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社会环境会影响Birdsong中的序列修改学习
社交互动对于模仿声学学习至关重要，例如人类的言语学习或鸣禽中的歌曲学习。最近，通过实验者控制的强化学习将特定的学习修改引入成人歌曲中已成为研究鸣禽中声乐学习方面的关键协议。这种形式的成人可塑性不需要作为模仿模型或提供有关歌曲表演的社交反馈的模型。因此，我们假设社会互动与歌曲修改学习无关，甚至抑制了歌曲的修改。我们测试了社会环境是否影响成年男性孟加拉雀科（lonchura striata himpera）中的歌曲序列学习。我们针对成年鸟类歌曲中具有负面听觉反馈的特定音节序列，这导致鸟类减少靶向的音节序列，以支持替代序列。在没有反馈的情况下进行捕获试验中的变化显而易见，表明学习过程。在具有三种不同的社会环境（男性 - 男性，MM；男性，MF；单独的MA，MA）的受试者中重复每个实验。我们在所有三种社会背景下都发现了强大的学习，与单身（MA）条件相比，与社会公司（MF，MM）相比，促进学习的趋势无关紧要。这种效果无法通过社会环境的顺序，也无法通过跨环境的不同歌唱率来解释。我们的结果表明，即使在实验者控制的强化学习任务中，社会环境也会影响成年鸟类的学习程度，因此表明社交互动可能会促进歌曲的可塑性，超出其已知的模仿和社交反馈角色。
通过重复经颅磁刺激调节视觉运动序列学习：我们目前了解什么？
1 塞格德大学神经病学系，Semmelweis utca 6, H-6725 Szeged, 匈牙利 2 里昂神经科学研究中心 CRNL U1028 UMR5292, INSERM, CNRS, Universit é Claude Bernard Lyon 1, 95 Boulevard Pinel, F-69500 Bron, France 3 心理学博士学院，ELTE Eötvös Lor ánd University, Izabella utca 46, H-1064 布达佩斯，匈牙利 4 大脑、记忆和语言研究组，认知神经科学和心理学研究所，自然科学研究中心，Magyar Tud ó sok Kör ú tja 2, H-1117 布达佩斯，匈牙利 5 心理学研究所，ELTE Eötvös Lor á nd大学, Izabella utca 46, H-1064 布达佩斯，匈牙利 6 塞格德大学放射学系，Semmelweis utca 6，H-6725 塞格德，匈牙利 7 弗莱堡大学医学院解剖学和细胞生物学研究所神经解剖学系，Albertstrasse 17，D-79104 弗莱堡，德国 8 BML-NAP 研究小组，心理学研究所 & 认知神经科学和心理学研究所，ELTE Eötvös Lor ánd 大学 & 自然科学研究中心，Damjanich utca 41，H-1072 布达佩斯，匈牙利 * 通讯地址：nemethd@gmail.com † 这些作者对这项工作做出了同等贡献。
具有各种生物膜表型的四个假单胞菌临床菌株的基因组序列
囊性纤维化（CF）患者的肺肺部容易受到铜绿假单胞菌的感染（1）。cf肺通常由形成生物膜的非粘液铜绿假单胞菌菌株定植，并且在粘液菌株过量产生藻酸盐的出现后发生慢性感染（2）。他们的生物膜对抗生素和IMUNE介质具有高度抗性，并导致肺部下降（2，3）。铜绿假单胞菌菌株是从慢性感染的成年CF患者的痰液样本中分离出来的，并在法国南特的中心医院大学中心。由于这些痰样品仅用于分离细菌，但不用于人类细胞或人类DNA，因此法国法律（2016-1537，2016年11月16日）不要求由机构伦理委员会审查和批准该研究或参与者提供书面或言语知情的同意。细菌，并使用基质辅助激光解吸离子 - 流量质量光谱法（MALDI-TOF MS [VITEK; VITEK; BIOMERIERIEUX; BIOMERIERIEUX，MARCY-LECELANCE，france）鉴定为铜绿假单胞菌。使用了每个患者的单个分离株。主要基于它们的生物膜结构和粘液表型，分离株MUC-N1，MUC-N2，MUC-P4和MUC-P5被选择构成用于测试抗体FILM化合物的应变板（M. Simon，E.Pernet，E.Pernet，E.Pernet，E.Jouault，A.Jouault，E.Portier，E.M.Boukigb，S.Boukig，S。Pinaud，C。 POC-Duclairoir，M。G。J. Feuilloley，O。Lesouhaitier，J。Caillon，S。Chevalier，A。Bazire和A. Dufour，提交出版），促使我们对其基因组进行了测序。在37°C下在液体LB培养基中生长在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。 使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。 在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。 默认参数用于所有软件，除非另有说明。 使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc 检查其质量在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。默认参数用于所有软件，除非另有说明。使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc
基于特征序列基因组开采发现...
1个定量生物学中心，中国北京北京大学高级跨学科研究学院； 2北京北京北京大学高级跨学科研究学院北京北京跨学科研究中心北京； 3苏黎世大学，瑞士苏黎世化学系； 4中国青岛山东大学生命科学学院； 5江苏省固体废物利用率省级钥匙实验室，中国有机肥料的关键实验室，中国南京的南京农业大学； 6赫尔辛基大学，芬兰赫尔辛基微生物学系； 7 Helmholtz抗感染国际实验室，中国青岛山东大学微生物技术的国家关键实验室； 8苏黎世大学，定量生物医学系，瑞士苏黎世
识别核心 MRI 序列以实现可靠的自动脑转移分割
a 慕尼黑工业大学伊萨尔医院放射肿瘤学系；b 德国转化放射治疗联盟 (DKTK)，慕尼黑合作伙伴网站；c 慕尼黑亥姆霍兹中心放射医学研究所 (IRM)、放射科学系 (DRS)；d 信息学系；e 德国慕尼黑工业大学 TranslaTUM - 中央转化癌症研究所；f 瑞士苏黎世苏黎世大学医院放射肿瘤学系；g 马格德堡大学医院放射肿瘤学系；h 德国耶拿弗里德里希席勒大学耶拿大学医院放射治疗和放射肿瘤学系；i 瑞士苏黎世苏黎世大学医院定量生物医学系；j 诊断和介入神经放射学系； k 慕尼黑工业大学伊萨尔右翼医院神经外科系，慕尼黑；l 海德堡大学医院放射肿瘤学系；m 海德堡放射肿瘤学研究所 (HIRO)，国家放射肿瘤学中心 (NCRO)，海德堡；n 德国哥廷根大学医学中心放射肿瘤学系；o 瑞士阿劳州立大学阿劳分校 KSA-KSB 放射肿瘤学中心；p 富尔达综合医院放射肿瘤学系，富尔达；q 基尔石勒苏益格-荷尔斯泰因大学医学中心放射肿瘤学系；r 弗莱堡大学医学中心放射肿瘤学系；s 德国癌症联盟 (DKTK)，弗莱堡合作伙伴中心，弗莱堡，德国；t 塞浦路斯利马索尔欧洲大学德国肿瘤中心放射肿瘤学系； u 法兰克福及德国北部 Saphir 放射外科中心，Guestrow；v 法兰克福大学医院神经外科系，法兰克福；w 慕尼黑工业大学医学人工智能与信息学研究所，慕尼黑；x 亥姆霍兹人工智能，亥姆霍兹慕尼黑中心，诺伊尔贝格，德国
RNA-Seq基因融合检测工具的荟萃分析 量表，新颖壁ches的高分辨率微生物分析 壳聚糖金纳米颗粒基于敏感的视觉检测组氨酸标记的重组蛋白 强化学习和工作记忆系统的双重过程障碍是生理焦虑中学习缺陷的基础 合成PPR蛋白的翻译激活阐明了拟南芥叶绿体中PSBA翻译的控制 在某些选定的白色念珠菌基因中对镜面重复序列的内部评估 生成人工智能执行基本的结构生物学建模 研究了模拟的两组分凝胶系统的组织再生 动物和机器人建模和模拟框架
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月2日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.09.09.03.556087 doi：Biorxiv Preprint
运动序列学习涉及更好地预测运动轨迹的下一个动作和优化
学习新的顺序运动是许多动物的基本技能。尽管序列学习的行为表现很明确，但基本机制仍然很少理解。运动序列学习可能来自三个不同的过程：（1）改善独立于顺序上下文的单个运动的执行； （2）接下来应该执行对“什么”运动的增强期望，从而更快地启动； （3）应在序列中最佳地执行编码“如何”运动的摩托序列特定表示。但是，许多现有的范式将学习的组成部分混为一谈，因为参与者经常获得序列内容（做什么）及其执行（如何做）。这种重叠掩盖了每种机制对运动序列学习的不同贡献。在这项研究中，我们使用连续的任务解散了这些机制。将训练序列中的性能与随机序列进行比较，以排除仅归因于孤立运动执行的改进。还通过改变了几个即将到来的目标，我们评估了预期在学习中的作用。当参与者只能看到一个未来的目标时，改进主要是由于他们学习了下一个目标。当他们看到未来的四个目标时，参与者立即证明了快速的运动时间并增加了运动平滑度，在一个目标条件下超过了晚期性能。至关重要的是，即使对未来目标的全面可见性，参与者也表现出进一步的序列特异性学习，这是由于运动轨迹的连续优化而引起的。随访实验表明，学到的序列表示是效应器特异性和编码四个运动或更长的上下文信息。我们的范式可以在运动序列学习的“什么”和“如何”组成部分之间进行明显的解离，并为效应特异性序列表示的开发提供了令人信服的证据，从而指导最佳运动执行。
破译 DNA 的序列依赖性结构和...
图 1：双链 DNA 结构和构象灵活性的参数化和描述。（A）双链 DNA 分子的结构通过刚体变换参数化，其中轴系统跨越每个碱基对步骤 (ri)。这些参数描述了将碱基对步骤的轴系统映射到相邻轴系统的旋转和平移函数。（B）标准化流模型从正态分布的潜在空间映射到描述双链 DNA 结构的参数。映射是通过多层实现的，并且是可逆的。
使用基因序列作为原核生物命名的类型
a 洛桑大学和大学医院中心微生物研究所细胞内细菌研究中心，Bugnon 48, 1011，洛桑，瑞士 b 马里兰大学牙科学院微生物发病机制系，美国马里兰州巴尔的摩 c 苏黎世大学兽医学院兽医病理学研究所病理生物学系，Winterthurerstrasse 268, CH-8057，苏黎世，瑞士 d 华盛顿大学全球健康系，美国华盛顿州西雅图 e 加州大学旧金山分校医学院医学和儿科系，美国加利福尼亚州奥克兰 f 堪萨斯大学分子生物科学系，美国堪萨斯州劳伦斯 g 维也纳大学微生物学和环境系统科学中心，1090，维也纳，奥地利 h 自由大学医学中心医学微生物学和感染控制系免疫遗传学实验室，荷兰阿姆斯特丹 i 公共卫生研究所健康基因组学 (IPHG)，遗传学和细胞生物学系，研究学院 GROW (肿瘤学和发育生物学学院)，马斯特里赫特大学健康、医学和生命科学学院，荷兰马斯特里赫特 j 荷兰沙眼衣原体参考实验室，医学微生物学和感染控制系，自由大学医学中心，荷兰阿姆斯特丹 k 内布拉斯加大学医学中心病理学和微生物学系，美国内布拉斯加州奥马哈 l 阿姆斯特丹大学阿姆斯特丹 UMC 医学微生物学系，荷兰阿姆斯特丹 m 赫尔辛基大学和赫尔辛基大学医院病毒学系，芬兰赫尔辛基 n 基因学研究中心，阳光海岸大学，昆士兰州，澳大利亚 o 杜克大学分子遗传学和微生物学系，北卡罗来纳州达勒姆，27710，美国 p 根特大学生物科学工程学院动物科学与水生生态学系，Coupure Links 653, B-9000, 根特, 比利时
SenSeqNet：一种从蛋白质序列检测细胞衰老的深度学习框架
模型 #Layers #Params(M) #Emb Dim Acc(%) 时间 ESM-2_t6 6 8 320 79.50 1 ESM-2_t12 12 35 480 81.37 2 ESM-2_t30 30 150 640 78.71 4 ESM-2_t33 33 650 1280 79.93 7 注意：1. 时间：“时间”列表示每个 ESM-2 模型变体的相对特征提取时间。ESM-2_t6 的提取时间设置为基线 (1)，其他模型的时间相对于它进行缩放。例如，ESM-2_t12 所需的时间是 ESM-2_t6 的两倍，ESM-2_t30 所需的时间是 ESM-2_t33 的七倍。