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奇异变形杆菌泛基因组景观中未表征和谱系特异性的附属基因
摘要 奇异变形杆菌是一种革兰氏阴性细菌，以其独特的群集运动能力和尿素酶活性而闻名。之前对四种菌株的蛋白质组学报告假设，与其他革兰氏阴性细菌不同，奇异变形杆菌可能不会表现出基因含量的显著种内变异。然而，目前还没有对来自各种来源的大量奇异变形杆菌基因组进行全面分析以支持或反驳这一假设。我们对 2,060 个变形杆菌基因组进行了比较基因组分析。我们对从美国三家大型学术医疗中心的临床标本中回收的 893 个分离株的基因组进行了测序，结合了来自 NCBI Assembly 的 1,006 个基因组和从公共域中的 Illumina 读取中组装的 161 个基因组。我们使用平均核苷酸同一性 (ANI) 来划分物种和亚种，使用核心基因组系统发育分析来识别高度相关的 P. mirabilis 基因组簇，并使用全基因组注释来识别模型 P. mirabilis 菌株 HI4320 中不存在的感兴趣基因。在我们的队列中，Proteus 由 10 个已命名的物种和 5 个未表征的基因组物种组成。P. mirabilis 可细分为三个亚种；亚种 1 占所有基因组的 96.7% (1,822/1,883)。P. mirabilis 全基因组包括 HI4320 之外的 15,399 个基因，其中 34.3% (5,282/15,399) 没有推定的指定功能。亚种 1 由几个高度相关的克隆群组成。编码假定面向细胞外的蛋白质的噬菌体和基因簇与克隆群相关。在泛基因组中可以识别出模型菌株 P. mirabilis HI4320 中不存在但与已知毒力相关操纵子具有同源性的未知基因。
均匀磁化矩形杆和圆柱体退磁因子的简单近似表达式
光学显微镜显示蚀刻后表面清晰无特征。总之，我们描述了一种制造可靠、易于去除的高能高剂量离子注入掩模的新工艺。要注入的样品以额外的 AIGaAs 金属剥离层作为表面层，在其上通过常规光刻胶剥离技术对金属掩模进行图案化。注入后，通过使用 HCl 选择性蚀刻 AIGaAs 来去除 AIGaAs 金属剥离层和金属掩模。由于 HCl 的选择性，在去除金属掩模期间底层外延结构不会受损。这项工作得到了国家科学基金会化合物半导体微电子工程研究中心 (CDR-85-22666)、材料研究实验室 (DMR-86-12860) 和海军研究实验室 (NOOO14-88-K-2oo5) 的支持。