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CRAGE-Duet 促进生物系统的模块化组装，用于研究植物-微生物相互作用
摘要：发展可持续农业实践需要增加我们对植物 - 微生物相互作用的了解。为了研究这些相互作用，需要用于操纵非模式微生物的新遗传工具。为了满足这一需求，我们最近报告了不依赖底盘的重组酶辅助基因组工程 (CRAGE) 的开发。CRAGE 依赖于两对互斥的 lox 位点之间的盒式交换，并允许将大型复杂基因构建体直接、单步染色体整合到不同的细菌物种中。然后，我们通过引入第三个互斥的 lox 位点扩展了 CRAGE，创建了 CRAGE-Duet，它允许两个构建体的模块化整合。CRAGE-Duet 比 CRAGE 更具优势，尤其是在需要繁琐的重新克隆步骤来构建单整合构建体时。为了证明 CRAGE-Duet 的实用性，我们从促进植物生长的根瘤菌 Pseudomonas simiae WCS417r 中创建了一组菌株，这些菌株表达了各种荧光标记基因。我们在共聚焦显微镜下同时可视化了这些菌株，证明了 CRAGE-Duet 在创建生物系统以研究植物 - 微生物相互作用方面的实用性。关键词：细菌菌株工程、基因组工程、基因组编辑、CRAGE、Cre-lox 重组、荧光蛋白
RADA和DNA聚合酶在重组中的作用 - ...
摘要：背景：使用基因组数据，我们确定了MRSA ST398分离株的起源，该分离物是无知的牲畜接触患者的侵入性感染。方法：我们使用Illumina Technique测序了2013年至2017年之间具有侵入性感染患者的七个MSSA和四种MRSA ST398分离株的基因组。预言相关的毒力基因和耐药基因。为了确定分离株的起源，其基因组序列被包括在系统发育分析中，还包括NCBI上可用的ST398基因组。结果：所有分离株都带有ϕ SA3预言，但是免疫逃避簇的变化：MRSA分离株中的C型，MSSA分离株中的B型B型。所有MSSA都属于SPA Type T1451。MRSA菌株具有相同的SCC MEC类型IVA（2B）盒式盒子，属于SPA型T899，T4132，T1939和T2922。所有MRSA都携带四环素抗性基因TET（M）。系统发育分析表明，MSSA分离株属于人类相关的分离株，而MRSA分离株属于含有牲畜相关的MRSA的簇。结论：我们表明临床分离株MRSA和MSSA ST398具有不同的起源。通过牲畜相关的MRSA分离株对毒力基因的获取使它们能够在人类中诱导侵袭性感染。
levidys
背景升级（DeLandistrogene moxeparvovec-rokl）是重组基因治疗产物，由非复制，重组，腺相关病毒（AAV）血清型RH74（AAVRH74）（AAVRH74）capsid capsid和ssdna表达cassetter cassetter cassetter farank farank flank farank farank farank canverne cassever2 rank farank farank farank canverne cassever2。盒式盒包含：1）MHCK7基因调节成分，其中包括肌酸激酶7启动子和α-肌动蛋白重链增强剂，以及2）编码工程化的levetidys微型疾病蛋白（1）的DNA转基因。载体/capsid：临床和非临床研究表明骨骼肌细胞中的AAVRH74血清型转导。此外，在非临床研究中，在心脏和diaphragm肌肉细胞中已经证明了AAVRH74血清型转导（1）。启动子：MHCK7启动子/增强子驱动转基因表达，并已在动物模型中显示，以驱动转基因升降机微肌营养蛋白蛋白表达，主要在骨骼肌（包括diaphragragm）和心脏肌肉中。在临床研究中，肌肉活检分析已经证实了骨骼肌中的levidys微肌营养蛋白表达（1）。转基因：DMD是由DMD基因突变引起的，导致缺乏功能性肌营养不良蛋白。leviDys携带一个编码微肺炎蛋白的转基因，该蛋白由正常肌肉细胞中表达的肌营养不良蛋白的选定结构域组成（1）。
内含子编辑可以使谱系特异性表达与HSPC基因治疗相关的治疗剂
基因编辑的造血茎和祖细胞（HSPC）的自体移植可以在不久的将来作为选择的多种遗传疾病（包括溶酶体储存疾病（LSD））的选择。HSPC的传统基因治疗方法基于慢病毒载体对转基因的整合，而最近靶向的盒式磁带的整合通常由设计器核酸酶支持。无论哪种情况，转基因的表达通常都由外源无处不在的启动子维持，该启动子可能会改变或失调周围的原始癌基因和/或肿瘤抑制器的表达。此外，普遍存在的启动子在干细胞水平上诱导所需转基因的表达，这可能会影响其功能性，因为已建议将半乳糖脑脑苷酶（Krabbe）或葡萄糖脑苷酶（Gaucher）的过表达表达。，我们基于将剪接功能的盒式集成到谱系特异性基因座的内含子中的集成基于HSPCS的新型基因编辑系统。这种方法旨在防止转基因在干细胞水平上的表达，仅在细胞分化后触发转基因表达。作为概念证明，我们编辑了CD11b在HSPC中的内含子，并诱导转基因（用于治疗I型I型的GFP或IDUA）在体外分化和体内髓细胞塑料插入后的髓样含量I型）中的髓样特异性表达。我们证明了这种方法对CD20和CD4基因的可运输能力。
嘉手纳空军基地入口 Q 号门
入口问：哪些入口开放？什么时候开放？答：活动两天，4 号入口和行人入口均从 12:00 至 20:00 开放。问：只有一天对日本人开放吗？答：活动两天都向所有日本公民和 SOFA 人员开放。问：你们会检查身份证吗？答：是的，所有 16 岁以上的与会者都需要出示带照片的身份证件才能入场。请参考我们网站上的图片，了解需要携带哪些身份证件。问：我需要携带哪些文件？日本护照/驾驶执照/永久居留卡？答：请参考我们网站上的图片，了解需要携带哪些身份证件。问：禁止携带哪些物品？ * 酒精 * 盒式刀 * 剃须刀型刀片 * 剑 * 气枪/枪支 * 冷却器 * 玻璃瓶 * 溜冰鞋 * 飞行物体（包括无人机） * 手提箱 * 烟花 * 动物（辅助犬除外） * 三轮车/自行车 * 椅子 * 天篷 * 横幅/标志 * 300 毫米或更大的相机镜头 * 激光笔 停车 问：我们可以在哪里停车（日本与会者）？ 答：基地的航线上提供免费停车位。如果您选择通过行人门进入，请勿将车停在基地外的未经授权/住宅区。 问：我住在嘉手纳，我是否需要在车流中等待才能进入活动现场？ 答：嘉手纳空军基地居民和 SOFA 人员可以享受免费班车服务，前往活动现场。请查看我们网站上的信息以了解取车地点。
通过耦合Cre-lox和CRISPR的细菌基因组编辑...
过去十年是微生物学的黄金时代，其标志是发现新型细菌数量的前所未有的增加。却获得对这些生物的生物学知识并没有跟上测序努力的步伐。要解锁这种遗传潜力，迫切需要通用（即特定于非物种的）基因工具盒。最近，我们开发了一种方法，称为底盘独立的重组酶 - 介绍的基因组工程（CARGAGE），从而使大型复杂基因簇的整合和表达直接直接进入多种细菌的染色体中。在这里，我们通过合并CRISPR-CAS9来扩展这项技术，从而允许多种细菌物种进行精确的基因组编辑。为此，我们开发了一个载有一个野生型和两个突变的LOX位点的着陆板，以通过旋转重组酶介导的盒式盒式磁带（RMCE）在两个位置整合外源DNA。第一个RMCE事件是整合Cas9和DNA修复蛋白基因的恢复，第二个RMCE事件使定制的SGRNA和修复模板可以集成。在此工作流程之后，我们在四个不同的γ-细菌特征中获得了精确的基因组编辑。我们还表明，插入的着陆垫和整个编辑机器可以在编辑后无稀有地删除。我们在这里报告了单个降落垫转座子的构建，并证明了其在多种物种之间的功能。降落垫和附件向量的模块化设计允许以类似方式设计和组装其他生物体的基因组编辑平台。我们认为，这种方法将大大扩展可容纳遗传操作的细菌清单，并提供了提高我们对微生物世界的理解的手段。
音频和 Hi-Fi 手册 - IZ3MEZ
20 世纪 80 年代，音频似乎已经达到了技术的极限，要获得明显更好的声音再现效果需要花费巨资。尽管人们大肆宣扬惊人的发现，但其中许多发现都无法证实，似乎在同等价格下，一套设备与其他设备之间没有什么区别，而推动整个市场发展的对音频技术的兴趣似乎正在消退。飞利浦的盒式磁带的问世对高质量声音再现产生了令人惊讶的影响，尤其是对其开发者而言。盒式磁带原本是作为低质量的录音分发介质而设计的，其体积小、使用方便等优点使其与开盘磁带甚至当时占主导地位的 LP 黑胶唱片截然不同。然而，盒式录音机的发展，加上对磁带介质的深入研究，最终产生了一种可以与 LP 相媲美的质量标准，而当时由于难以找到高质量的黑胶唱片，LP 的质量开始下降。到 20 世纪 80 年代末，这两种媒体作为音乐和口语的分发方式直接竞争。整个音频领域现在已经焕发活力，就像过去一样，由新技术引领。第一个不可逆转地改变音频面貌的发展是光盘，这是一种解决录制和重放音乐问题的全新方法。当我们读到 LP 唱片的分发现在不再由一些大型零售连锁店处理时，很难记得光盘的寿命有多短。从转向光盘到理解这项技术最困难的部分是理解其基础技术。任何有过音频工程经验的人，尤其是 20 世纪 30 年代早期以来的电影音频工程师，都能理解当时的现代高保真音响趋势。光盘采用数字而非模拟方法，是一种与晶体管和集成电路一样具有革命性的概念，并且需要
美国西南部印第安儿童和成人金黄色葡萄球菌携带率及基因组流行病学
收到日期：2021 年 9 月 30 日；接受日期：2022 年 3 月 6 日；发布日期：2022 年 5 月 13 日 作者隶属关系：1 中佛罗里达大学，4110 Libra Drive，奥兰多，佛罗里达州 32816，美国；2 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院，415 North Washington Street，巴尔的摩，马里兰州 21231，美国。 *通讯作者：Catherine G. Sutcliffe，csutcli1@jhu.edu 关键词：携带；基因组流行病学；美洲原住民；系统发育；金黄色葡萄球菌。缩写：AN，前鼻孔；CA-MRSA，社区相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌；CC，克隆复合体；CI，置信区间；gDNA，基因组 DNA；IHS，印度健康服务局；IRB，机构审查委员会； MLST，多位点序列分型；MRSA，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌；MSSA，甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌；NP，鼻咽癌；ONT，牛津纳米孔技术；OP，口咽癌；PR，患病率；SCC mec，葡萄球菌盒式染色体 mec ；ST，序列类型；WGS，全基因组测序。‡现地址：美国辉瑞公司全球肺炎球菌疫苗、科学事务和流行病学部。金黄色葡萄球菌基因组序列的 NCBI SRA 接入号在补充文件 S1 中给出。†这些作者对这项工作贡献相同数据声明：所有支持数据、代码和协议均已在文章中或通过补充数据文件提供。本文的在线版本提供一个补充文件和四个补充表格。 000806 © 2022 作者
一种多功能定点基因陷阱策略，用于操纵秀丽隐杆线虫的基因活性和控制基因表达
操纵基因活性和控制转基因表达的能力对于研究基因功能至关重要。虽然对于秀丽隐杆线虫来说，有几种用于修改基因或分别控制表达的遗传工具，但是没有遗传方法可以产生既能破坏基因功能又能为表达被破坏基因的细胞提供遗传途径的突变。为了实现这一点，我们开发了一种基于 cGAL（一种用于秀丽隐杆线虫的 GAL4-UAS 二分表达系统）的多功能基因陷阱策略。我们设计了一个 cGAL 基因陷阱盒并使用 CRISPR/Cas9 将其插入目标基因中，从而创建一个双顺反子操纵子，该操纵子可同时在表达目标基因的细胞中表达截短的内源蛋白和 cGAL 驱动基因。我们证明我们的 cGAL 基因陷阱策略可以稳健地产生功能丧失的等位基因。将 cGAL 基因陷阱系与不同的 UAS 效应菌株相结合，使我们能够挽救功能丧失的表型，观察基因表达模式，并在时空上操纵细胞活动。我们表明，通过显微注射或基因杂交的重组酶介导的盒式交换 (RMCE)，可以进一步在体内设计 cGAL 基因陷阱系，以轻松地将 cGAL 与其他二分表达系统的驱动器（包括 QF/QF2、Tet-On/Tet-Off 和 LexA）交换，以生成在同一基因组位置具有不同驱动器的新基因陷阱系。这些驱动器可以与它们相应的效应物结合以进行正交转基因控制。因此，我们基于 cGAL 的基因陷阱是多功能的，代表了秀丽隐杆线虫基因功能分析的强大遗传工具，这最终将为基因组中的基因如何控制生物体的生物学提供新的见解。
音频和 Hi-Fi 手册 - IZ3MEZ
20 世纪 80 年代，音频似乎已经达到了技术的极限，要获得明显更好的声音再现效果需要花费巨资。尽管人们大肆宣扬惊人的发现，但其中许多发现都无法证实，似乎在同等价格下，一套设备与其他设备之间没有什么区别，而推动整个市场发展的对音频技术的兴趣似乎正在消退。飞利浦的盒式磁带的问世对高质量声音再现产生了令人惊讶的影响，尤其是对其开发者而言。盒式磁带原本是作为低质量的录音分发介质而设计的，其体积小、使用方便等优点使其与开盘磁带甚至当时占主导地位的 LP 黑胶唱片截然不同。然而，盒式录音机的发展，加上对磁带介质的深入研究，最终产生了一种可以与 LP 相媲美的质量标准，而当时由于难以找到高质量的黑胶唱片，LP 的质量开始下降。到 20 世纪 80 年代末，这两种媒体作为音乐和口语的分发方式直接竞争。整个音频领域现在已经焕发活力，就像过去一样，由新技术引领。第一个不可逆转地改变音频面貌的发展是光盘，这是一种解决录制和重放音乐问题的全新方法。当我们读到 LP 唱片的分发现在不再由一些大型零售连锁店处理时，很难记得光盘的寿命有多短。从转向光盘到理解这项技术最困难的部分是理解其基础技术。任何有过音频工程经验的人，尤其是 20 世纪 30 年代早期以来的电影音频工程师，都能理解当时的现代高保真音响趋势。光盘采用数字而非模拟方法，是一种与晶体管和集成电路一样具有革命性的概念，并且需要