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World File Search System焦磷酸
使用 SPR 生物传感器针对具有挑战性的药物靶标进行片段库筛选的多重实验策略
表面等离子体共振 (SPR) 生物传感器方法非常适合基于片段的先导化合物发现。然而，缺乏普遍适用的实验程序和详细方案，尤其是对于结构或物理化学上具有挑战性的靶标或当工具化合物不可用时。成功取决于考虑靶标和化学库的特征，有目的地设计筛选实验以识别和验证具有所需特异性和作用方式的命中物，以及能够确认片段命中物的正交方法的可用性。通过采用多路复用策略、使用多个互补表面或实验条件，可以大大扩展适合基于 SPR 生物传感器的方法识别命中物的目标和库的范围。在这里，我们说明了使用基于流的 SPR 生物传感器系统筛选不同大小（90 和 1056 种化合物）的片段库以针对一系列具有挑战性的靶标的原理和多路复用方法。它展示了识别与下列相互作用的片段的策略：1) 大型和结构动态靶标，以乙酰胆碱结合蛋白 (AChBP) 为代表，AChBP 是一种 Cys 环受体配体门控离子通道同源物；2) 多蛋白复合物中的靶标，以赖氨酸脱甲基酶 1 和辅阻遏物 (LSD1/CoREST) 为代表；3) 结构可变或不稳定的靶标，以法呢基焦磷酸合酶 (FPPS) 为代表；4) 含有内在无序区域的靶标，以蛋白酪氨酸磷酸酶 1B (PTP1B) 为代表；5) 易于聚集的蛋白质，以人类 tau 的工程形式 (tau K18 M ) 为代表。重点介绍了考虑蛋白质和文库特性并提高稳健性、灵敏度、通量和多功能性的实际考虑和程序。研究表明，解决这些类型的目标的挑战不在于识别潜在有用的片段本身，而在于建立验证它们并演变为线索的方法。
自闭症和肠道微生物群的有影响力文章：书目资料概况和研究趋势
自闭症谱系障碍（ASD）是一种神经发育障碍，其特征在于社会交流和互动中的缺陷，以及重复和限制性行为模式的表现（APA，2022）。估计ASD的全球患病率估计约为1％，并且在各个国家 /地区随着时间的推移，患病率的估计值有所增加（Zeidan等，2022年）。患有ASD的人可能会有情感和行为问题，例如自我伤害，侵略性，发脾气和财产破坏（Jang等，2011）。他们经常有其他精神病，例如焦虑，抑郁和精神病（Dan等，2020）。ASD的经济成本巨大，其中包括医疗服务的成本，特殊教育，患有ASD的人的生产损失，护理人员生产力损失和暂息护理（Rogge and Janssen，2019年）。在美国，据报道，ASD的急诊室服务的平均年度支出为15,929美元，而非ASD的平均每年支出为2,598美元； ASD的门诊就诊的年度支出为4,375美元，而非ASD为824美元（Vohra等，2017）。在英国，据估计，与ASD的青少年需要额外的特殊教育或住宅教育的成本在6个月内售价10,507英镑（Barrett等，2015）。 据报道，肠道菌群的组成与ASD有关。 肠道微生物群具有非常多样的组成，由细菌以及真菌，病毒和原生物组成（Enaud等，2018）。 它与中枢神经系统有双向联系。 例如，最近的文献计量学在英国，据估计，与ASD的青少年需要额外的特殊教育或住宅教育的成本在6个月内售价10,507英镑（Barrett等，2015）。据报道，肠道菌群的组成与ASD有关。肠道微生物群具有非常多样的组成，由细菌以及真菌，病毒和原生物组成（Enaud等，2018）。它与中枢神经系统有双向联系。例如，最近的文献计量学肠道中的数百万个神经细胞形成肠神经系统，该系统被认为是第二个大脑（Gershon，1999）。已经研究了微生物群 - 脑轴，该途径的双向通信是通过各种机制发生的，包括肠神经系统，自主神经系统，免疫系统，免疫系统，激素和神经递质（Cryan和Dinan，2012年）。可能参与微生物元素参与ASD的发病机理，于1998年首次报道，当时Bolte（1998）提出了以下假设：TETANI神经毒素从胃肠道传递到中枢神经系统，通过迷走神经，引起ASD症状。在动物模型中已经研究了肠道微生物群和ASD之间的联系。一项在2019年发表的研究，该研究将人ASD患者从人ASD患者移植到无菌小鼠中揭示了受体动物中Hallmark自闭症行为的发展（Sharon等，2019）。 在人类研究中也报道了肠道菌群与ASD之间的关联。 例如，一项焦磷酸测序研究观察到，在ASD患者中，杆菌存在很高，而在健康对照组中，Firmicutes更为丰富（Finegold等，2010）。 鉴于与ASD和肠道微生物群有关的兴趣趋势的上升，值得在该研究领域的文献中确定最有影感的科学成就。 它可以可视化详细的结果，并帮助研究人员对领域中的研究轨迹有透彻的了解，并确定研究热点和差距。一项在2019年发表的研究，该研究将人ASD患者从人ASD患者移植到无菌小鼠中揭示了受体动物中Hallmark自闭症行为的发展（Sharon等，2019）。在人类研究中也报道了肠道菌群与ASD之间的关联。例如，一项焦磷酸测序研究观察到，在ASD患者中，杆菌存在很高，而在健康对照组中，Firmicutes更为丰富（Finegold等，2010）。鉴于与ASD和肠道微生物群有关的兴趣趋势的上升，值得在该研究领域的文献中确定最有影感的科学成就。它可以可视化详细的结果，并帮助研究人员对领域中的研究轨迹有透彻的了解，并确定研究热点和差距。文献计量分析是一种广泛使用的严格方法，用于探索广泛的科学数据集并提取有用的信息，例如作者名称，全部引用和国家分布（Donthu等，2021）。
原始人的自然经济
焦磷酸测序：Roche模板由EMPCR 1制备，其中1-20万珠沉积在PTP井中。较小的珠，带有连接的硫酸酶和荧光素酶围绕模板珠。单个DNTP依次流过井，以预定的顺序分配。在掺入补体DNTP时，释放的PP I被转换为ATP，从荧光素蛋白到羟基二耐蛋白的氧化产生光。读取平均400个基础作为流程图。对于均聚物，重复多达六个核苷酸，添加的DNTP的数量与光信号成正比。插入是最常见的错误类型，其次是删除。通过连接测序：将约1亿个EMPCR的模板珠沉积在载玻片上。在退火时，添加了1,2个探针的库。适当的条件使选择性杂交和探针结扎到互补位置。1,2探针的第一个（y）和第二（z）位置被设计为审讯库，因此16个二核苷酸由四种染料编码。在四色成像之后，将带状的1,2探针化学裂解以产生5'-PO 4组（P）。杂交，连接，成像和裂解的循环又重复了六次。然后从模板中剥离扩展引物，并使用N – 1底漆进行第二个连接弹，该底漆将询问底座重置为左侧的一个位置。询问每个基础两倍，提高了颜色调用的准确性。随后发生了七个连接周期，然后再进行三个结扎弹。然后将35个数据位组成的字符串在色彩空间中编码，然后对准参考基因组以解码DNA序列。替换是最常见的错误类型。可逆终结器：DNA片段的Illumina Bridge放大是在载玻片的八个通道上随机分布的，高密度向前和反向引物共价附加到其上。固相扩增可从单个ssDNA模板产生约8000万个MC。将底漆退火到每个MC中模板的自由末端。聚合酶延伸，然后终止从四个RTs组中的DNA合成，每组用不同的染料标记。未合并的RT被洗净，通过四颜色成像进行基础识别，并通过化学裂解去除阻塞和染料组以允许下一个周期。给定MC的颜色图像提供了〜45个基础的读取。替换是最常见的错误类型。使用RTS进行单分子测序：Helicos数十亿个未夸大的ssDNA模板是用poly（da）尾巴制备的，这些尾巴与聚（DT）引物杂交，共同连接到载玻片上。对于一通测序，该引物 - 模板复合物就足够了。两通序测序涉及复制模板链，删除原始模板，并退火向表面（未显示）。与Illumina的RT不同，这四个Helicos RT用相同的染料标记，并以预定的顺序单独分配。融合事件导致荧光信号。使用单分子消除了Dephasing的问题，其中给定MC内的数千个复制模板不会有效地扩展其引物。删除是最常见的误差类型，可以通过提供约25个基本共识读取的两次测序可大大降低。的应用和挑战100篇论文描述了这些创新的成果。虽然改进继续，但读取长度限制，错误类型和频率显着影响组装策略。对于简短（<100个基本）读取平台，通过映射到参考基因组来指导组装。结合Sanger和Roche数据（100个基本读数）改善了从头组件2，并且随着焦磷酸测序读取长度的改进，使用混合Roche（250键读数）和Illumina数据进行了改善，已经描述了从头组装。最近使用Roche 4和Illumina平台报告了第一个个性化基因组测序项目。Roche，Illumina和AB平台在1,000个基因组项目中被用于生成人类遗传变异的详细图表以及人类微生物组项目，以将微生物组动态与人类健康相关联。应用不限于测序基因组。共识计数分析5最近出现了，从而实现了转录因子结合，mRNA剪接，DNA甲基化，小RNA，染色质结构和DNase超敏位点的全局分析。配对的测序方案。这些不仅对从头组件很重要，而且对于识别结构变化和映射mRNA剪接同工型。展望未来，太平洋生物科学，多佛系统（Polonator G.007），Visigen Biotechnologies，Lasergen，Inc。，Intelligent Bio-Symys，完整的基因组学和牛津Nanopore技术等公司的平台开发。
唑来膦酸与抗 EGFR 抗体西妥昔单抗偶联治疗结直肠癌类器官
摘要 背景 抗体-药物偶联物 (ADC) 是治疗实体瘤和血液系统癌症的重要治疗选择。抗表皮生长因子受体 (EGFR) 抗体西妥昔单抗 (Cet) 用于治疗结直肠癌 (CRC)。通过用氨基双膦酸盐唑来膦酸 (ZA) 引发肿瘤细胞，然后通过丁酸嗜蛋白 (BTN) 家族成员（如 BTN3A1 和 BTN2A1）呈递异戊烯基焦磷酸，可引发抗 CRC V δ 2 细胞溶解性 T 淋巴细胞。阻碍 ZA 靶向 CRC 的一个主要缺点是氨基双膦酸盐的骨向性。方法 将 DNA 的磷酸基团标记到蛋白质的氨基上后，在咪唑存在下将 ZA 的磷酸基团与 Cet 的游离氨基连接起来。通过基质辅助激光解吸电离质谱和电感耦合等离子体质谱分析确认了 Cet-ZA ADC 的生成。在 Geltrex 圆顶盒中用化学定义的无血清培养基获得了 13 个 CRC 类器官。通过流式细胞术、结晶紫和细胞毒性探针测定以及图像分析检测 V δ 2 T 细胞对 CRC 类器官的增殖和细胞溶解活性激活。通过自动免疫染色、全玻片扫描和数字病理成像的计算机化分析进行免疫组织化学和定量 BTN3A1 或 BTN2A1 表达以及 CRC 中肿瘤浸润的 V δ 2 T 细胞数量。结果新型 ADC Cet-ZA 的生成率为 4.3，并显示出与未偶联抗体相似的反应性。更重要的是，患者来源的 CRC 类器官或 CRC 肿瘤细胞悬浮液在用 Cet-ZA 引发时可触发外周血和肿瘤浸润淋巴细胞中 V δ 2 T 细胞的扩增。此外，Cet-ZA 触发 V δ 2 T 细胞介导的 CRC 类器官杀伤。不仅在 CRC 类器官中检测到了 BTN3A1 和 BTN2A1 的表达，而且在 CRC 标本中也检测到了相当数量的肿瘤浸润 V δ 2 T 细胞。结论这些发现证明了 Cet-ZA ADC 可用于特异性靶向 CRC 类器官，并可能提出一种将氨基双膦酸盐递送至 EGFR + 实体瘤的新实验方法。
微生物在法医学中的作用
pooja jk doi：https：//doi.org/10.33545/27074447.2023.v5.i1a.59摘要人类微生物组提到了所有微观生命形式，例如细菌，病毒，病毒，藻类和饮食人体身体。法医微生物学涉及基于验尸间隔及其在身体不同部位的分布来鉴定微生物，这有助于个人鉴定，死亡确定原因，地理位置确定可能在哪里发现尸体和体液识别。微生物法医用于研究由微生物在性侵犯案件，生物犯罪或任何其他形式的刑事案件中引起的微生物和疾病的传播。分子生物学和遗传学的进步导致了分析仪器和技术的发展，有助于更好地分析微生物样品及其代谢产物。thanato-Microbiology是指驻留在人体表面上的微生物研究，这也是法医微生物学研究领域，主要有助于基于独特的微生物居住的独特的微生物来区分另一个人。关键字：法医学微生物，thanato-Microbiology，pyrosequencing简介微生物或简称微生物是最小的单细胞生物。他们既有用，又对人类有害。它们分为不同类型，例如细菌，病毒，真菌和原生动物。细菌是最丰富的微生物，通常被分为两种类型，即考古细菌和花生细菌。（Zachary等，2017）[5]。（Zachary等，2017）[5]。人们认为，人体内部和人体上的细菌比人体细胞多十倍（Turnbaugh等，2009）[1]。研究表明，微生物在法医后检查，自死亡确定以来的时间，通过分析体液中发现的微生物群的个人鉴定，地理位置的鉴定，基于人体中的微生物种群发生死亡可能发生的地理位置。微生物，例如梭状芽胞杆菌，乳酸杆菌，eggerthella和细菌，在下部胃肠道中大量发现，而链球菌，prevotella和veillonella在人体的上部胃肠道中广泛分布。在前阳光期间的口腔中发现了富公司，而在肿胀期间则发现了蛋白质（Hyde等，2013）。用于鉴定微生物的常见方法包括焦磷酸测序和脉冲场凝胶电泳。其他检测方法包括16/18S核糖体RNA（rRNA）基因，单核苷酸多态性，内部转录的垫片和整个基因组shot弹枪。这些基因组方法在法医科学中很有用，可以创建遗传特征和鉴定整个微生物群落。对于蛋白质合成所必需的70s和80s核糖体是由16s和18s RNA组成的，通常在分类门中保持高度保守，但存在具有种间多态性或突变的可变区域，可帮助您识别个体。用于分类学分析的DNA的其他区域是核糖体RNA基因之间的非编码区域，称为内部转录间隔物（ITS），例如16S和23S细菌和古细菌（Lafontaine和Tollervey，Tollervey，2001年）。这些区域的突变率很高，因为它们的生存不是必不可少的，因此可以在相似的物种上进行比较（Baldwin，1992）。Mortem Microbial社区和PMI与宿主相关后与宿主相关的微生物群落称为Thanato-Microbiome。
引用 Ji S 和 Ji N (2025) 人乳头瘤病毒 16 的甲基化位点作为宫颈癌进展的潜在生物标志物。Front. Oncol. 15:1
持续感染高危型人乳头瘤病毒 (HR-HPV) 以及随后的病毒癌蛋白 E6 和 E7 上调被认为是宫颈癌变中的关键分子事件 ( 1 , 2 )。这些癌蛋白会干扰关键宿主肿瘤抑制蛋白的功能，导致恶性转化。具体来说，E6 会促进 p53 的降解，p53 是一种对程序性细胞死亡至关重要的肿瘤抑制因子，而 E7 则会抑制通常调节细胞周期进程的视网膜母细胞瘤蛋白 (pRb) ( 3 , 4 )。p53 和 pRb 功能的破坏会导致染色体不稳定和癌症发展 ( 5 )。在各种 HR-HPV 类型中，HPV16 最为常见（其次是 HPV18），是全球 50% 以上宫颈癌病例的诱因 ( 6 – 8 )。 HPV 感染发生在宫颈上皮未分化的基底细胞中，病毒早期蛋白 E1、E2、E6 和 E7 在此细胞中表达水平较低（9）。随着被感染细胞的分化，病毒晚期蛋白 L1 和 L2 产生，用于衣壳的形成和病毒颗粒的组装。E4 蛋白通过与宿主细胞骨架结合协助病毒颗粒的释放（10,11）。高免疫原性的 L1 蛋白的产生受宿主蛋白和表观遗传修饰的调控，确保其仅在分化细胞中表达，从而逃避免疫检测（12）。HPV16 L1 蛋白及其相关 mRNA 在低度宫颈病变和增殖性感染中可检测到，但其缺失与高度病变高度相关（13,14）。虽然 L1 编码序列在转化细胞中保持完整，但衣壳蛋白不会合成（15）。尽管 HR-HPV 感染是宫颈癌的必要前兆，但只有一小部分感染者会发展为宫颈癌 ( 16 , 17 )。目前的 HPV DNA 检测不足以准确识别需要阴道镜检查的 HR-HPV 阳性女性，因为许多感染都是暂时性的 ( 18 )。目前建议对 HPV16 和 HPV18 进行基因分型，并结合细胞学检查进行宫颈癌筛查 ( 19 )；然而，需要更特异的生物标志物来分类 HPV16 或 HPV18 阳性的女性，并减少不必要的阴道镜转诊 ( 20 , 21 )。宿主基因和 HPV 基因的甲基化已得到广泛研究，并被证实与宫颈异常有关 ( 22 , 23 )。甲基化修饰，例如 L1 基因内的 CpG 位点甲基化，可以控制该基因的表达，该基因在转化的宫颈细胞中经常被沉默。亚硫酸氢盐测序报告称 3' L1 基因区域的甲基化水平较高，表明其在控制 L1 表达方面具有潜在作用 ( 24 , 25 )；然而，亚硫酸氢盐测序和直接测序等方法可能导致临床样本中甲基化水平估计不准确。焦磷酸测序，一种更准确的定量方法，已用于测量 HPV DNA 甲基化，揭示了各种 HPV 类型的 L1 和 L2 区域的高甲基化（ 26 , 27 ）。最近的研究表明，L1 基因甲基化可以区分宫颈上皮内瘤变 3 (CIN3) 和浸润性宫颈癌（ 26 , 28 ）。
Gunvant Patil
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