枝中

三个主要植物进化枝中叶绿体转录本 RNA 编辑的多样性

不容低估。我们还观察到不同基因组区域之间的读取密度也存在很大差异，在少数物种中从不到30到800多个不等，表明基因的表达水平或序列偏向性不同。基于RNA-seq数据映射和SNP调用的结果，在REDO工具（Wu，Liu et al. 2018）中实现的自动化生物信息学流程在默认阈值下进行。因此，在叶片中检测到的叶绿体基因组原始编辑位点共有6,011个。然而，尽管经过多重严格过滤，偶尔仍会出现符合RNA编辑的序列错配，因此我们手动检查所有错配以消除假阳性，仅保留C-to-U和U-to-C编辑类型，编辑效率接近100％的编辑位点可能来自基因组变异也被消除。最终，总共有5,205个RNA编辑位点，