摘要。Ruzyati M,Sisharmini A,Apriana A,Santoso TJ,Purwanto E,Samanhudi,Yunus A.2022。CRISPR/CAS9_GRNA-OSCKX2模块盒的构建及其引入米CV。Mentik Wangi由农杆菌Tumefaciens介导。生物多样性23:2679-2689。Mentik Wangi是一种来自热带Japonica群体的芳香稻米品种,其姿势高且生产率低。高大的植物姿势使Mentik Wangi大米容易容易住宿,从而导致产量损失。因此,仍然需要提高Mentik Wangi的植物高度和生产力。SD-1(OSGA20OX-2)和CKX2基因负责半矮人特征和高生产率。这项研究旨在构建一个带有OSCKX2基因的GRNA的CRISPR/CAS9盒式模块,并将这种结构引入由Tumefaciens vector lba4404介导的Mentik Wangi水稻。也在先前对Mentik Wangi大米的研究中构建的CRISPR/CAS9_GRNA-GA20OX-CASTETE质粒的引入。结果表明,CRISPR/CAS9_GRNA-CKX2盒式模块已成功地使用Golden Gate Cloning方法构建。将CRISPR/CAS9_GRNA-CKX2和CRISPR/CAS9_GRNA-GA20OX-2盒式模块引入Mentik Wangi Rice,导致了30种通过Hygromycin选择的推定转化线。PCR分析表明,从30条变换线中,15条线对抗霉素抗性基因呈阳性。必须进行进一步的分析,以确定OSCKX2和GA20OX-2靶基因中诱变的发生。
摘要基于靶向选择的基因组编辑方法已实现许多基础发现,并且通常以高精度使用。然而,我们发现,在芽殖酵母中用常见的选择盒替换 DBP1 会导致相邻基因 MRP51 的表达和功能降低,尽管所有 MRP51 编码和调控序列都保持完整。盒式诱导的 MRP51 抑制导致了在删除 DBP1 的细胞中检测到的所有突变表型。这种行为类似于“邻近基因效应”(NGE),这是一种机制未知的现象,即在一个基因座插入盒式会降低邻近基因的表达。在这里,我们利用 DBP1 盒式替换导致的强烈脱靶突变表型来提供对 NGE 的机制洞察。我们发现启动子(包括表达盒中的启动子)固有的双向性会驱动发散转录本,该转录本通过转录干扰和翻译抑制来抑制 MRP51,而这种抑制是通过产生长未解码转录本异构体 (LUTI) 介导的。驱动这种脱靶效应的发散转录本产生对于酵母表达盒来说是普遍存在的,并且随插入而普遍发生。尽管如此,脱靶效应通常可以通过局部序列特征自然阻止,例如终止盒插入位点和邻近基因之间的发散转录本的序列特征。因此,可以通过将转录终止子序列插入盒中(位于启动子两侧)来消除盒诱导的脱靶效应。由于这种脱靶效应的驱动特征被广泛保留,我们的研究表明,在使用集成表达盒的其他真核系统(包括人类细胞)中的实验设计和解释时应考虑到这一点。
CriMCE:一种通过 CRISPR 介导的盒式交换引入和分离精确无标记编辑的方法 Ioanna Morianou 1、Andrea Crisanti 1,2、Tony Nolan 3、Andrew M. Hammond 1,4,5 * * 通讯作者 作者隶属关系: 1 伦敦帝国理工学院生命科学系,伦敦,英国 2 帕多瓦大学分子医学系,帕多瓦,意大利 3 利物浦热带医学院媒介生物学系,利物浦,英国 4 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院分子微生物学和免疫学系,巴尔的摩,马里兰州,美国 5 Biocentis,Ltd.,伦敦,英国 标题:基于 CRISPR 的无标记编辑方法 关键词:CRISPR;基因组编辑;盒式交换;无标记编辑;基因驱动。摘要 在昆虫基因组中引入小的、未标记的编辑对于研究重要生物学特性(例如抗杀虫剂和遗传控制策略)的分子基础至关重要。CRISPR 基因组工程的进步使这成为可能,但由于编辑率低和缺乏可选择的标记,大多数实验室都难以做到这一点。为了促进精确的无标记编辑的生成和分离,我们开发了一种两步方法,该方法基于 CRISPR 介导的盒式交换 (CriMCE),将标记的占位符用于感兴趣的变体。与以前的方法相比,此策略可用于引入更广泛的潜在编辑,同时整合工作流程。我们通过将三种 SNP 变体设计到冈比亚按蚊的基因组中,提出了原理证明,证明 CriMCE 是一种强大的工具,其编辑率比同源定向修复或主要编辑高 5-41 倍。
即使使用晚期质粒和病毒载体,在不同转染的细胞中获得多个基因的拷贝数也很具有挑战性。,我们使用转基因竞争系统,Kazusa cDNA克隆和我们的双重重组酶介导的盒式盒式交换系统的组合从一个细胞中的单拷贝基因中实现了一个基因表达。使用该系统在HEK293中同时在同一表达水平中同时表达了所有48个核受体,并比较了细胞增殖速率。在8周后用CMV-或EF1启动子驱动子驱动的表达转染的细胞之间观察到显着差异。EF1-NR1I2细胞系从2周到8周增长,比EF1-DSRED线高1.13倍。另一方面,EF1-NR4A1细胞系在8周时显示最大减少,比EF1-DSRED线低0.88倍。在我们的转基因竞争系统和长期增长实验中证实了结果。我们的转基因竞争系统提供了广泛,简单且准确的细胞竞争方法。
基因修饰细胞中载体整合位点的抽象背景分析可以提供有关克隆性和对附近基因的潜在生物学影响的关键信息。当前的短阅读下一代测序方法需要专门的仪器和大批量运行。方法,我们使用纳米孔测序分析了由γ逆转录病毒载体转导的T细胞的矢量积分位点,SFG.ICASP9.2A。δCD19。DNA限制酶,用两个6个切割者NCOI和BSPHI消化;以及通过逆PCR或盒式连接PCR扩增的侧翼基因组DNA。嵌套PCR和条形码后,在牛津纳米孔平台上测序了扩增子。读取被过滤以质量,修剪和对齐。自定义工具的开发用于群集读取并合并重叠簇。结果逆PCR和盒式连接PCR都可以成功扩增侧翼基因组DNA,盒式连接PCR显示出较小的偏差。480万原始读数分为12,186个集群和6410个克隆。3'长末端重复(LTR) - 基因组连接可以在5-核苷酸跨度内解决大多数簇,并且在一个核苷酸跨度内,用于≥5个读取的簇。插入位点的染色体分布及其对接近转录起始位点的区域的偏爱与先前的γ逆转录病毒载体整合体的报告一致,该报告通过短阅读的下一代测序分析。结论我们的研究表明,使用纳米孔测序来绘制多克隆矢量积分位点是可行的。该测定是可扩展的,需要最低资本,这共同实现了具有成本效益和及时的分析。需要进一步的细化来减少扩增偏置并改善单核苷酸分辨率。
3。一旦确认了盒式录音带上的接收者识别,请从盒式录音带上取下Amtagvi输液袋。检查盒式标签上的患者标识符是否与Amtagvi输液袋标签上的患者标识符相匹配,并与Amtagvi Infusion Bag标签上的患者标识符匹配接受者的身份。如果有任何差异,请致电1-833-400-IOVA与Iovance Biotherapeutics,Inc。联系。4。在解冻之前检查每个袋子是否有任何休息或裂缝。在解冻之前检查尖峰端口是否有任何损坏。如果袋子被损坏或妥协,请勿在1-833-400-IOVA中注入内容并与Iovance Biotherapeutics,Inc。联系。5。为了解冻,将输液袋放入第二个可密封袋(最好是无菌)的情况下,如果泄漏并保护端口免受污染。6。使用水浴或干融化方法在大约35°C至39°C下在大约35°C到39°C的融化,直到注入袋中没有可见的冰或冷冻含量。从融化开始到融化完成的总时间应不超过10分钟。7。立即从解冻装置中取出袋子。从可密封的塑料袋上取出输液袋,然后擦干。在输注之前,请勿在新媒体中洗涤,旋转或重悬于Amtagvi。8。一旦解冻,请尽快管理每袋Amtagvi。如果需要,则可以将Amtagvi保持在室温(18°C至25°C)不超过3小时的情况下。请勿重新冻结或冷冻解冻产品。9。输注之前,请检查解冻的输液袋的内容物。如果可见细胞团块,请在输液前将袋子倒置轻轻混合袋子的内容物。如果需要,请轻轻按摩袋子以分散细胞团。如果输液袋损坏或泄漏,请勿注入内容,否则似乎会受到损害。输注Amtagvi
结果:在此概念证明中,我们将基因组剃须 - seq应用于小鼠胚胎干细胞和人类癌细胞,每实验产生并绘制数百至数千个SV。我们发现,通过CRE介导的对称LOXP位点产生SVS的细胞是迅速决定的,这可能是由于CRE和/或SVS本身的毒性所致。相比之下,在非对称attb/p位点,通过BXB1介导的重组产生SV的细胞是稳定的。这种稳定性使我们能够研究作用于不同类别BXB1诱导的SV的选择压力,并开始表征其功能后果。首先,我们发现带有较大缺失但没有反转的细胞是从增殖的细胞种群中预先损失的,这部分归因于不容忍中心粒损失。第二,我们观察到,尽管平衡的易位在体外耐受,不平衡的易位,尤其是那些敏感的易位,但迅速耗尽了。最后,通过在基因组洗牌细胞的瓶颈种群中共同合并转录组和盒式盒式条形码配对,我们证明我们可以确保特异性,诱导的SVS对基因表达的后果。
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