XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System尿嘧啶
A3A 靶向转移治疗计算结果
A3A 靶向转移治疗 A POBEC 3A (A3A) 是人类最重要的脱氨酶之一，可使单链 DNA (ssDNA) 发生超突变。超突变与多种肿瘤-癌症转移进展有关 1-4 5-7 。已报道 APOBEC 依赖性癌症类型，如肺癌 8、9-11 、前列腺癌 12 、尿路上皮癌 13 、膀胱肿瘤 14 、卵巢鳞状癌 15、16 、乳腺癌 17 、子宫内膜异位症/宫颈癌 18、19 和头部 20 ，超突变酶也与某些自身免疫有关 21 。为了使 ssDNA 超突变，A3 酶诱导脱氧胞嘧啶随机脱氨为脱氧尿嘧啶 (dC-to-dU)，这已通过人工模拟得到证实 22 。人类 A3A 抑制已被提议作为一种干扰转移产生的可能治疗方法 23 。然而，A3A 抑制受到其他七种结构相关的人类 A3 酶 (A、B、C 24 、D、F、G 25 、H 和 AID 26 ) 存在的限制，这些酶具有生理/防御功能和可控诱变，例如抗体多样化 27 28 、肠细胞更新 29 30 、衰老 31 或抗病毒活性 32、33 34 。经晶体学和低温电子显微镜测定，大多数人类 A3 酶表现出具有相似 3D 结构的不对称同型二聚体（异型二聚体）结构（A 35 、B 36 、C 24 、F 37 、G 25 、H 38 、AID 26 ，表 S2 和图形摘要）。每个 A3 单体包含 ssDNA 结合所需的结构域和锌依赖性 dC 到 dU 脱氨的独立结构域。由于 A3A ssDNA 结合和二聚体界面的可能抑制剂探索很少 25 ，因此本文使用共同进化对接通过计算探索了这些可能的靶点。最终目标是探索任何与肿瘤转移有关的超突变的计算机干扰。这里采用了基于 Java 的 Data Warrior B uild E volutionary Library (DWBEL) 2-5 协同进化算法，作为筛选超大型类药库 39, 40 或从蛋白质序列 41-43 中预测机器学习对接模型的一种替代方法。具体而言，DWBEL 协同进化标准经过调整，可随机生成数万个原始子代，以选择数百个具有低纳摩尔亲和力的最佳无毒适配子代。类似的协同进化对接预测，当靶向其他蛋白质-配体对时，亲和力会更高。例如，针对耐药葡萄球菌的新型抗生素 44 、针对不动杆菌的 Abaucin 衍生物 45 、非人类抗凝血灭鼠剂 46 、猴痘 Tecovirimat 抗性突变体 47 、内腔 SARS omicron 48 、炎性冠状病毒 ORF8 蛋白 49 、人类 K + 通道的原核模型 50 、VHSV 弹状病毒的内腔 51 、疟疾环子孢子蛋白 47 、RSV 抗性突变体 52 和抗 HIV-Vif A3G 53 。
蛋白质合成流图
蛋白质合成是在所有生物体中发生的重要细胞过程，涉及蛋白质的产生。此复杂的过程由两个阶段组成：转录和翻译。转录发生在细胞核内，DNA充当产生信使RNA的模板（mRNA）。mRNA然后传播到细胞质的核糖体，这是翻译的位置。在这里，mRNA携带的遗传信息被解码以合成多肽链。**转录**是蛋白质合成的初始阶段，其中DNA的遗传密码被转录为mRNA。当RNA聚合酶附着在基因的启动子序列上时，此过程就开始了，促使DNA放松。酶然后读取DNA碱基并组装互补的mRNA链。用作模板的DNA链被称为模板或反义链，而其对应物是非编码或感官链。新形成的mRNA链反射了编码DNA链，尿嘧啶代替了胸腺素。**处理mRNA **涉及新合成的mRNA的进一步细化，也称为前mRNA。在它可以将细胞核作为成熟的mRNA退出之前，它会经历剪接，编辑和聚腺苷酸化，从而改变mRNA以准备翻译。对于有兴趣可视化此过程的人，**蛋白质合成流程图**可以是一个有用的工具。它提供了从DNA转录到最终蛋白质产物的蛋白质合成每个步骤的清晰结构化表示。此外，mRNA经过编辑，改变了某些核苷酸。这样的流程图可以帮助理解基于这种基本生物学功能的复杂相互作用和机制。遗传修饰增强了单个基因的多功能性，使其能够产生多种蛋白质。这是通过称为剪接的过程来实现的，该过程从蛋白质合成流程图中描述了从信使RNA（mRNA）中去除被称为内含子的非编码区域。剪接的mRNA仅由编码区域或外显子组成，这直接有助于蛋白质合成。核糖核蛋白，核中含有RNA的小蛋白，可促进该剪接。例如，由于这种编辑，参与血液中脂质转运的APOB蛋白以两种形式存在。较小的变体是由于插入的停止信号截断了mRNA的插入信号。5'上限过程为mRNA的铅端增加了一个保护性的甲基化盖，从而保护了它免于降解和辅助核糖体附着。一系列腺嘌呤碱基的尾巴标志着mRNA的结论，在其核出口和防御降解酶的防御中发挥了作用。分子生物学的中心教条概述了从RNA到蛋白质的过渡，这一过程称为翻译。这涉及将mRNA中的遗传代码读取以合成蛋白质，如流程图所示。后加工，mRNA将核和核糖体缔合，由核糖体RNA（rRNA）和蛋白质组成。核糖体解密mRNA序列，而转移RNA（tRNA）分子依次传递适当的氨基酸。翻译分为三个阶段：启动，伸长和终止。在开始期间，现在在细胞质中的mRNA与甲基化帽和起始密码子位点的核糖体亚基结合。具有与起始密码子连接的具有匹配的反物质的tRNA，形成了起始复合物。伸长涉及连续供应氨基酸的TRNA，这些氨基酸被添加到新生的多肽链中。每个tRNA转移后其氨基酸后出发，使核糖体沿mRNA进行进展，从而为下一个tRNA腾出空间。这种系统的添加氨基酸构建了多肽，直到该过程结束为止。蛋白质合成是一个重要的细胞过程，最终导致蛋白质的产生。它在两个主要阶段展开：转录和翻译。在转录过程中，DNA的遗传密码被转录为核中的信使RNA（mRNA），包括三个阶段：启动，伸长和终止。mRNA然后将这些遗传指令传输到发生翻译的细胞质核糖体。由核糖体RNA（RRNA）和蛋白质组成的核糖体读取mRNA序列。转移RNA（tRNA）分子根据mRNA代码将适当的氨基酸带入核糖体。rRNA促进了这些氨基酸的粘结，形成了多肽链。该链可能会进一步进行合成后修饰以实现其最终蛋白质结构。mRNA退出核之前，它会经过加工，成为准备翻译的成熟转录本。蛋白质合成的过程与分子生物学的中心教条一致，该过程映射了生物系统中遗传信息的流动。合成后，多肽链可能会折叠成特定的形状，与其他分子相互作用，或在内质网中进行其他修饰以实现其指定的功能。