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研究论文 VPS16 在肝细胞癌中的预后意义的生物信息学分析及其在药物筛选中的作用
背景 . 液泡蛋白分选16 (VPS16) 过表达近来被认为与癌症生长和耐药性有关；然而，关于 VPS16 是否在肝细胞癌 (LIHC) 中起重要作用知之甚少。方法 . 使用TIMER2在线数据库分析VPS16在泛癌中的表达，并使用Xena Browser探讨VPS16表达水平与生存时间之间的相关性。使用R语言测试TCGA数据库中374例LIHC病例的生存数据。使用DESeq2进行差异表达基因 (DEG) 分析。使用HPA数据库验证VPS16在LIHC中的表达水平。使用clusterProfiler包通过GO/KEGG富集分析分析功能和相关信号通路。利用药物敏感性分析和分子对接技术筛选出最敏感的针对VPS16分子的药物。结果 .全癌分析显示VPS16在多种肿瘤中均有高表达，尤其在LIHC中。随着LIHC的T分期和分级的增加，VPS16的表达水平也增加。VPS16的表达与LIHC患者总生存期呈负相关。分期可作为独立的预后因素。共发现63种敏感药物，其中19种药物与VPS16显示出较强的分子结合能。结论。VPS16可能是LIHC诊断和预后的潜在生物标志物。未来以VPS16为靶点的药物可能应用于LIHC的治疗。
基于 CRISPR/Cas9 核糖开关的克氏锥虫基因表达下调方法
在最近引入 CRISPR/Cas9 技术进行基因敲除、基因敲入、基因补充和内源基因标记之前，很少有基因工具可用于研究克氏锥虫。核糖开关是天然存在的自裂解 RNA（核酶），可被配体激活。我们实验室最近的研究结果证明了枯草芽孢杆菌中的 glmS 核酶可用于布氏锥虫的基因沉默，该核酶已被证明可控制响应外源葡萄糖胺的报告基因表达。在这项工作中，我们使用 CRISPR/Cas9 系统用活性（glmS）或非活性（M9）核酶对克氏锥虫糖蛋白 72（TcGP72）和液泡质子焦磷酸酶（TcVP1）进行内源性标记。通过 PCR 确认基因标记，并通过蛋白质印迹分析验证蛋白质下调。通过免疫荧光分析和体外生长定量进行进一步的表型表征。我们的结果表明，该方法成功地抑制了两种基因的表达，而无需培养基中的葡萄糖胺，这表明克氏锥虫在正常生长条件下产生足够水平的内源性葡萄糖胺 6-磷酸来刺激 glmS 核酶活性。该方法可用于敲除克氏锥虫中的必需基因并验证这种寄生虫中的潜在药物靶点。
PASAPTOSIS-通往细胞死亡的独特途径
摘要：细胞死亡是发展，组织维持和防御疾病所必需的关键生物学过程。迄今为止，已经确定了20多种细胞死亡，每种死亡由独特的分子途径定义。了解这些不同形式的细胞死亡对于研究癌症，神经退行性疾病和自身免疫性疾病等疾病的发病机理至关重要。popaptosis是一种不同的调节细胞死亡的形式，其特征是细胞质液泡和细胞细胞器（如线粒体和内质网（ER））的扩张。它受几种信号通路的调节，例如，与ER应力，钙超载，氧化应激和特定级联反应有关的信号通路，例如胰岛素样生长因子I受体I（IGF-IR）及其下游信号通路，这些信号传导途径包含有丝裂原活化蛋白激酶（MAPKS）和N-Enterminalinalical kinase（Jnk）。paraptopis，包括神经元，视网膜，内皮和肌肉细胞中的发育和细胞应激反应。在抗癌疗法中，促囊病的诱导越来越重要，因为它靶向肿瘤细胞中的非凋亡应激反应，可用于诱导细胞死亡。这种方法增强了治疗功效并解决了耐药性，尤其是在癌细胞抗凋亡的情况下。将诱导副作用的剂与传统疗法结合起来有望增强治疗功效和克服耐药性，这表明在抗癌治疗中采取了宝贵的策略。
B.Sc. II微生物学（学期III和IV） SLR-QG-1
Solapur University，Solapur B.Sc. II微生物学教学大纲学期III-纸张V细菌细胞学，病毒学和代谢单元I超结构和功能（12）1.1细菌细胞壁：组成，革兰氏阳性和革兰氏阴性细胞壁的结构。 1.2细胞膜：化学成分和功能跨细胞膜的运输 - 简单扩散，促进扩散，主动转运，组易位。 1.3鞭毛：结构，运动机理，战术行为1.4 pili：结构和功能1.5细胞质夹杂物：叶绿素囊泡。 气体液泡，磁体和羧化体1.6储备食品材料：氮和非氮1.7细菌内孢子：超微结构，孢子形成为细胞分化的典型，内孢子II单元II细菌生长的发芽（4）生长，生成时间和生长的生长，生成时间和生长速度，培养文化，培养，培养，同步，同步，同步。 Unit III Effect of Environment on Bacterial growth (6) Temperature, pH, O 2 , osmotic pressure, Hydrostatic Pressure, Surface Tension, Heavy metals, UV light, Antibiotics Unit IV Virology (6) a) Structural properties of - T 4, TMV, HIV and Hepatitis virus b) Cultivation of viruses –Animal viruses and bacteriophages Unit V: 1.1Enzymes and Metabolism (12)酶的分类，环境因素对酶活性的影响。 1.2代谢A. ATP生成的模式。 B.底物水平的磷酸化，发酵 - 同性恋和异层。 C.氧化磷酸化：呼吸电子传输链，ETC的成分，有氧和厌氧呼吸。Solapur University，Solapur B.Sc.II微生物学教学大纲学期III-纸张V细菌细胞学，病毒学和代谢单元I超结构和功能（12）1.1细菌细胞壁：组成，革兰氏阳性和革兰氏阴性细胞壁的结构。1.2细胞膜：化学成分和功能跨细胞膜的运输 - 简单扩散，促进扩散，主动转运，组易位。1.3鞭毛：结构，运动机理，战术行为1.4 pili：结构和功能1.5细胞质夹杂物：叶绿素囊泡。气体液泡，磁体和羧化体1.6储备食品材料：氮和非氮1.7细菌内孢子：超微结构，孢子形成为细胞分化的典型，内孢子II单元II细菌生长的发芽（4）生长，生成时间和生长的生长，生成时间和生长速度，培养文化，培养，培养，同步，同步，同步。Unit III Effect of Environment on Bacterial growth (6) Temperature, pH, O 2 , osmotic pressure, Hydrostatic Pressure, Surface Tension, Heavy metals, UV light, Antibiotics Unit IV Virology (6) a) Structural properties of - T 4, TMV, HIV and Hepatitis virus b) Cultivation of viruses –Animal viruses and bacteriophages Unit V: 1.1Enzymes and Metabolism (12)酶的分类，环境因素对酶活性的影响。1.2代谢A. ATP生成的模式。B.底物水平的磷酸化，发酵 - 同性恋和异层。C.氧化磷酸化：呼吸电子传输链，ETC的成分，有氧和厌氧呼吸。D.细菌光合作用 - 光合作用的基本概念，蓝细菌中的光合作用
对PB适应的四膜菌菌株的定量蛋白质组学分析揭示了PB（II）应力的细胞策略，包括生物矿物铅生物矿物质
在两年内适应Pb（II）浓度升高的原生动物纤毛四氢菌的菌株表明，这种极端金属应激的一种耐药机制是铅生物矿化剂促进氯嗜烷酚，这是地球上地球上最稳定的矿物质之一。几种与传输和扫描电子显微镜（X射线能量分散光谱）相结合的几种技术，荧光Mi-Croscopicy和X射线功率衍射分析，已经揭示了氯吡莫尔肽作为结晶结构的结构，以及其他nano globular结构的结构，以及其他领先的glaber globers结构。这是描述纤毛原生动物中这种类型的生物矿化存在的第一次。该菌株的PB（II）生物修复能力表明，它可以从培养基中去除> 90％的毒性可溶性铅。对该菌株的定量蛋白质组学分析揭示了与PB适应有关的主要分子生物学元素（II）应力：蛋白水解系统抗铅蛋白毒素的活性增加，金属硫代蛋白的发生，使PB（II）离子（II）离子，抗氧化氧化氧化氧化和氧化剂的氧化度和氧化氧化应有的氧化剂，并固定氧化。大概参与了液泡的形成，其中含水素会积聚并随后排泄，并加入增强的能量代谢。作为结论，所有这些结果都已汇编为一个综合模型，可以解释真核细胞对极端铅应力的反应。
最终生物学教学大纲2025 PDF
●什么是生活？生物多样性；需要分类；生命的三个领域；分类学和系统学；物种和分类层次结构的概念；二项式术语；研究分类法的工具 - 博物馆，动物园，草药，植物园。●五个王国分类：Monera的显着特征和分类； protista和真菌分为主要群体；地衣；病毒和病毒，将植物的显着特征和分类为主要群体，苔藓植物，孢子菌，裸子植物和被子植物；被子植物 - 分类为类，特征特征和示例，显着特征和动物 - 非对抗的分类，直至门水平，然后缔结级别。●动物和植物中的结构组织：形态和修饰；组织；解剖学和流动植物的不同部分的功能：根，茎，叶，渗透性 - cymose和camose和comemose，豆类，水果和种子，动物组织；昆虫（蟑螂）的不同系统（消化，循环，呼吸，神经和生殖）的形态，解剖学和功能。●细胞结构和功能：细胞理论和细胞作为生命的基本单位；原核和真核细胞的结构；植物细胞和动物细胞；细胞包膜，细胞膜，细胞壁；细胞细胞器结构和功能；内膜系统 - 肾上腺素网，高尔基体，溶酶体，液泡；线粒体，核糖体，质体，微生物；细胞骨架，纤毛，叶叶菌，中心元素（超微结构和功能）；核核膜，染色质，核仁。●细胞分裂：细胞周期，有丝分裂，减数分裂及其意义。活细胞的化学成分：蛋白质，碳水化合物，脂质，核酸的生物分子结构和功能；酶类型，性质，酶作用。
耦合CRISPR/Cas9和Lambda Red重组工程系统对鸡沙门氏菌进行基因组编辑及ssaU敲除突变体对细菌毒力的影响
摘要：发展中国家的养禽业仍然面临着鸡伤寒的巨大威胁，这种疾病由鸡沙门氏菌引起，在经济较发达国家已得到较好的控制。除了大型毒力质粒 (85 kb) 表现出的毒力外，鸡沙门氏菌致病岛 2 还通过其 III 型分泌系统 (TTSS) 在介导疾病方面发挥关键作用。TTSS 分泌效应蛋白穿过含有沙门氏菌的液泡，并通过调节囊泡通道介导细菌的内化。在本研究中，使用 CRISPR/Cas9 和 lambda 重组系统通过同源定向修复，成功从本土分离的鸡沙门氏菌基因组中删除编码 III 型分泌系统的候选毒性 ssaU 基因 (~1 kb)。基于 CRISPR/Cas9 的家禽鸡沙门氏菌基因组编辑此前尚未见报道，这可能与其遗传工具效率低下有关。这是首次展示从该细菌基因组中完全进行基于 CRISPR/Cas9 的基因删除的研究。更重要的是，采用家禽实验模型评估了该突变菌株 (∆ ssaU_ S G18) 的毒力潜力，与野生型菌株相比，该突变菌株无法在实验攻毒的鸟类中产生任何死亡率。在我们的攻毒模型中，没有观察到对体重增加的影响，而细菌无法在肠道和肝脏中定植。突变菌株体内毒力的丧失使该系统具有出色的功能，可用于开发针对这种耐药性和致病性细菌的活疫苗。
隔离，识别，分子表征
摘要本研究报告了奶牛场的流产，腹泻和牛奶生产急剧下降。该农场通常用进口疫苗接种了针对BVDV的疫苗，其中含有典型的Pestiviruses菌株（BVDV-1和BVDV-2）。从流产的母牛和显示持续性腹泻的奶牛中收集了总共13个血清样品，5个阴道排放样品和5个粪便样品。使用PCR筛选所有样品的潜在微生物原因（病毒或细菌）。在测试的23个样品中，只有一个阴道放电样品在预期的288 bp下产生了阳性的PCR结果。设计的引物是对基于5'-UTR的RTPCR测定法的高灵敏度，用于检测Pestiviruses。将PCR产品发送进行序列分析，并将结果提交给GenBank登录号＃OR425033，并设计为GERD/VSVRI/PESTI-GIRAFFE/2022。然后通过三个连续的盲传中成功地在MDBK细胞中成功分离并传播该病毒。在病毒后接种后2-3天观察到了一种明显的细胞质效应（CPE），其特征是感染后72小时，其特征是液泡，细胞舍入和簇形成。pcr均在每个段落上进行，并以预期的大小给出了一个特定的频带。通过序列比对和系统发育分析的进一步分析表明，分离株与Pestivirus长颈鹿密切相关，尤其是Pestivirus PG-2。这标志着该菌株在埃及的检测，隔离和表征的第一个记录。因此，这种流行是由埃及记录的新引入的菌株引起的。因此，进口的疫苗无法提供保护，需要更新当地的疫苗以包括此Pestivirus菌株。关键字：Pestivirus PG-2，PNS，MDBK，5`UTR，CPE，系统发育分析，PCR，BDV，
Vinv 5′ UTR 调控区的突变降低了加工马铃薯中的丙烯酰胺含量，以达到欧盟食品安全标准
欧盟最近禁止使用氯苯胺灵 (CIPC)（委员会实施条例 (EU) 2019/989），这促使马铃薯加工行业寻找替代且更安全的抗发芽方法。低温（即 4°C）储存已成为在不使用 CIPC 的情况下长期储存马铃薯的有效选择。然而，大多数商业马铃薯品种在冷藏过程中会积累高水平的还原糖 (RS)，这种现象称为冷诱导甜化 (CIS)。在将马铃薯高温加工成薯片和炸薯条等产品的过程中，RS 会与天冬酰胺和肽发生反应生成神经毒素丙烯酰胺，加工产品会呈现棕色至黑色（Bhaskar 等人，2010 年）。图 1a 以图形方式描述了马铃薯储存的挑战。由于培育抗 CIS 的马铃薯品种来取代易感 CIS 的品种十分困难，新基因组技术 (NGT) 正成为一种有用的方法，可快速将抗 CIS 特性引入加工行业使用的商业品种中。尽管基于 CRISPR 的方法可以灵活地针对植物基因组中的任何选定序列，但迄今为止，该技术主要用于针对植物中的蛋白质编码序列。在本研究中，我们利用编辑 5' UTR 序列来改造业界首选的马铃薯品种的 CIS 抗性。液泡转化酶 (VInv) 已被确定为将蔗糖转化为 RS 的关键酶。先前的研究表明，沉默 VInv 基因是降低马铃薯冷藏后 RS 积累的一种合适方法 (Bhaskar 等人，2010 年；Zhu 等人，2016 年)。
在多发性硬化症的大鼠模型中，辅酶Q10＆L-肉碱对少突胶质细胞坏死和髓鞘的协同作用
摘要目的：在多发性硬化症的大鼠模型中，确定辅酶Q10＆L-肉碱对少突胶质细胞坏死和髓鞘的协同作用。研究设计：基于实验室的实验研究。研究的地点和持续时间：该研究是在2022年3月至2022年5月与NIH伊斯兰堡合作的12周期间，于2022年3月至2022年在巴基斯坦伊斯兰国际医学院拉瓦尔品第进行了研究。方法：总共五十只雄性Sprague Dawley大鼠分为五个随机组，每个组都有一个独特的治疗计划。虽然第1组接受了标准饮食，但剩下的四组被多发性硬化症诱导，并在12周的时间内给予0.2％的Cuprizone（CPZ）。四周后，将第3组的辅酶Q10/泛氨酸酮（COQ10）的150 mg/kg/天提供，第4组接受了100 mg/kg/kg/day l- carnitine（l car），而第5组则通过两者的组合进行治疗，同时仍接受CPZ。完成为期12周的方案后，牺牲了大鼠，并提取了大脑。H＆E染色，以评估少突胶质细胞坏死的任何变化，而Luxol Fast Blue（LFB）染色用于可视化髓鞘中的改变。结果：在控制少突胶质细胞坏死和控制髓磷脂的液泡方面，COQ10和L型车的组合明显好于单个药物，这是ANOVA和F-TEST的证明。因此，强烈建议同时针对患有多发性硬化症患者的两种药物开出两种药物，因为它可能为患者提供更大的优势。结论：这项研究明确地证明，与单独使用相比，将COQ10和L型车一起同时对促进髓鞘性和防止少突胶质细胞坏死具有更大的作用。