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使用 KMA 分析的散弹枪宏基因组学长读测序数据以检测细菌病原体及其抗生素耐药性基因
1 比利时布鲁塞尔 Sciensano 应用基因组学横向活动，2 英国威布里奇动植物健康局细菌学系，3 德国柏林联邦风险评估研究所生物安全系，4 丹麦哥本哈根 Statens 血清研究所细菌参考中心，5 丹麦技术大学国家食品研究所，孔恩斯灵比，6 意大利罗马高级卫生研究所食品安全、营养和兽医公共卫生系，7 西班牙马德里康普顿斯大学动物健康系，8 荷兰莱利斯塔德瓦赫宁根大学与研究中心瓦赫宁根生物兽医研究分部，9 意大利泰拉莫阿布鲁佐和莫利塞“G. Caporale”动物研究研究所
利用散弹枪法宏基因组学洞察塑料球微生物组：揭示临床和工业酶生产以及塑料 d 的潜力
（Volova 等人，2010 年）。与化学表面活性剂不同，生物表面活性剂是一种次级代谢物，为微生物提供有利的环境，使其发挥其重要活性，例如塑料的生物修复（PHA、PE、PET 等）（Bhadra 等人，2022 年）。根据文献，枯草芽孢杆菌和铜绿假单胞菌利用其生物表面活性剂生产能力降解低密度聚乙烯 (LDPE)（Nnaji 等人，2021 年）。在塑料圈微生物群中，除链霉菌外，假单胞菌、葡萄球菌、红球菌、诺卡氏菌、梭菌和肠球菌都预测会产生生物表面活性剂，同时降解合成塑料。然而，大约 50% 的生物表面活性剂产生细菌与塑料降解细菌有关
散弹枪蛋白质组学用于鉴定导致商业乳制品变色为粉红色/红色的酵母
粉红色/红色变色包括一系列相对常见的商业乳制品腐败缺陷。在本研究中，我们使用散弹枪蛋白质组学来识别导致新打开的商业涂抹奶酪和酸奶样品表面产生深红色粘液的微生物。对微生物蛋白质的全蛋白质组表征分别允许在涂抹奶酪和酸奶样品中识别出来自红酵母属的 1042 种和 687 种基因产物，而没有记录到来自其他微生物的显著蛋白质评分。随后的微生物学分析和 26S rRNA 基因区域测序支持了蛋白质组学结果，表明所涉及的微生物是红酵母，一种产生类胡萝卜素的担子菌，可能对人类致病，尤其是对免疫功能低下的人。这是首次使用散弹枪蛋白质组学来识别导致乳制品腐败的微生物，它被认为是一种相对快速、灵敏且可靠的传统微生物鉴定方法的替代或补充。
散弹枪药物再利用生物技术解决......
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