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World File Search System特氏菌
(様式10) (海外特别研究员事业) 令和5 年9 月5 日
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密切相关的 II-C 型 Cas9 直系同源物可识别多种 PAM
A0A011P7F8 Mannheimia granulomatis MgrCas9 1049 65.5 A0A0A2YBT2 Gallibacterium anatis IPDH697-78 GanCas9 1035 59.7 A0A0J0YQ19 Neisseria arctica NarCas9 1070 70.4 A0A1T0B6J6 [Haemophilus felis HfeCas9 1058 65.3 A0A1X3DFB7 Neisseria dentiae NdeCas9 1074 66.4 A0A263HCH5 Actinobacillus seminis AseCas9 1059 66 A0A2M8S290 Conservatibacter flavescens CflCas9 1063 64.2 A0A2U0SK41 Pasteurella langaaensis DSM 22999 PlaCas9 1056 63.9 A0A356E7S3巴斯德氏菌 PstCas9 1076 63 A0A369Z1C7 副流感嗜血杆菌 Hpa1Cas9 1056 64.8 A0A369Z3K3 副流感嗜血杆菌 Hpa2Cas9 1054 65.2 A0A377J007 皮特曼嗜血杆菌 HpiCas9 1053 65.2 A0A378UFN0 脱氮伯氏菌（脱氮奈瑟菌）
肠道菌群的特征在特征性皮炎和儿童食物过敏方面
摘要：肠道微生物群在维持人类健康以及各种病理的发展中起着重要作用，如大量研究所表明的那样。肠道微生物组组成中不平衡的一种表现是各种疾病或免疫反应的外观，特别是特应性皮炎（AD）和/或食物过敏（FA）。在这项研究中，使用16S NGS测序，发现患有食物过敏的儿童的肠道微生物组和患有特应性皮炎的儿童的肠道微生物组的特征是具有较高的炎症潜力。与健康参与者相比，两组均表现出来自巴氏菌科和埃里赛氏菌科家族的大量代表，以及来自Barnesiellaceae家族的相对代表的相对代表人数减少。在食物过敏的一组参与者中，相对健康的参与者中的Deulfovibrionaceae代表相对数量和双歧杆菌科的相对数量减少。此外，当将该组与特应性皮炎患者进行比较时，据显示，诸如Erysipelotrichaceae，Rusinococacaceae和Sutterellaceae之类的家族的许多代表都占了上风。此信息证实AD和FA与肠道菌群组成的变化相关。需要进一步的研究来确定源自菌群对AD和FA发育和进展的因果关系的影响以及化合物的影响，并创建新的益生菌药物来预防和调节免疫反应，包括在幼年中。
微生物群波动和稳定性 - “多细菌群落的替代品...”
在这项研究中，准备在每种营养状况下继续培养大量细菌群落，并使用称为DNA元法编码的技术分析了每个抗共生中细菌物种的增加或减少。结果表明，在某些营养条件下，每次迭代都过渡到几乎相同的社区，而在其他营养条件下，每次迭代都过渡到少数不同的社区（“替代社区”）。此外，我们已经建立了一种方法来确定是否已经向另一个社区进行了过渡，表明在包含特定营养含量的条件下，已经对替代社区进行了每次迭代。
食品微生物之检验方法-乳酸菌-青春双叉乳酸杆菌之检验
Applied Biosystems QuantStudio TM 5 Real-Time PCR System 鑑別試驗用 5 µM 引子 F .......................................................................................... 1.0 µL 5 µM 引子 R ......................................................................................... 1.0 µL 3.3 µM 探針 P ........................................................................................................................................................................................................................................... ............................................................................................... 20.0 µL 註 3 ： Real-time PCR 溶液應於冰浴中配製。 2.6.检体DNA溶液之制备2.6.1。分离菌株之dna
植物相关微生物在植物健康和发育中的作用：以沙雷氏菌属为例
摘要 沙雷氏菌属是肠杆菌科的一种菌种，存在于多种生态环境中。近年来，沙雷氏菌已成为促进植物生长和防御植物病虫害的多方面贡献者。本综述探讨了沙雷氏菌诱导植物生长和缓解非生物和生物胁迫的机制。沙雷氏菌与植物生态系统的无缝整合使沙雷氏菌能够产生群体感应分子 N-酰基高丝氨酸内酯 (AHL)，促进植物组织的定植并利用植物分泌物中的营养。这种错综复杂的通讯网络使沙雷氏菌能够产生植物激素并分解土壤中的必需营养物质供植物吸收。面对生态竞争对手，许多沙雷氏菌菌株表现出非凡的适应性，产生多种水解酶和抗菌、抗真菌或杀虫化合物，有效控制有害细菌、真菌和害虫。此外，有益的沙雷氏菌菌株还分别使用诱导系统抗性 (ISR) 和耐受性 (IST) 来缓解生物和非生物胁迫。沙雷氏菌的各种农业应用包括直接使用细菌细胞进行种子包衣、叶面喷洒和土壤接种，或将其生物活性化合物单独或与其他材料结合应用于植物的各个部位。这些努力旨在增强植物健康、抑制疾病和控制害虫种群。尽管应用前景广阔，但有报道称植物和动物具有机会性致病性。因此，应考虑几种安全方法和使用毒力因子突变菌株。沙雷氏菌在农业中的应用趋势预计将持续下去。
双质粒诱导型 CRISPR-Cas9 系统在拜氏梭菌中的改造及应用
CRISPR 技术的最新发展为改进梭菌属专用的基因组编辑工具开辟了新的可能性。在本研究中，我们改进了基于该技术的双质粒工具，以便对产生丙酮/丁醇/乙醇 (ABE) 或异丙醇/丁醇/乙醇 (IBE) 混合溶剂的两种拜氏梭菌参考菌株的基因组进行无瘢痕修饰。在 NCIMB 8052 ABE 生产菌株中，SpoIIE 孢子形成因子编码基因的失活导致孢子形成缺陷的突变体，并且通过用功能性 spoIIE 基因补充突变菌株可以恢复此表型。此外，将真菌纤维素酶编码 celA 基因插入拜氏梭菌 NCIMB 8052 染色体中，产生具有内切葡聚糖酶活性的突变体。接下来，我们采用类似的双质粒方法对天然 IBE 产生菌株 C. beijerinckii DSM 6423 的基因组进行编辑，该菌株此前从未进行过基因工程改造。首先，删除赋予甲砜霉素抗性的 catB 基因，使该菌株与我们的双质粒编辑系统兼容。作为概念验证，我们在 C. beijerinckii DSM 6423 Δ catB 中使用了我们的双质粒系统，以去除内源性 pNF2 质粒，从而大幅提高转化效率。
低频体细胞突变是在热带树中遗传的吉安氏菌和Sextonia rubra
体细胞突变可能在植物进化中起作用，但与植物体细胞突变有关的常见期望仍未得到充分的测试。与大多数动物不同，假定植物种系在发育后期被搁置，这导致人们期望植物会沿生长积累体细胞突变。因此，对躯体突变的命运做出了一些预测：突变在植物组织中的频率通常很低。高频的突变具有更高的代际传播的机会。树的分支拓扑决定了突变分配；暴露于紫外线（紫外线）辐射会增加诱变。为了深入了解植物中突变的积累和传播，我们产生了两个高质量的参考基因组和一个独特的数据集，该数据集的60个高覆盖范围 - 整体 - 基因组序列的两种热带树种，番茄科植物（Fabaceae）（fafaceae）（fafaceae）和sextonia rubra（lauraceae）。，我们在D.圭亚那的D. guianensis中发现了15,066个从头突变，在S. rubra中发现了3,208个，令人惊讶的是，几乎全部都以低频发现。我们证明1）低频率突变可以传输到下一代； 2）突变系统发育偏离树的分支拓扑； 3）突变率和突变光谱并不明显受到紫外线暴露差异的影响。总的来说，我们的结果表明，植物生长，衰老，紫外线暴露和突变速率之间的联系比通常想象的要复杂得多。
拜氏梭菌中组氨酸激酶的代谢工程用于提高丁醇产量
拜氏梭菌 (Clostridium beijerinckii) 是一种很有前途的丁醇工业生产微生物，但其丁醇产量低且缺乏高效的基因工程工具包。一些负责 Spo0A 磷酸化的组氨酸激酶 (HK) 已被证实是调控溶剂型梭菌 (如丙酮丁醇梭菌) 丁醇生物合成的重要功能组分，但尚未在拜氏梭菌中进行有关 HK 的研究。本研究通过序列比对，筛选出 6 个已注释但尚未鉴定的候选 HK 基因，这些基因与丙酮丁醇梭菌的基因具有部分同源性（不低于 30%）。利用基于 CRISPR-Cas9n 的基因组编辑技术删除这些 HK 基因的编码区。 cbei2073 和 cbei4484 的缺失导致丁醇生物合成发生显著变化，与野生型相比，丁醇产量分别增加了 40.8% 和 17.3% (13.8 g/L 和 11.5 g/L vs. 9.8 g/L)。观察到丁醇生产速率更快，丁醇生产率分别大幅提高了 40.0% 和 20.0%，表明这两个 HK 在调节 C. beijerinckii 细胞代谢中起重要作用。此外，两个 HKs 失活菌株的孢子形成频率分别降低了 96.9% 和 77.4%。与野生型相比，另外四个 HK 缺失突变菌株（包括 cbei2087、cbei2435、cbei4925 和 cbei1553）表现出的表型变化很小。本研究揭示了HKs在拜氏梭菌中孢子形成和溶剂生成中的作用，并提供了一种新的HKs工程化策略来提高代谢物的产量。本研究产生的高丁醇生产菌株在工业生物丁醇生产中具有巨大的潜力。
