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使用牛津纳米孔扩增子测序的温室灌溉水中真菌和卵菌病原体的早期评估
水传播植物的致病真菌和卵菌是温室生产系统中的主要威胁。对这些病原体的早期检测和量化将使我们能够及时治疗所需的经济和生物阈值，从而改善有效的疾病管理。在这里，我们使用了牛津纳米孢子的扩增子来分析从用于生长番茄，黄瓜和Aeschynanthus sp的温室收集的灌溉水中的微生物群落。真菌和卵形群落的特征是使用放大整体内部转录垫片（ITS）区域的引物。为了评估小兵测序的灵敏度，我们将串行稀释的模拟DNA刺激到图书馆制备之前从温室水样品中分离的DNA中。真菌和卵骨读数的相对丰盛在温室灌溉水中和来自番茄番茄的设置中的水样中与众不同。在相应的连续稀释样品中衍生出的源自真菌和卵形模拟群落的序列读数是成比例的，因此确认了最小值扩增子测序对环境监测的适用性。通过使用尖峰标准来测试使用小兵测试定量的可靠性，我们发现样品中尖峰ins的检测受到了真菌或卵形DNA的背景量的高度影响。我们观察到，与较长的尖峰（> 790bp）相比，我们大多数稀释液的长度较短（538bp）的尖峰在我们的大部分稀释液中产生。此外，相对于稀释序列，序列读数不均匀，并且在具有最高DNA浓度的背景样品中最不可检索，这表明性能的动态范围狭窄。我们建议对小兵测序进行连续的基准测试，以改善未来快速植物性诊断和监测的定量元编码工作。
研究设施2024/25
专门研究长阅读的测序和表观遗传分析，我们使用牛津纳米孔技术，从多功能小兵到高通量的Promethion 24，在基因组组装中提供高分辨率，EDNA以及DNA甲基化研究。我们的设施也使用Bionano的Saphyr平台在结构变化检测中表现出色，从而发现全基因组的洞察力对复杂的遗传结构。
此说明书必须一式两份
说明 由于我作为一名小兵被分配到第 2/3由于我被调动/分配到穆尔维克海军学院督查组，我承诺遵守《青少年保护法》（JuSchG）的以下行为准则：• 午夜至凌晨 5 点之间，若无父母责任人或负责抚养的人员陪同，不得在餐厅逗留。 • 禁止进入公共游戏厅或主要用于游戏的类似房间、以夜间酒吧或夜总会形式经营的餐厅以及类似的娱乐场所。