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![arxiv：2502.07366v1 [stat.me] 2025年2月11日](/simg/8\89b2f180849147a459f426aef53f9e4f9cb4c95f.webp)
arxiv：2502.07366v1 [stat.me] 2025年2月11日
holobiont由宿主有机体及其微生物群组成。在动物育种的背景下，因为可以将Holobiont视为选择运行的单个单元，因此将微生物群数据整合到基因组预测模型中可能是改善表型和遗传值的预测的有希望的方法。尽管如此，全息型跨代数据很少来解决这一假设，因此填补了这一空白，我们提出了一个新的仿真框架。我们的方法是基于跨代全息素模型的模拟器（RITHMS）的R实现，是一个开源软件包，它在MOBPS软件包上构建，并结合了微生物群的独特特征，尤其是垂直和水平传输以及由于环境和宿主基因的调制。此外，Rithms可以考虑各种选择策略，并且适合不同的遗传体系结构。我们在各种情况下使用RITHM模拟了跨代全息学数据，改变了遗传力，微生物性和微生物群。我们发现，模拟数据准确地反映了预期特征，特别是基于微生物多样性指标，分类单元之间的相关性，垂直和水平传播的调节，对环境效应的响应以及根据选择策略的演变的演变。我们的结果支持我们的仿真框架的相关性，并说明了其在构建选择指数平衡遗传增益和微生物多样性的可能用途。RITHMS是一种高级，灵活的工具，用于生成跨代全息素数据，该数据结合了遗传学，微生物群和环境之间的复杂相互作用。
水产养殖中微生物的重要性
水产养殖取决于微生物，因为它们是自然存在的，并且可以目的添加以实现各种目的。此外，某些细菌可能会避免鱼类和幼虫免受疾病的侵害。因此，在水产养殖栖息地中测量和修改微生物种群至关重要，以提高水质并停止传染病的发展。在几年内，水产养殖系统可以有效地管理生态系统过程，并使用微生物种群监测水质。为了彻底了解有利的和不利的水产养殖系统，应彻底研究微生物体。，但是必须正确地开发和管理这些微生物。与此类似，使用益生菌来控制微生物组可能会减少对水产养殖中抗生素的需求。最近的研究表明，益生菌细菌可能会显着降低患病鱼幼虫的死亡率，并可以控制活饲料中的鱼类病原细菌。但是，缺乏对重要微生物相互作用的知识，这些系统的整体生态现在限制了水产养殖中微生物群的有效调节。水生自然环境的微生物种群迅速适应环境变化。这些变化可能是适度的，以某些代谢途径的激活或失活而出现，或者可能会对微生物群落的一般化妆和活动进行修改。一个水样品可用于研究基因组和转录组组成的组合[1-3]。现在，高通量测序（HTS）技术已经如此迅速地进步，可以使用全面的系统生物学策略来监测微生物水社区的变化。
沿盐梯度的土壤启动效应和相关微生物群落
摘要。土壤盐分介导微生物和土壤过程，如土壤有机碳 (SOC) 循环。然而，土壤盐分如何通过塑造细菌群落多样性和组成来影响 SOC 矿化仍然难以捉摸。因此，沿盐梯度（盐度为 0.25%、0.58%、0.75%、1.00% 和 2.64%）采集土壤样本并培养 90 天，以研究 (i) SOC 矿化（即棉籽粉作为底物引起的土壤启动效应）和 (ii) 负责任的细菌群落，方法是使用高通量测序和 13 C 同位素的天然丰度（以分离棉籽粉衍生的 CO 2 和土壤衍生的 CO 2 ）。我们观察到在培养的前28天中出现负向启动效应，而在56天之后转为正向启动效应。早期的负向启动可能是由于优先利用棉籽粕所致。随后的正向启动随着盐度的增加而降低，这可能是由于高盐度土壤中微生物群落的α多样性降低所致。具体而言，沿盐度梯度的土壤pH值和电导率（EC）是调节微生物群落结构从而调节SOC启动的主要变量（通过基于距离的多元分析和路径分析估计）。通过采用双向正交投影到潜在结构（O2PLS），将启动效应与特定的微生物类群联系起来；例如，变形菌门（Luteimonas、Hoeflea 和 Stenotrophomonas）是归因于底物诱导的启动效应的核心微生物属。在这里，我们强调盐度的增加降低了微生物群落的多样性，并转移了优势微生物（放线菌和 Pro-
国际社会相关的微生物学教育和微生物学知识的概念
执行摘要：微生物在分布和对人类的功能和福祉，一般生活和地球的功能和福祉方面都普遍存在。基于微生物的技术为我们依赖的重要商品和服务的供应做出了巨大贡献，例如提供食物，药物和清洁水。他们还提供了缓解和解决各级人类面临的广泛问题和危机的机制和策略，包括联合国制定的可持续发展目标（SDG）中封装的问题。例如，微生物技术可以通过多种方式做出脱碳，因此面对全球变暖，为数十亿人缺乏它们的人提供清洁和清洁水，改善土壤的生育能力，从而提高粮食生产，从而开发疫苗和其他药物，以减少并在某些情况下减少并消除致命的感染。它们是生物技术的基础，这是一个越来越重要且不断增长的业务和就业来源，也是生物经济，绿色交易等的中心。但是，由于微生物在很大程度上是看不见的，因此大多数人都不熟悉，因此他们提供的机会有效预防和解决问题通常会被决策者遗漏，这会带来负面影响。为了理解这种缺乏重要知识，国际微生物学素养计划（IMILI）是从全球微生物学界招募的，并免费提供了社会相关微生物学课程的资源，可以在所有水平学习中使用。课程教学它的目标是建立一个具有相关微生物学的社会的发展，因此，能够充分利用微生物的潜力并最大程度地减少其负面活动的序列。除了教授微生物外，几乎每一堂课都提出了他们对可持续性和可持续发展目标的影响以及它们解决社会不平等问题紧迫问题的能力。
可富集的微生物共生菌群落降解了 Kyphosus 鱼中的大型藻类多糖
摘要 沿海食草鱼类以大型藻类为食，这些藻类随后被其消化道中的微生物降解。然而，关于进行这种降解的微生物群的基因组信息很少。本研究通过计算机模拟研究碳水化合物活性酶和硫酸酯酶序列，探索了 Kyphosus 胃肠道微生物共生体协同降解和发酵红、绿和棕色大型藻类中的多糖的潜力。从先前描述的 Kyphosus 肠道宏基因组和新测序的生物反应器富集物中回收宏基因组组装基因组 (MAG) 揭示了 Kyphosus 肠道中主要微生物类群之间的酶活性差异。回收的 MAG 中用途最广泛的是来自拟杆菌门，其 MAG 中含有能够分解各种藻类多糖的酶集合。 Bacillota（Vallitalea 属）和 Verrucomi crobiota（Kiritimatiellales 目）基因组的独特酶和预测降解能力凸显了多个门的代谢贡献对拓宽多糖降解能力的重要性。很少有基因组含有单独完全降解任何复杂硫酸化藻类多糖所需的酶。来自不同分类群的 MAG 之间合适酶的分布，以及在候选酶中广泛检测到信号肽，与这些碳水化合物的协同细胞外降解相一致。这项研究利用基因组证据揭示了 Kyphosus 共生体在酶和菌株水平上尚未开发的多样性及其对大型藻类分解的贡献。生物反应器富集为降解和发酵过程提供了基因组基础，对于将从该系统获得的知识转化为水产养殖和生物能源领域至关重要。
多功能微生物在玉米作物中的应用
摘要 - 在土壤微生物组的组成中，有许多能够促进植物生长的微生物，它们被称为植物生长促进微生物。这项研究的目的是确定多功能微生物单独或组合使用对玉米植株的地上部、根部和总生物量生产、气体交换、常量营养素含量、产量成分和谷物产量的影响。该实验在温室中以完全随机设计进行，重复四次。26 个处理包括用根际细菌芽孢杆菌属（BRM 32109、BRM 32110 和 BRM 63573）、伯克霍尔德菌（BRM 32111）、假单胞菌属（BRM 32112）、粘质沙雷氏菌 BRM 32113、沙雷氏菌属对玉米种子进行单独或组合微生物化。 （BRM 32114）、巴西固氮螺菌（Ab-V5）和固氮螺菌属（BRM 63574）、从真菌 Trichoderma koningiopsis（BRM 53736）中分离的菌株以及对照处理（未施用微生物）。在第 7 天和第 21 天，分别在土壤和植物中再施用两次相同的处理。单独或组合施用的微生物可显著提高玉米植物生物量 49%、气体交换 30%、常量营养素含量 36% 和谷物产量 33%。分离物 BRM 32114、Ab-V5、BRM 32110 和 BRM 32112 以及组合 BRM 32114 + BRM 53736、BRM 63573 + Ab-V5 和 BRM 32114 + BRM 32110 为玉米带来了更好的效益，这使我们推断出使用有益微生物会显著影响玉米植株的发育。关键词：根瘤菌。真菌。共接种。产量。玉米。
人类数字双胞胎（HDT）驱动的人类周期系统：关键技术和应用氮化硅离子敏感场效应晶体管
营养不良，肝病，肾病，休克，水肿和心血管疾病。相比之下，可以在脱水中发现高水平的白蛋白（高蛋白血症，> 55 g/L），体重或体内脂肪的增加。3在健康人的尿液中排泄少量白蛋白，尿液中白蛋白的参考范围为2.2-25 mg/l。4,5但是，当由于糖尿病或肾脏损伤而变得更可渗透时，可能会发生升高的尿白蛋白排泄。1,6严重的肾小球滤过机制可以增加以增加尿白蛋白排泄，该尿白蛋白排泄称为微藻或大藻蛋白尿，具体取决于丢失的白蛋白量。5,6微量白蛋白尿是指从24小时的尿液中收集24 h尿液或30-300 mg/l的尿白蛋白排泄，从随机或先生的尿液收集中。4这种白蛋白显示出最早的糖尿病性肾病阶段。然而，在没有早期检测和治疗的患者中，微量白蛋白尿可能会在一年中的一年中发展到不可逆的大藻（4300 mg/day）。因此，在非糖尿病患者中有慢性肾脏疾病和心血管疾病的人的肾脏损害的早期迹象。6已提出许多方法来确定尿液中的白蛋白量，例如酶联免疫吸附测定法（ELISA），7种荧光，8,9 Immunotortytimetry（IT），10,111111111111 IN）免疫法（IN），12个padimimmunoas- Say（RIA），RIA），13和CHEMIA，13和CHEMIA（CLIA），13和CHEMIA（CLIA）。14,15尽管这些方法是高灵敏度和特异性，但它们存在一些局限性，例如健康危害，耗时，劳动力密集的协议以及需要经验丰富的技术人员。因此，已经开发了几种传感器方法作为一种简单的方法来确定HSA的量，例如石英晶体微生体（QCM），16,17电化学传感器，18-20
哲学硕士（微生物学）研究生课程
水、食物、奶制品、肉类、蛋类、蔬菜、水果、空气等。• 运用知识控制人群中的微生物疾病。理论：人畜共患病的概念和分类；人畜共患病的病因、宿主范围、流行病学、传播、发病机制、诊断和管理的全面描述。人畜共患病细菌，如芽孢杆菌、梭菌、分枝杆菌、假单胞菌、钩端螺旋体、布鲁氏菌、弯曲杆菌、沙门氏菌、耶尔森氏菌、李斯特菌、葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌和弧菌、猫抓病、衣原体、伯氏疏螺旋体等：病毒性人畜共患病的详细描述：流感、狂犬病、蜱传脑炎、肠道病毒、细小病毒、腺病毒、星状病毒、钙化病毒和冠状病毒、媒介传播病毒等。日本脑炎、基亚萨努尔森林病、克里米亚-刚果出血热、登革热、西尼罗河病毒、黄热病、裂谷热、马脑炎、马蹄跳、以及一些罕见和潜在的人畜共患病毒，如新城疫、口蹄疫和痘病毒、食物传播病毒，如轮状病毒和朊病毒。真菌性人畜共患疾病：念珠菌病、皮肤癣菌病、芽生菌病、曲霉病、组织胞浆菌病、癣菌感染、球孢子菌病、隐球菌病、霉菌毒素中毒。微生物性人畜共患疾病的预防和控制措施，特别针对兽医/辅助兽医人员。实践：人畜共患病原体的分离和鉴定，人畜共患疾病的分子诊断程序。基于调查的重要区域性人畜共患病爆发研究 推荐阅读： 1. Burlage, RS, 2011. 公共卫生微生物学原理。Jones and Bartlett Learning，
不同的微生物组是甲烷排放的不同反应，从多种湿地土壤到氧移动
湿地中的抽象水文转移是全球重要的甲烷（CH 4）来源，是CH 4排放和碳气候反馈的关键限制。对水文驱动的氧（O 2）的变化如何影响微生物CH 4循环的有限理解使湿地CH 4排放不确定。瞬态o 2暴露在温带沼泽中的植物泥炭中显着刺激了缺氧的CH 4产生，通过富集多酚氧化剂和多糖降解剂，从而增强了底物在随后的缺氧条件下朝着甲烷生成的流动。评估土壤微生物组结构和功能的转移是否在湿地类型的跨类型中相似，我们在这里检查了不同湿地土壤对瞬时氧合的敏感性。在从矿物营养的芬中植入泥炭泥炭的浆液中，以及淡水沼泽和盐泥的沉积物，我们检查了微生物体的时间变化以及浆液的地球化学表征和孵化向前空间。氧合不影响微生物组的结构和富含矿物质的Fen-Origin泥炭和淡水沼泽土壤中的缺氧CH 4产生。与O 2刺激的CH 4产生相关的关键分类单元在膜中泥炭中非常罕见，在芬罗根泥炭中支持微生物组的结构，这是湿地对O 2位变化的主要决定因素。与淡水湿地实验相反，盐泥地球化学（尤其是pH值）和微生物组的结构持续且显着改变后氧合作用，尽管对温室气体的排放没有显着影响。简介这些不同的反应表明，湿地可能对2波动有差异。随着气候变化的变化，湿地中的o 2变异性更大，我们的结果为湿地弹性的机制提供了帮助，并将微生物组结构作为潜在的弹性生物标志物。
研究人员解码了从南非到日期的最古老的DNAUCT主持微生物在健康中的作用和...
UCT健康科学校园校园开普敦大学（UCT）传染病与分子医学研究所（IDM）将于10月1日星期二至2024年10月2日（星期三）举办为期两天的非洲健康与疾病研讨会的非洲微生物组。研讨会将与IDM的新微生物相互作用实验室（MIL）的推出，这是一个尖端的设施，旨在为非洲的微生物组研究急需的基础设施做出贡献。该设施将是微生物组研究中心的关键部分，为专注于了解微生物群落对非洲健康的影响的科学家提供支持。微生物组包括居住在人体和人体上的数万亿微生物，已成为人类健康的关键决定因素。但是，尽管非洲巨大的微生物组多样性，但有关非洲微生物体的信息在全球研究中的代表性大大不足。研讨会和尖端设施的开放旨在确保在全球知识系统中代表非洲微生物组，以提供更具包容性和代表性的全球健康解决方案。研讨会将非常关注女性生殖微生物，尤其是针对细菌性阴道病（BV），这是生殖器炎症的主要驱动因素，女性的HIV获取风险增加。IDM的主要医学科学家Jo-Ann Passmore教授和Calestous Juma Science领导研究员说：“这是行动呼吁。IDM的主要医学科学家Jo-Ann Passmore教授和Calestous Juma Science领导研究员说：“这是行动呼吁。非洲独特的微生物多样性是开发不仅与非洲人而且与世界相关的诊断和治疗方法的关键。” Passmore是研讨会的四个联合主席之一。“在非洲微生物组研究的核心是相互联系的愿景，其中复杂性不是挑战，而是繁荣的科学生态系统的基础。