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自组装GN头铁蛋白纳米颗粒疫苗可完全保护Dabie Bandavirus的致命挑战 使用有效的无克隆CRISPR/CAS9系统在锥虫质质量 一种多尺度的数字双胞胎，用于人类肥胖驱动的胰岛素耐药性：饮食和药物效应 用惩罚回归技术测量线性多元过程中的连通性 ki-67在DNA复制过程中是必要的，用于叉子保护和 胃结构后人类胚胎的时空转录组图 直接和间接神经发生产生不同谷氨酸能6 的镶嵌物 发现和表征丝氨酸 - 硫代激酶细胞周期蛋白依赖激酶样5（CDKL5）的特异性抑制剂（CDKL5）在海马CA1生理中表现出作用 转录免疫抑制和双链DNA损伤的上调 基于细胞的DATP输送作为慢性心力衰竭的疗法 使用化学和基因描述基于基于化学和基因描述的生物医学文献的采矿药物 - 目标相互作用 从复杂的神经流形的行为简单解码 空间限制调节微孔退火粒子（MAP）支架中的巨噬细胞反应 cas12a目标歧视 oarfish
。cc-by-nc 4.0国际许可证未获得同行评审的认证）是作者/筹款人，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。它是制作
乳腺癌对芳香化酶抑制剂耐药性的基因组图谱
芳香化酶抑制剂 (AI) 是广泛用于治疗雌激素受体 (ER) 阳性乳腺癌患者的药物。耐药性是芳香化酶抑制疗法的主要障碍。获得性 AI 耐药性的背后有多种原因。本研究旨在确定接受非甾体 AI（阿那曲唑和来曲唑）的患者获得性 AI 耐药性的可能原因。我们使用了来自 Cancer Genomic Atlas 数据库的乳腺浸润性癌的基因组、转录组、表观遗传和突变数据。然后根据患者对非甾体 AI 的反应将数据分为敏感组和耐药组。研究包括 150 名患者的敏感组和 172 名患者的耐药组。对这些数据进行汇总分析，以探究可能导致 AI 耐药性的因素。我们在两组中确定了 17 个差异调控基因 (DEG)。然后，对这些 DEG 进行甲基化、突变、miRNA、拷贝数变异和通路分析。预测了最常突变的基因（FGFR3、CDKN2A、RNF208、MAPK4、MAPK15、HSD3B1、CRYBB2、CDC20B、TP53TG5 和 MAPK8IP3）。我们还确定了一个关键 miRNA - hsa-mir-1264，它调节 CDC20B 的表达。通路分析显示 HSD3B1 参与雌激素生物合成。这项研究揭示了可能与 ER 阳性乳腺癌 AI 耐药性的发展有关的关键基因的参与，因此可能作为这些患者的潜在预后和诊断生物标志物。
胃结构后人类胚胎的时空转录组图
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2023年4月22日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.04.22.537909 doi：Biorxiv Preprint
光学基因组图谱作为儿童急性髓系白血病的诊断工具
简单总结：儿童急性髓系白血病 (AML) 的治疗根据多种复发性遗传畸变进行分层，需要检测不同的诊断方法，如核型分析和荧光原位杂交 (FISH)。本研究旨在分析光学基因组图谱 (OGM) 作为一种新的一体化方法，是否可以识别核型分析描述的所有分层相关遗传畸变。因此，我们用 OGM 分析了 24 名儿童 AML、双系白血病和混合表型急性白血病患者在诊断时收集的冷冻骨髓和血细胞。将 OGM 的结果与核型分析和 FISH 的常规诊断结果进行了比较。我们表明 OGM 有很大潜力解决细胞遗传学的局限性，甚至可以识别新的结构畸变，这些畸变可用于监测没有 MRD 标记的患者的微小残留病 (MRD)。
绘制无种子植物的基因组图谱
在陆地定居后的1.5-2亿年左右，陆地植被以无种子植物为主。现代无种子植物是一个并系群落，以苔藓植物（苔类、地钱和角苔）、石松植物和蕨类植物为代表（图1）。从进化角度来看，无种子植物是追溯陆地植物进化重大转变的关键；从应用角度来看，它们是更好地理解种子、果实和花等农学重要性状的生物学的重要外群。无种子谱系的系统发育关系一直存在广泛争议，尤其是苔藓植物之间的关系。几乎所有苔藓、苔类、角苔和维管植物之间的分支顺序的可能组合都是根据形态学、核糖体和/或细胞器DNA证据提出的（参见参考文献1-3）。直到最近，使用转录组和基因组数据集的系统发育基因组学研究才开始提供更明确的答案。Wickett 等人 1 首次应用大量核基因来推断绿色植物的系统发育。在他们的研究中，苔藓和苔类之间的姐妹关系得到了强有力的支持，而角苔的位置则因数据类型（核苷酸与氨基酸）、子集（密码子位置或过滤阈值）和推理方法（连接与物种树方法或最大似然与贝叶斯）1 而异。随后，Puttick 等人 2 和 de Sousa 等人 2 3 使用可以更好地模拟速率和成分异质性的方法重新分析了 Wickett 等人 1 的数据集。这两项研究都证实，苔藓和地钱组成一个进化枝，而 de Sousa 等人 3 则进一步以高置信度将苔藓植物解析为单系植物。然而，应该强调的是，Wickett 等人 1 的数据集中金鱼藻的代表性非常有限，只有两种密切相关的 Nothoceros 物种的转录组。2019 年，随着千株植物 (1KP) 转录组 4 的全面发布，采样更加均衡。1KP 4 和 Harris 等人 5 的分析都支持将金鱼藻置于苔藓和地钱的姐妹地位。最近对金鱼藻基因组的分析进一步支持了所有苔藓植物的单系性 6、7。越来越多的证据表明，现存的陆地植物基本上是由
转移性乳腺癌的基因组图谱确定……
乳腺癌则不然，这表明这两个肿瘤进展阶段之间存在重要的生物学差异。由于乳腺癌死亡主要是由于转移性疾病，因此，详细了解转移性进化的生物学将有助于改善乳腺癌患者的预后。不幸的是，虽然已在 2000 多名患者中广泛分析了原发性乳腺癌的基因组图谱 (3)，但转移性乳腺癌的类似数据相对稀少。临床前模型和患者队列中的复发性乳腺癌研究表明 (4-12)，在肿瘤复发过程中，癌症会发生相当大的分子和细胞进化。与此观察结果一致，在 20% 至 25% 的患者中，原发性肿瘤和转移性肿瘤之间的激素受体 (HR) 和 HER2 状态不一致 (13)。此外，虽然原发性肿瘤中的大多数致癌驱动突变都保留在转移瘤中（从其克隆关系可以预料到），但转移性肿瘤除了在其原发性肿瘤中检测到的突变外，还携带其他致癌突变（8、10、12）。最近在配对的原发性和转移性肿瘤中使用靶向测序面板以及在非配对转移瘤中使用高通量测序的研究发现了几个似乎在乳腺癌转移瘤中优先发生突变的基因，包括 ESR1 (14)、ERBB2 (12)、JAK2 (10)、NF1 (12)，
急性髓系白血病的基因组图谱及其对风险分类和靶向治疗的影响
急性髓系白血病 (AML) 是一种异质性血液系统恶性肿瘤，其临床特征、潜在发病机制和治疗结果各不相同。基因组技术的最新进展揭示了 AML 白血病发生的分子复杂性，进而导致 AML 患者风险分层和个性化治疗策略的改进。将预后和可用药的遗传生物标记物纳入临床实践以指导针对患者的治疗将成为 AML 治疗的主流。自 2017 年以来，为 AML 患者量身定制个性化治疗的新治疗方案层出不穷。在过去 3 年中，美国食品和药物管理局共批准了八种用于治疗 AML 的药物；大多数药物专门针对某些基因突变、生物途径或表面抗原。这些新药对老年患者或患有合并症的患者尤其有益，因为他们的治疗选择有限，临床结果非常差。如何平衡疗效和毒性以进一步改善患者结果具有临床意义。在这篇评论文章中，我们概述了 AML 中最相关的遗传标记，特别关注这些异常的治疗意义。
独特的基因组图谱与卵巢癌的治疗反应和生存相关
大多数卵巢癌患者最终会发展为复发性化疗耐药性疾病。治疗分层主要基于组织学亚型和分期、对铂类化疗的既往反应以及疾病复发时间。在这里，我们将临床治疗、治疗反应和生存数据与 132 例转移性上皮性卵巢癌实体瘤活检的全基因组测序图谱相结合，以探索基于基因组的分层机会。原发性和复发性疾病的样本含有相当数量的单核苷酸变异和结构变异。突变特征代表铂暴露、同源重组缺陷和衰老。基于基因组输入数据的无监督层次聚类确定了特定的卵巢癌亚组，其特征是同源重组缺陷、基因组稳定性和重复。这些聚类表现出不同的反应率和生存概率，根据我们的分析，这些亚组可以通过基于基因组的治疗分层得到改善。
转移性乳腺癌的基因组图谱
除了已知的 ESR1 热点突变外，我们还观察到转移性富集了以前未报告的、配体结合结构域中较低流行率的突变，这意味着这些突变也可能具有功能性。此外，单个 ESR1 热点在特定的转移组织和组织学中显著富集，表明这些突变之间存在功能差异。所有转移瘤中富集的其他改变包括 CDK4 调节因子 CDKN1B 的功能丧失和转录因子 CTCF 的突变。在特定转移部位富集的突变通常反映靶组织的生物学，可能是对局部环境生长的适应。这些包括脑转移瘤中的 PTEN 和 ASXL1 改变以及皮肤中的 NOTCH1 改变。我们观察到肺转移瘤中 KRAS 、 KEAP1 、STK11 和 EGFR 突变的富集。然而，这些肿瘤中其他突变的模式表明，这些是被误诊的肺原发性肿瘤而不是乳腺转移瘤。