种有效的反选择剂 proaerolysin，我们经常用它来筛选表达 PIGA 的细胞。这些设计细胞系可以作为具有多种选择标记的通用平台，可能特别适用于大规模基因组工程项目，例如 Genome Project-Write (GP-write)。