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安全方法数据库 - 荷兰航空航天中心
本文件概述了安全评估期间可以使用的技术、方法、数据库或模型。这是一份动态文件。欢迎添加。请随意分享材料。如果正在使用该材料，请将其引用为： MHC Everdij 和 HAP Blom，安全方法数据库。版本 1.1，2016 年 8 月。由荷兰航空航天中心 NLR 维护。可在 http://www.nlr.nl/documents/flyers/SATdb.pdf 上获取 本文件包含三部分： 第 1 部分：安全方法概述 本部分从第 5 页开始，包含一个表格，列出了收集的所有安全方法，并为每种方法提供了以下信息（如果有）： 方法名称，即首字母缩略词和名称。 格式，指定方法的一般格式，例如它是分步方法、数学模型还是各种技术的组合等。请参阅下表 1 了解定义的格式列表。 目的，指定方法的主要目的，例如，是否用于数据收集、硬件可靠性分析、人为可靠性分析等。请参阅下表 2 中定义的目的列表。 年份，即方法开发的年份。如果不确定，则添加“大约”或“或更早”等字眼。 方法的目标/描述。这个描述非常简短；有关更完整的描述，请参阅参考文献。 备注，例如相关方法的链接。 安全评估阶段，列出了 [SAP 15] 中提出的通用安全评估过程的各个阶段，在此期间可以使用该方法。这些阶段是：1) 确定评估范围；2) 学习标称操作；3) 识别危险；4) 将危险合并到风险框架中；5) 评估风险；6) 识别潜在的缓解措施以降低风险；7) 安全监控和验证；8) 从安全反馈中学习。 领域 ，即该方法所应用的领域，如核能、化学、ATM（空中交通管理）、铁路、医疗保健。请参阅下表 3 中定义的领域列表。带有下划线的领域的方法被发现是该领域独有的。对于括号（..）之间的领域，有迹象表明该方法适用于该领域，但尚未发现该方法已在该领域实际使用的证据。另请参阅表 4 了解解释。 应用 ，即该方法适用于硬件、软件、人员、程序或组织。 使用的参考文献。请注意，参考文献列表并不详尽。代码在第 3 部分中进行了解释。 第 2 部分：统计信息 本部分从第 223 页开始，收集了安全方法表中元素出现次数的一些统计信息，例如“航空”作为领域出现的次数，“识别危险”作为安全评估阶段出现的次数。 第 3 部分：参考文献 本部分从第 232 页开始，给出了所用参考文献的完整列表。
安全方法数据库 - 荷兰航空航天中心
本文件概述了安全评估期间可以使用的技术、方法、数据库或模型。这是一份动态文件。欢迎添加。请随意分享材料。如果正在使用该材料，请将其引用为： MHC Everdij 和 HAP Blom，安全方法数据库。版本 1.1，2016 年 8 月。由荷兰航空航天中心 NLR 维护。可在 http://www.nlr.nl/documents/flyers/SATdb.pdf 上获取 本文件包含三部分： 第 1 部分：安全方法概述 本部分从第 5 页开始，包含一个表格，列出了收集的所有安全方法，并为每种方法提供了以下信息（如果有）： 方法名称，即首字母缩略词和名称。 格式，指定方法的一般格式，例如它是分步方法、数学模型还是各种技术的组合等。请参阅下表 1 了解定义的格式列表。 目的，指定方法的主要目的，例如，是否用于数据收集、硬件可靠性分析、人为可靠性分析等。请参阅下表 2 中定义的目的列表。 年份，即方法开发的年份。如果不确定，则添加“大约”或“或更早”等字眼。 方法的目标/描述。这个描述非常简短；有关更完整的描述，请参阅参考文献。 备注，例如相关方法的链接。 安全评估阶段，列出了 [SAP 15] 中提出的通用安全评估过程的各个阶段，在此期间可以使用该方法。这些阶段是：1) 确定评估范围；2) 学习标称操作；3) 识别危险；4) 将危险合并到风险框架中；5) 评估风险；6) 识别潜在的缓解措施以降低风险；7) 安全监控和验证；8) 从安全反馈中学习。 领域 ，即该方法所应用的领域，如核能、化学、ATM（空中交通管理）、铁路、医疗保健。请参阅下表 3 中定义的领域列表。带有下划线的领域的方法被发现是该领域独有的。对于括号（..）之间的领域，有迹象表明该方法适用于该领域，但尚未发现该方法已在该领域实际使用的证据。另请参阅表 4 了解解释。 应用 ，即该方法适用于硬件、软件、人员、程序或组织。 使用的参考文献。请注意，参考文献列表并不详尽。代码在第 3 部分中进行了解释。 第 2 部分：统计信息 本部分从第 223 页开始，收集了安全方法表中元素出现次数的一些统计信息，例如“航空”作为领域出现的次数，“识别危险”作为安全评估阶段出现的次数。 第 3 部分：参考文献 本部分从第 232 页开始，给出了所用参考文献的完整列表。
空间高效的内点法，应用于线性规划和最大权重二分匹配
是计算机科学和运筹学中最基本的问题之一。在过去的半个世纪里，人们致力于开发时间高效的线性规划求解器，例如单纯形法 [23]、椭球法 [44] 和内点法 [41]。近几年，利用内点法 (IPM) 加速线性规划求解得到了深入研究 [20, 55, 13, 35, 65, 25, 71]。当 m ≈ n 时，最先进的 IPM 运行时间为 O(m2+1/18+mω)，当 m≫n 时，运行时间为 O(mn+n3)。为了实现这些令人印象深刻的改进，大多数此类算法利用随机和动态数据结构来同时维护原始解和对偶解。虽然这些算法在时间上是高效的，但它们不太可能以空间高效的方式实现：维护原始对偶公式需要 Ω(m + n2) 空间，当 m ≫ n 时尤其不能令人满意。在本文中，我们研究了在流式模型中求解线性规划的问题：在每一遍中，我们可以查询 A 的第 i 行和 b 的对应行。目标是设计一个既节省空间又节省遍历次数的 LP 求解器。所谓高效，我们的目标是获得一种不依赖于 m 的多项式的算法，或者更具体地说，我们提出一个健壮的 IPM 框架，该框架仅使用 e O(n2) 空间和 e O(√n log(1/ϵ)) 次遍历。1据我们所知，这是实现与 m 无关的空间和遍历最高效的流式 LP 算法。目前最好的 LP 流式算法要么需要 Ω(n) 次传递，要么需要 Ω(n2+m2) 空间来进行 O(√n) 次传递。对于高密集 LP（m≫n）的情况，我们的算法实现了最佳空间和传递。获得这些 LP 算法的关键因素是从时间高效的原始对偶 IPM 转变为时间效率较低的仅对偶 IPM [64]。从时间角度来看，仅对偶 IPM 需要 e O(√nlog(1/ϵ)) 次迭代，每次迭代可以在 e O(mn+poly(n)) 的时间内计算完成。然而，它比原始对偶方法更节省空间。具体而言，我们表明每次迭代，只需维护一个 n×n 的 Hessian 矩阵即可。为了获得 e O ( √ n log (1 /ϵ )) 次传递，我们证明了诸如 Lewis 权重 [ 56 , 21 ] 等非平凡量可以以仅使用 e O ( n 2 ) 空间的就地方式递归计算。既然我们有了用于流式模型中一般 LP 的空间和传递效率高的 IPM，我们将使用半流式模型中的图问题应用程序对其进行实例化。在半流式模型中，每条边及其权重都以在线方式显示，并且可能受到对抗顺序的影响，并且算法可以在 e O ( n ) 空间中对流进行多次传递。2我们特别关注最大权重二分匹配问题，其中带有权重的边以流式传输给我们，目标是找到一个匹配，使其中的总权重最大化。虽然对这个问题的研究已经很多（[ 2 , 36 , 24 , 3 , 9 ] 等），但大多数算法只能计算近似匹配，这意味着权重至少是最大权重的 (1 − ϵ )。对于精确匹配的情况，最近的一项研究 [ 6 ] 提供了一种算法，它取 n 4 / 3 + o (1)
引用Corcuff M，Garibal M，Desvignes J-P，Guien C，Grattepanche C，Collod-BéroudG，MénoretE，Salgado D和BéroudC（2023），Prove
分类（Yorczyk等，2015； Kim等，2019），主要与ACMG AMP准则准则允许的主观性和不确定性程度有关。他们建议在解释过程中使用28个标准来区分：良性（可能是良性）的意义（VUS），可能是致病性和致病性变体。但是，仅在临床实践中获得这些标准的一部分，并且必须使用带注释的变体集合。为提供这样的资源，已经制定了各种倡议，包括Clinvar（Landrum等，2016），Clingen（Savatt等，2018），Varsome（Kopanos等，2019）和Intervar（Li and Wang，2017）。这些从专家和各种资源中收集数据，并可以为未报告的变体提供解释。然而，此自动化过程有时可能会产生不适当的结果，并且应谨慎查看数据。，如果我们专注于分类证据，一方面，最具挑战性的标准之一是PM1“位于突变的热点和/或关键和完善的功能域（例如，酶的活性位点），没有良性变化”，这是在报告的病例中使用的约10％（Amendola等人，2016年）。要提取此信息，自动化系统主要依赖Uniprot（Uniprot联盟。2017）和“ dbnsfp31a_interpro”，该数据库是DBNSFP（Liu等，2011; Liu等，2016）和Interpro（Mitchell等，2019）的域信息数据库，可在蛋白质家族，域，域和功能性点上包含有关蛋白质家族和功能性的信息。已经使用保守域数据库（CDD）（Marchler-Bauer等，2015）制定了其他计划，例如Subrvis分数（Gussow等，2016），旨在评估基因子区域对变体的不耐受性。通常，PM1标准与突变簇的功能区域的广泛视图相关联。然而，很难使用，因为这种聚类的定义不足和理解，如其在Vasome中的各种解释所示（Kopanos等人，2019年）和Intervar（Li and Wang，2017）。它也可能受到基因非人类疾病的兴趣和分类的变异次数的高度偏见。另一方面，最常用的证据是PM2/BA1/BS1“人口数据库中缺失的变异或等位基因频率太高，对于该疾病而言，据报道约有50％的病例（Amendola等人，2016年）。该标准的假设非常简单：如果已报告了普通人群频率高的变体，则不能是一种罕见的致病变异，否则该疾病的频率将更高；如果从未报道过变体，或者频率很低，则可能是一种罕见的致病变异。这些信息从大尺度基因组/外显子组测序项目中很大，大多数人从侏儒（Koch，2020年）或人口数据库中收集了这些信息，例如阿巴拉姆（巴西人人口）（Naslavsky等人）（Naslavsky等人，更大的Midder Midder eali Milder Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide Elide eLDEL，202）人口）（Scott等，2016）。然而，人类进化不允许变异的基因组饱和，其中一些在遗传漂移引起的人群中非常罕见（Bach，2019）。的确，如果人口足够大，几代人几代人的失踪率很可能会导致其消失，而只有少数几代人将在人群中固定。因此，尽管人们认识到，从人类中出现了每一代人的50至100个变种，但这些事件中的大多数在进化过程中都丢失了，这解释了为什么我们的基因组中不存在所有中性替代。另一种观点是基于一个简单的假设，即78亿活着人类中每一个中的50至100从头变体都应该产生与生命兼容的每种核苷酸变化
什么是真空技术
技术行业向聊天机器人提问真空技术用于在低气压条件下进行的各种过程和物理测量。发生这种情况的原因有很多，包括去除可能引起反应的大气成分、破坏正常室温下的平衡、延长粒子行进距离以最大限度地减少碰撞以及减少分子撞击以防止表面污染。真空过程中允许的最大压力受单位体积分子数、平均自由程或形成单分子层所需时间等因素限制。在室温和正常大气压下，1 立方英尺的空气中约有 7 × 10^23 个分子高速运动。通常使用一柱汞的重量来表示大气压，一个标准大气压等于 760 毫米汞柱或 760 托。帕斯卡单位后来被采用为压力测量的国际单位，相当于 7.5 × 10^-3 托。真空技术的使用可以追溯到 20 世纪初的电灯泡制造和电子管生产。它使一些工艺能够取得优异的结果或实现在正常条件下无法达到的结果，例如镜片表面晕染和血浆制备。核能的出现带动了真空设备的大规模发展，其应用扩展到空间模拟、微电子等领域。人们已经开发出各种容量的产生、维持和测量真空的设备，从每分钟 1/2 到 1,000 立方英尺不等。单级泵的压力水平可低至 2 × 10^-2 托，双级泵的压力水平则低于 5 × 10^-3 托。泵从大气压到大约 1 托达到全速，然后在极限压力下转速降至零。双叶片泵采用偏心转子设计，适用于泵送液体和气体。另一种类型是旋转活塞泵，它类似于单叶片泵，但包含一个用作进气阀的空心叶片，当转子到达最高点时，叶片会关闭泵。极限压力水平受高压侧和低压侧之间泄漏的限制，泄漏是由于密封油中的气体夹带以及摩擦引起的油分解造成的。这种泵的典型应用包括食品包装、高速离心机、紫外光谱仪，以及作为其他泵的前级泵或低真空泵。容量范围为每分钟 100 至 70,000 立方英尺，工作压力范围为 10 至 10^-3 托。峰值速度通常在 1 至 10^-2 托的压力范围内产生。机械增压器使用同步的 8 字形叶轮和定子将气体从高真空侧转移到前真空侧。机械增压器在正常压力范围内运行时通常需要另一个泵作为后备。机械增压器的常见应用包括真空熔炼炉、电气设备浸渍设备和低密度风洞。真空技术在各行各业都至关重要，因为所有工艺和测量都是在低于正常大气压的条件下进行的。这样做通常是为了去除可能在工艺过程中引起物理或化学反应、扰乱平衡条件、延长粒子行进距离或减少每秒分子撞击次数的大气成分。最大允许压力可以根据各种参数定义，包括单位体积的分子数、平均自由程或形成单分子层所需的时间。在室温和正常大气压下，空气中约有 7 × 1023 个分子以随机方向运动，速度约为每小时 1,000 英里。传递给壁面的动量交换相当于每平方英寸壁面面积产生 14.7 磅的力。大气压可以用各种单位表示，包括单位横截面积、高 760 毫米的汞柱的重量。这导致了替代单位的开发，例如帕斯卡，其定义为牛顿每平方米。真空技术的首次大规模应用发生在 20 世纪初，用于制造电灯泡。随后出现了其他需要在真空下运行的设备，包括各种类型的电子管。人们发现某些在真空中进行的过程可以取得优异的结果，或在正常条件下无法实现的结果，这导致了进一步的发展。20 世纪 50 年代核能的出现推动了真空设备的大规模发展。人们发现了越来越多的真空过程应用，包括空间模拟和微电子技术。人们开发了各种用于产生、维持和测量真空的设备。其中包括容量从每分钟 1/2 到 1,000 立方英尺不等的泵，工作压力从大气压到低至 2 × 10-2 托或低于 5 × 10-3 托。其中一种设备是双叶片泵，可以泵送液体和气体。另一种类型是旋转活塞泵，它类似于单叶片泵，但有一个空心叶片作为进气阀。其可用容量范围从每分钟100立方英尺到高达70,000立方英尺，通常在10托到0.01托的压力下工作。然而，峰值性能在1-0.1托的较窄范围内实现，速度取决于所用前级泵的类型。机械增压泵的特点是两个8字形叶轮，它们在固定定子内以相反的方向旋转。气体被夹在这些叶轮和定子壁之间，然后被输送到泵的另一侧。值得注意的是，这种泵在与另一台在其典型压力范围内串联工作的泵配对时，运行效果最佳。一种常用的前级泵是油封旋转泵。机械增压泵通常用于真空熔炼炉、电气设备浸渍设备和低密度风洞。