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有几种化合物数据库,其中包括小分子集合。例如,生物相关化学实体 (ChEBI),这是一本免费提供的分子实体词典,专注于“小”化合物。术语“分子实体”是指任何在结构或同位素上不同的原子、分子、离子、离子对、自由基、自由基离子、复合物、构象异构体等,可识别为单独可区分的实体。所讨论的分子实体要么是自然产物,要么是用于干预生物体过程的合成产物。