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World File Search System病毒组
病毒组编码的人类益生菌基因与致病基因共存1
预印本（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此版本的版权所有者于 2025 年 1 月 14 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.10.632382 doi：bioRxiv 预印本
美国北卡罗来纳州人类口腔 DNA 病毒组中各种指环病毒、Cressdna病毒和噬菌体的表征
摘要：在宏基因组学时代，从人类口腔的各个角落（从唾液到牙菌斑再到舌头表面）中鉴定出的病毒多样性加速增长。这种快速扩展表明我们对口腔病毒多样性的理解并不完整，只有少数研究结合了被动口水收集和宏基因组测序方法。在这项先导研究中，我们从杜克狐猴中心（美国北卡罗来纳州达勒姆）的健康工作人员那里获得了 14 个样本，以确定可在人类被动口水样本中鉴定出的病毒多样性。本研究使用高通量测序和病毒宏基因组工作流程鉴定了 3 种指环病毒、9 种 cressdnaviruses、4 种 Caudoviricetes 大噬菌体、29 种微病毒和 19 种 inoviruses 的完整基因组。这里介绍的结果扩展了我们对北卡罗来纳州（美国）人类口腔病毒组的脊椎动物感染和微生物感染病毒多样性的理解。
鲍曼不动杆菌 ST374 的基因组见解揭示了广泛且不断增加的耐药组和病毒组
基于 WGS 的监测大大提高了追踪临床相关病原体多药耐药克隆的全球传播和出现的能力。在本研究中，我们对属于序列类型 ST374 的鲍曼不动杆菌 (菌株 Ac56) 进行了基因组表征和比较分析，该菌株于 1996 年首次在巴西分离。Ac56 的基因组分析预测了总共 5373 个基因，其中 3012 个基因在来自欧洲、亚洲、北美和南美国家的 ST374 鲍曼不动杆菌分离株的九个基因组中是相同的。GoeBURST 分析将 ST374 谱系分为克隆复合体 CC3（国际克隆 IC-III）。ST374 克隆的抗性基因组分析预测了与重金属和临床相关的 β-内酰胺类和氨基糖苷类抗生素耐药性相关的基因。在这方面，在两种密切相关的鲍曼不动杆菌菌株中，内在的 bla ADC 基因与插入序列 IS Aba1 相关；包括 Ac56 菌株，该基因可能与对美罗培南的中等敏感性相关。其他四种耐卡巴培南的鲍曼不动杆菌菌株携带 IS Aba1/bla OXA-23 基因阵列，该基因阵列与转座子 Tn 2008 或 AbaR4 型耐药岛中的 Tn 2006 相关。虽然 ST374 的鲍曼不动杆菌菌株大多数毒力基因是相同的，但来自泰国的三种分离株含有 KL49 荚膜基因座，该基因座先前在高毒力鲍曼不动杆菌 LAC-4 菌株中发现。对三十四种预测质粒的分析显示八个主要组，其中 GR-6（LN − 1）和 GR-2（LN − 2）占主导地位。所有菌株（包括最早的分离株 Ac56）都含有至少一个完整的原噬菌体，但未检测到任何 CRISPR 相关 (cas) 基因。总之，A. baumannii ST374 的基因组数据显示该谱系有潜力成为成功的克隆。
病毒组分析及妊娠期间柯萨奇病毒 B 血清学阳性与先天性心脏病的关联
摘要：背景：我们之前已证明柯萨奇病毒 B (CVB) 是小鼠先天性心脏病 (CHD) 的强效诱因。这些发现对人类的临床意义以及其他病毒在 CHD 发病机制中的作用仍不清楚。方法：我们从围产期家庭组织库 (PFTB) 中获取了 89 名受试者（104 次怀孕）、73 名健康对照者（88 次怀孕）和 16 名患有 CHD 的分娩者（16 次怀孕）在所有妊娠期采集的血浆样本。我们对血浆进行了 CVB IgG/IgM 血清学检测。我们还使用 ViroCap 测序和 PCR 检测血浆、白膜层中的循环白细胞和共培养系统培养基中的病毒核酸。结果：CVB IgG/IgM 结果表明，CHD 组中既往暴露率高出 7.8 倍（95% CI，1.14–54.24，调整 p 值 = 0.036）。然而，通过分子检测，在血浆、白膜层或共培养上清液中未检测到 CVB 病毒基因组，尽管检测到了其他病毒。结论：血浆中检测到病毒核酸的情况很少，特别是未检测到 CVB 基因组。然而，血清学表明，在受 CHD 影响的妊娠中，既往 CVB 暴露率更高。有必要进行进一步研究，以了解母体血液病毒组对 CHD 发病机制的贡献程度。
改进单链 DNA 病毒的测序
Malathi VG、Renuka Devi P. (2019) SsDNA 病毒：全球病毒组中的关键参与者。病毒性疾病。 30：3–12。 https://doi.org/10.1007/s13337-019-00519-4
EP0402 TAQ DNA聚合酶（rec。）
图3。准备和使用病毒载体在靶细胞中重组蛋白表达。（1）包装细胞（例如HEK293）用编码感兴趣基因和必要病毒蛋白的三个或四个质粒转染。（2）将病毒组装在包装细胞中，然后收获和纯化。（3）该病毒用于转导靶细胞，释放感兴趣的基因。（4）在此示例中，将慢病毒载体的RNA反向转录为DNA，将DNA整合到宿主基因组中以进行重组蛋白表达。
CRISPR-Cas9 靶向 eIF4E1 基因可扩大 Solanum tuberosum L. cv. Desirée 的马铃薯 Y 病毒抗性谱
翻译起始因子，特别是 eIF4E 家族，是许多植物物种对马铃薯 Y 病毒组隐性抗性的主要来源。然而，在马铃薯 (Solanum tuberosum L.) 种质中尚未鉴定出 eIF4E 介导的对该病毒属的抗性。与番茄一样，马铃薯 eIF4E 基因家族由 eIF4E1、其旁系同源物 eIF4E2、eIF(iso)4E 和 nCBP 组成。在番茄中，eIF4E1 敲除 (KO) 可对一组马铃薯 Y 病毒组产生抗性，而 eIF4E1/2 双 KO 虽然可产生更广泛的抗性，但会导致植物发育缺陷。这里，四倍体马铃薯 cv。 Desirée 拥有显性 Ny 基因，该基因可抗马铃薯 Y 病毒 (PVY) 菌株 O 但不抗 NTN，用于评估通过 CRISPR-Cas9 介导的 eIF4E1 易感基因 KO 来扩大其 PVY 抗性谱的可能性。经过植物原生质体转染再生的双重过程，获得了 eIF4E1 KO 马铃薯。敲除是针对 eIF4E1 的，在其 eIF4E2 旁系同源物中未发现突变。eIF4E 家族的表达分析表明，eIF4E1 的破坏不会改变其他家族成员的 RNA 稳态水平。用 PVY NTN 分离物攻击的 eIF4E1 KO 系显示病毒积累减少和病毒诱导症状改善，表明 eIF4E1 基因是其增殖所必需的但不是必需的。我们的数据表明，可以通过增强 eIF4E 介导的隐性抗性，有效利用 eIF4E1 编辑来拓宽优良马铃薯品种（如 Desirée）的 PVY 抗性谱。
5mC 选择性脱氨酶的发现及其在碱基分辨率甲基化位点超灵敏直接测序中的应用
摘要 挖掘噬菌体中的新酶活性对于开发新的生物技术工具仍然很重要。在本研究中，我们使用 MetaGPA（一种将宏基因组数据中的基因型与表型联系起来的方法）来识别脱氧胞苷脱氨酶，这是一种与宏病毒组中的胞嘧啶修饰高度相关的蛋白质家族。出乎意料的是，这些脱氨酶的一个子集在单核苷酸和单链 DNA 底物中都表现出对 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 的偏好，而不是胞嘧啶 (C)。在甲基化组测序工作流程中，这些酶优先脱氨 5mC，这使得甲基化胞嘧啶能够直接转化，同时完全消除任何未修饰胞嘧啶的背景脱氨。这种直接转换允许以单碱基分辨率精确识别甲基化位点，具有无与伦比的灵敏度，为基因组和甲基化组的同时测序提供了广泛的应用。
优点和缺点
摘要：基于元基因组方法的应用，对人类病毒组的研究涉及克服一系列挑战和局限性，不仅是病毒的生物学特征，而且还涉及不同方法试图最小化的方法学陷阱。这些方法分为两个主要类别：散装 - 元素和病毒样粒子（VLP）富集。为了解决与常用的实验程序相关的问题，以评估可靠性，代表性和可重复性的程度，我们设计了一种适用于三种实验方案的比较分析，一种基于批量 - 元激素，两个基于VLP富集。这些方案应用于10名成年参与者的粪便样本，包括每个方案和受试者的两个复制品。我们不仅通过分析分类学分类和分子类型（DNA与RNA，单链与双链）分析了三种方法的性能，不仅是通过分类的组成，丰度和多样性来评估了病毒群的多样性，而且还根据对其他对用户的相同的相同的相同的相同。我们的结果突出了每种方法的优势和劣势，提供了有价值的见解和量身定制的建议，以根据特定的研究目标得出可靠的结论。
微生物
摘要：人们对可能导致人类和动物严重或致命疾病的新兴病毒的兴趣日益浓厚。泄殖腔病毒组研究的激增主要集中在家禽和其他家禽上，揭示了各种各样的病毒，尽管它们的致病意义目前尚不确定。对野生鸟类中检测到的病毒的分析很复杂，而且由于对禽流感或其他人畜共患病毒的兴趣明显，因此通常偏向于水禽。人们对雀形目中存在的病毒知之甚少，该目约占现存鸟类物种的 60%。本综述旨在汇编传统和宏基因组研究中对影响雀形目 DNA/RNA 病毒的最重要贡献。它强调大多数雀形目物种从未被采样过。特别是来自黄病毒科、正粘病毒科和披膜病毒科的 RNA 病毒被认为是新兴病毒，因为它们的发病率或鸟类死亡率/发病率增加，传播到新的地理区域或宿主，并且具有人畜共患风险。可以说，痘病毒，或许还有其他病毒群，也可以被视为“新兴病毒”。然而，许多此类病毒最近才在雀形目鸟类中被利用宏基因组学描述，它们在生态系统中的作用尚不清楚。最后，值得注意的是，只有三分之一影响雀形目鸟类的病毒得到了官方认可。