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STTR计划的关键功能将其与小型企业创新研究(SBIR)计划区分开来是与研究机构合作的要求。虽然合作小型企业是正式获奖者并管理该项目,但合作研究机构可获得多达60%的奖励资金。STTR指南要求小型企业在项目上至少执行40%的工作,其中至少30%分包给了合作研究机构。剩余的30%可以分配给研究机构或其他研发分包商。