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使用 CaverDock 和机器学习筛选全球批准的针对 SARS-CoV-2 高动态刺突糖蛋白的药物
新型严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 会引起病理性肺部症状。针对这种病毒的疫苗和药物的大多数开发工作都针对刺突糖蛋白，特别是其 S1 亚基，该亚基被血管紧张素转换酶 2 识别。在这里，我们使用内部开发的工具 CaverDock 使用低温电子显微镜结构 (PDB-ID: 6VXX) 和来自先前发布的分子动力学模拟的五个最密集簇的代表性结构对刺突糖蛋白进行虚拟筛选。配体数据集来自 ZINC 数据库，包括全球批准用于临床的药物。针对完整数据集计算了单个药物通过刺突糖蛋白同源三聚体通道的轨迹、它们在通道内的结合能以及它们与三聚体三个亚基的接触持续时间。然后使用多元统计方法建立结构-活性关系并选择运动抑制的最佳候选药物。这种用于快速筛选多状态蛋白质结构（6 种状态）中全球批准药物（4359 种配体）的新协议在完成计算的速度方面表现出很高的稳健性。该协议是通用的，可以应用于任何具有包含蛋白质隧道或通道的实验性三级结构的目标蛋白质。该协议将在 CaverWeb 的下一个版本中实现（https://loschmidt.chemi.- muni.cz/caverweb/），以便更广泛的科学界可以访问它。2021 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons. org/licenses/by/4.0/）。
CGAS刺道途径泛素化在先天免疫和多种疾病中的作用
CGAS丁字道在先天免疫中至关重要，尤其是在抗病毒反应和细胞应激管理中。CGA通过启动第二信使环循环GMP-AMP合酶（CGAMP）的合成作为细胞质DNA传感器，后来激活了STING途径，从而导致产生I型Interferons和其他细胞因子和其他细胞因子，并激活型肠道菌群的激活。最近的研究表明，泛素化变化密切调节CGAS刺激途径的功能。泛素化修饰影响CGA和刺激的稳定性和活性，同时还通过调节其降解和信号强度来影响免疫反应的准确性。e3泛素连接酶特异性地通过泛素化改变来促进降解或调节与CGAS刺激相关的蛋白的信号传导。此外，CGAS刺激途径的泛素化在各种细胞类型中具有不同的功能，并与NF-K B，IRF3/7，自噬和内质网应力接合。这种泛素介导的调节对于维持先天免疫的平衡至关重要，而过度或不足的泛素化可能会导致自身免疫性疾病，癌症和病毒感染。对CGAS插入途径内的泛素化过程进行了广泛的检查，阐明了其先天免疫中的特定调节机制，并确定了对相关疾病进行干预的新颖靶标。
COVID-19 疫苗会影响生育能力吗？
报道称，这种冠状病毒上的刺突蛋白与胎盘上的另一种刺突蛋白（称为合胞素-1）相同，后者参与妊娠期间胎盘的生长和附着。这份虚假报告称，接种 COVID-19 疫苗会导致女性身体对抗这种不同的刺突蛋白并影响其生育能力。然而，这两种刺突蛋白完全不同，接种 COVID-19 疫苗不会影响寻求怀孕（包括通过体外受精方法）的女性的生育能力。
基于刺突蛋白的宠物用 SARS-CoV-2 亚基疫苗：对幼猫的安全性、免疫原性和保护效果
尽管已开发出多种疫苗来遏制严重急性呼吸道综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 在人类中的传播，但为动物（包括宠物）开发的疫苗却非常少。为了对抗人与动物、动物与动物和动物与人之间传播的威胁以及新的病毒变种的产生，我们开发了一种亚单位 SARS-CoV-2 疫苗，该疫苗基于在昆虫细胞中表达的重组刺突蛋白胞外结构域，然后与适当的佐剂配制而成。将 16 只 8–12 周龄的杂交雌性和雄性小猫（每组 n = 4）随机分为四个治疗组：仅刺突蛋白；刺突加 ESSAI 水包油 (O/W) 1849102 佐剂；刺突加氢氧化铝佐剂；和 PBS 对照。所有动物均间隔 2 周肌肉注射两次疫苗，每次注射 5 µ g 刺突蛋白，体积为 0.5 ml。在第 0 天和第 28 天，采集血清样本以评估抗刺突 IgG、抗体对刺突与血管紧张素转换酶 2 (ACE-2) 结合的抑制、针对野生型和 delta 变异病毒的中和抗体以及血液学研究。在第 28 天，所有组均通过鼻内方式接种 SARS-CoV-2 野生型病毒 10 6 TCID 50。在第 31 天，采集组织样本（肺、心脏和鼻甲）进行病毒 RNA 检测和病毒滴度测定。两次免疫后，两种疫苗均诱导高滴度血清抗刺突 IgG，可抑制刺突 ACE-2 结合并中和野生型和 delta 变异病毒。两种佐剂疫苗配方均能保护幼猫免受上呼吸道病毒的排出以及下呼吸道和心脏病毒的复制。这些令人鼓舞的数据值得继续评估疫苗保护猫免受 SARS-CoV-2 感染的能力，特别是防止传播的能力。
通用 DNA 适体可有效抑制 Spike 蛋白/hACE2 相互作用
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 使用其刺突蛋白通过人血管紧张素转换酶 2 (hACE2) 附着到宿主细胞上。可以通过设计一种可以阻断刺突蛋白和 hACE2 之间相互作用的抑制剂来阻止病毒感染。如图 1 所示，一个刺突蛋白三聚体包含三个刺突蛋白，每个刺突蛋白由亚基 S1 和 S2 组成。S1 由 S1A 和 S1B 组成（图 1A），其中 S1B 也称为受体结合域 (RBD)，与 hACE2 建立直接相互作用。1 此外，S2 亚基在介导病毒膜与宿主细胞融合方面发挥作用。因此，病毒进入是通过一系列事件完成的，即 S1 与 hACE2 结合，然后触发 S2 将其构象改变为更稳定的融合后状态并允许病毒进入宿主细胞。 2–4 由于 S1 直接与 hACE2 相互作用，许多研究小组一直在积极致力于发现各种生物分子，如抗体 5–10 或适体 11–16，以有效阻断 S1 和 hACE2 之间的相互作用。
超人频道低刺stalk密集的尼奥贝特锂波导通过floquet Engineering
集成的光子芯片逐渐成为信息传输和处理的重要选择，其中集成密度将扮演与综合电路中见证的越来越重要的作用。迄今为止，在制管机上硅晶片已经与低串扰的密集整合做出了巨大的效果，尽管在新兴的二氯甲甲虫在启用锂岩岩（LNOII）平台中仍然非常具有挑战性。在这里，我们报告了一种利用Floquet-Mode-Index调制的策略，以实现宽带零串扰，对LNOI芯片的其他性能指标的影响最小。零串扰的潜在物理学归因于floquet quasienergy的崩溃，这是通过超速频道低cros刺传输的实验性验证的，其多余的损失低。此外，我们在紧凑的LNOI波导阵列中展示了宽带八通道光传输，与传统的波导阵列相比，宽带八通道阵列显示出优势。我们的工作是提高片上光子电路的集成密度的另一种方法，为有希望的LNOI平台中的密集波导应用开辟了不同的可能性。
2020 年末出现多种影响 677 位氨基酸的 SARS-CoV-2 刺突蛋白变体谱系
摘要。严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 刺突蛋白 (S) 在宿主细胞进入中起着关键作用。影响 S 的非同义替换并不罕见，并且已在许多 SARS-CoV-2 谱系中固定下来。这些突变的一部分能够逃避中和抗体，或被认为通过增加对细胞进入受体血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 的亲和力等机制增强传播。新墨西哥州和路易斯安那州的独立基因组监测计划同时检测到大量 20G 分支（谱系 B.1.2）感染的快速增加，这些感染携带 S 中的 Q677P 替换。该变体于 10 月 23 日首次在美国发现，但在 2020 年 12 月 1 日至 2021 年 1 月 19 日期间，它分别占路易斯安那州和新墨西哥州测序的所有 SARS-CoV-2 基因组的 27.8% 和 11.3%。 Q677P 病例主要在美国中南部和西南部发现；截至 2021 年 2 月 3 日，GISAID 数据显示美国有 499 个该变体的病毒序列。系统发育分析显示至少六个不同的 Q677H 亚谱系独立进化和传播，首次采集日期从 2020 年 8 月中旬到 11 月下旬不等。来自 20G（B.1.2）、20A（B.1.234）和 20B（B.1.1.220 和 B.1.1.222）分支的四个 677H 分支每个分支包含大约 100 个或更少的测序病例，而一对不同的 20G 分支簇分别由 754 个和 298 个病例代表。尽管采样偏差和奠基者效应可能导致了 S:677 多态性变体的出现，但该位置与 S1/S2 边界的多碱基裂解位点的接近性与其在细胞进入过程中的潜在功能相关性一致，表明可能赋予传播或传播优势的特征的平行进化。总之，我们的研究结果表明了同步趋同进化，从而推动了进一步评估 S:677 多态性对蛋白水解加工、细胞趋向性和传递性的影响。
通过免疫信息学设计针对 nCOVID-19 的核衣壳磷蛋白 (N) 和刺突糖蛋白 (S) 的多肽疫苗
核衣壳蛋白 QIGYYRRATRRIRGG HLA-DRB1*11:01 IGYYRRATRRRGGD HLA-DRB1*11:01 GYYRRATRRRIGGDG HLA-DRB1*11:01 TPSTWLTYTGAIKL HLA-DRB1*07:01 DQIGYYRRATRRIRG HLA-DRB1*11:01 PQIAQFAPSASAFFG HLA-DRB1*09:01 WPQIAQFAPSASAFF HLA-DRB1*09:01 QIAQFAPSASAFFGM HLA-DRB1*09:01 IAQFAPSASAFFGMS HLA-DRB1*09:01 AALALLLLDRLNQLE HLA-DRB4*01:01，HLA-DPA1 03:01/DPB1*04, HLA-DRB3*01:0, HLA-DRB1*13:02, HLA-DRB1*11:0, HLA-DRB1*04:04, HLA-DRB1*01:01, HLA-DRB1*04, HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01, HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01, HLA-DRB1*04:05, HLA-DRB1*03:01, HLA-DRB1*08:02, HLA-DRB1*15:01, HLA DQA1*01:01/DQB1*05:01 ALALLLLDRLNQLES HLA-DRB4*01:01, HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02, HLA-DRB3*01:01、HLA-DRB1*13:02、HLA-DRB1*11:01、HLA-DRB1*04:04、HLA-DRB1*04:01、HLA-DRB1*01:01、HLA-DRB1*03:01、HLA-DRB1*04:05、HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01、HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01、HLA-DRB1*08:02、HLA-DRB1*15:01、HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01 PRWYFYYLGTGPEAG HLA-DRB1*07:01 RWYFYYLGTGPEAGL HLA-DRB1*01:01尖峰糖蛋白 AAEIRASANLAATKM HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01 NAQALNTLVKQLSSN HLA-DRB1*11:01 EVFNATRFASVYAWN HLA-DPB1*02:01、HLA DPB1*04:02、HLA-DPB1*05:01、 HLA-DQA1*01:02、HLA-DQA1*05:01、HLA-DQB1*03:01、HLA-DQB1*06:02、HLA-DRB1*01:01、HLA-DRB1*04:04、HLA-DRB1*04:05、HLA-DRB1*07:01、 HLA-DRB1*08:02、HLA-DRB1*09:01、 HLA-DRB1*11:01, HLA-DRB1*15:01, HLA-DPA1*03:01, HLA-DPB1*01:01, HLA-DPA1*01:03, HLA-DPA1*02:01 VFRSSVLHSTQDLFL HLA-DRB1*07:01, HLA-DRB1*01:01, HLA-DRB1*09:01, HLA-DRB1*04:05, HLA-DRB1*04:01, HLA-DRB1*03:01, HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02, HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02, HLA-DRB1*13:02, HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01、HLA-DRB4*01:01、HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01、HLA-DRB1*04:04、HLA- DPA1*01:03/DPB1*02:01、HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01 等位基因 HLA-DRB3*01:01、HLA-DRB4*01:01、HLA-DRB5*01:01 不可用，因此未将其纳入计算。
Novavax COVID-19 疫苗内部
Novavax COVID-19 疫苗含有病毒的刺突蛋白（蛋白质亚基），以及帮助免疫系统对刺突蛋白作出反应的佐剂。一旦人体学会如何对蛋白质作出反应，免疫系统将能够快速对实际病毒作出反应并预防 COVID-19。
在流行病期间测量疫苗的有效性
COVID-19 疫情带来的紧迫性促使人们实施了适应特殊情况的临床试验 [ 1 ]，并建立了史无前例的公私合作伙伴关系 [ 2 ]。特别是，我们观察到，不同疫苗报告的有效性存在很大差异 [ 3 ]，从辉瑞和 Moderna（基于 mRNA）的 * 95% 到阿斯利康的 * 70% 或强生的 * 66%（基于病毒载体）。虽然基于 mRNA 的疫苗（如辉瑞-BioNTech 和 Moderna 疫苗）直接指示我们的细胞产生刺突蛋白，但阿斯利康和强生等病毒载体疫苗采用无害的病毒载体将产生刺突蛋白的遗传指令传递给我们的细胞。一旦产生刺突蛋白，我们的免疫系统就会将它们识别为外来物并产生反应。这包括产生可以结合并中和刺突蛋白的抗体，以及激活 T 细胞。这些免疫反应提供了对病毒的免疫力。鉴于所有这些疫苗都是通过刺激刺突蛋白的产生来诱导免疫反应，值得考虑的是，结果的差异是否可能受到实验条件差异的影响，例如感染者的比例和变异的存在。在本文中，我们展示了一些研究结果，这些研究结果表明，在流行病发展的不同阶段测量疫苗效力可能导致对效力的严重低估。